PDB-2fmt: METHIONYL-TRNAFMET FORMYLTRANSFERASE COMPLEXED WITH FORMYL-METHIO...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 2fmt

タイトル

METHIONYL-TRNAFMET FORMYLTRANSFERASE COMPLEXED WITH FORMYL-METHIONYL-TRNAFMET

要素

FORMYL-METHIONYL-TRNAFMET2
METHIONYL-TRNA FMET FORMYLTRANSFERASE

キーワード

COMPLEX (METHYLTRANSFERASE/TRNA) / COMPLEX (METHYLTRANSFERASE-TRNA) / FORMYLTRANSFERASE / INITIATION OF TRANSLATION / COMPLEX (METHYLTRANSFERASE-TRNA) complex

機能・相同性

機能・相同性情報

charged-tRNA amino acid modification / methionyl-tRNA formyltransferase / conversion of methionyl-tRNA to N-formyl-methionyl-tRNA / methionyl-tRNA formyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Schmitt, E. / Mechulam, Y. / Blanquet, S.

引用

ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of methionyl-tRNAfMet transformylase complexed with the initiator formyl-methionyl-tRNAfMet.
著者: Schmitt, E. / Panvert, M. / Blanquet, S. / Mechulam, Y.

履歴

登録	1998年7月29日	処理サイト: NDB
改定 1.0	1999年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2020年2月19日	Group: Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step ...ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / struct_conn
改定 1.4	2023年8月2日	Group: Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb2fmt.ent.gz	167.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2fmt_validation.pdf.gz	434.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2fmt_full_validation.pdf.gz	477.6 KB	表示
XML形式データ	2fmt_validation.xml.gz	22.5 KB	表示
CIF形式データ	2fmt_validation.cif.gz	34.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/2fmt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/2fmt	HTTPS FTP

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類似構造データ	2q9e-d 1wd7-d 3pmi-d 5jqe-d 6tc6-d 3hdg-d 5uxd-d 4usn-2 6kyh-3 4usn-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リシン (Ricin)
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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
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登録構造単位

C: FORMYL-METHIONYL-TRNAFMET2

D: FORMYL-METHIONYL-TRNAFMET2

A: METHIONYL-TRNA FMET FORMYLTRANSFERASE

B: METHIONYL-TRNA FMET FORMYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

118 kDa, 4 ポリマー
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1

C: FORMYL-METHIONYL-TRNAFMET2

A: METHIONYL-TRNA FMET FORMYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.1 kDa, 2 ポリマー
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2

D: FORMYL-METHIONYL-TRNAFMET2

B: METHIONYL-TRNA FMET FORMYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	201.710, 68.060, 86.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.97939, -0.20195, -0.00234), (0.20193, 0.97937, -0.00813), (0.00394, 0.00749, 0.99996)	6.31224, -48.79334, 0.7839
2	given	(0.99474, -0.1024, -0.00348), (0.10227, 0.99438, -0.02719), (0.00625, 0.02669, 0.99962)	3.90927, -42.125, 0.04122

詳細

THE BIOLOGICALLY ACTIVE COMPLEX CORRESPONDS TO EITHER CHAINS A AND C, OR CHAINS B AND D. THE COORDINATES FOR CHAINS A AND C ARE MORE ACCURATE.

#1: RNA鎖	FORMYL-METHIONYL-TRNAFMET2 / INITIATOR TRNA 分子量: 24832.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質	METHIONYL-TRNA FMET FORMYLTRANSFERASE / 10-FORMYLTETRAHYDROFOLATE L-METHIONYL TRNAFMET FORMYLTRANSFERASE 分子量: 34071.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K37 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: FMT / プラスミド: PUCFATG / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101TR / 参照: UniProt: P23882, methionyl-tRNA formyltransferase
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-FME / N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 177.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁NO₃S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 %

結晶化

pH: 6.6 / 詳細: pH 6.6

結晶

*PLUS

結晶化

*PLUS

手法: unknown / 詳細: used to seeding

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	23 %	mPEG5000	1	1
2	0.2 M	ammonium sulfate	1	1
3	8 %	ethylene glycol	1	1
4	0.060 mM	protein	1	1
5	0.066 mM	formylase	1	1
6	10 mM		1	1	MgCl2
7	50 mM		1	1	KCl
8	50 mM	MES-Na	1	1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射	モノクロメーター: CRYSTAL / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 29912 /

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