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万見
- PDB-2fmh: Crystal structure of Mg2+ and BeF3- bound CheY in complex with Ch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fmh
タイトルCrystal structure of Mg2+ and BeF3- bound CheY in complex with CheZ 200-214 solved from a F432 crystal grown in Tris (pH 8.4)
要素
  • C-terminal 15-mer from Chemotaxis protein cheZ
  • Chemotaxis protein cheY
キーワードSIGNALING PROTEIN / CHEMOTAXIS / BEF(3)(-)-BOUND CHEY / CHEY-CHEZ PEPTIDE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / regulation of chemotaxis / bacterial-type flagellum / phosphoprotein phosphatase activity / phosphorelay signal transduction system / chemotaxis / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chemotaxis phosphatase, CheZ / Chemotaxis phosphatase, CheZ / : / : / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator ...Chemotaxis phosphatase, CheZ / Chemotaxis phosphatase, CheZ / : / : / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Protein phosphatase CheZ / Chemotaxis protein CheY
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Guhaniyogi, J. / Robinson, V.L. / Stock, A.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structures of Beryllium Fluoride-free and Beryllium Fluoride-bound CheY in Complex with the Conserved C-terminal Peptide of CheZ Reveal Dual Binding Modes Specific to CheY Conformation.
著者: Guhaniyogi, J. / Robinson, V.L. / Stock, A.M.
履歴
登録2006年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chemotaxis protein cheY
B: C-terminal 15-mer from Chemotaxis protein cheZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1647
ポリマ－15,7632
非ポリマー4015
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area7250 Å2
手法PISA
2
A: Chemotaxis protein cheY
B: C-terminal 15-mer from Chemotaxis protein cheZ
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)387,928168
ポリマ－378,31448
非ポリマー9,615120
水86548
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation19_655-x+1,-z,-y1
crystal symmetry operation18_655-x+1,z,y1
crystal symmetry operation20_555x,-z,y1
crystal symmetry operation17_555x,z,-y1
crystal symmetry operation57_554y+1/2,z,x-1/21
crystal symmetry operation59_555y+1/2,-z,-x+1/21
crystal symmetry operation58_555-y+1/2,z,-x+1/21
crystal symmetry operation60_554-y+1/2,-z,x-1/21
crystal symmetry operation72_555-z+1/2,-y,-x+1/21
crystal symmetry operation71_554-z+1/2,y,x-1/21
crystal symmetry operation70_554z+1/2,-y,x-1/21
crystal symmetry operation69_555z+1/2,y,-x+1/21
crystal symmetry operation77_545z+1/2,x-1/2,y1
crystal symmetry operation78_555z+1/2,-x+1/2,-y1
crystal symmetry operation80_545-z+1/2,x-1/2,-y1
crystal symmetry operation79_555-z+1/2,-x+1/2,y1
crystal symmetry operation86_555-y+1/2,-x+1/2,-z1
crystal symmetry operation88_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation87_555y+1/2,-x+1/2,z1
crystal symmetry operation85_545y+1/2,x-1/2,-z1
Buried area67570 Å2
ΔGint-1014 kcal/mol
Surface area137820 Å2
手法PISA
3
A: Chemotaxis protein cheY
B: C-terminal 15-mer from Chemotaxis protein cheZ
ヘテロ分子

A: Chemotaxis protein cheY
B: C-terminal 15-mer from Chemotaxis protein cheZ
ヘテロ分子

A: Chemotaxis protein cheY
B: C-terminal 15-mer from Chemotaxis protein cheZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,49121
ポリマ－47,2896
非ポリマー1,20215
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation58_555-y+1/2,z,-x+1/21
crystal symmetry operation79_555-z+1/2,-x+1/2,y1
Buried area7570 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area18100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)197.802, 197.802, 197.802
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-154-

SO4

21A-150-

TRS

31A-150-

TRS

41A-9047-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Chemotaxis protein cheY


分子量: 14140.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: cheY / プラスミド: pUC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: P0A2D5
#2: タンパク質・ペプチド C-terminal 15-mer from Chemotaxis protein cheZ


分子量: 1622.687 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 200-214 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence corresponds to the C-terminal 15 residues of the CheZ protein occurring naturally in Salmonella enterica serovar Typhumurium
参照: UniProt: P07800

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非ポリマー , 6種, 58分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 2M ammonium sulfate, 0.2M lithium sulfate, 0.1M Tris, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.0718 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月13日
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator with a sagittally focused second crystal. Crystal type Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0718 Å / 相対比: 1
Reflection数: 22923 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.065 / D res high: 2 Å / D res low: 30 Å / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
4.313099.410.0450.957
3.424.3110010.0480.991
2.993.4210010.0610.968
2.712.9910010.0831.091
2.522.7110010.1091.05
2.372.5210010.1441.047
2.252.3710010.1751.112
2.152.2510010.231.131
2.072.1510010.2941.16
22.0710010.3771.164
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 22957 / Num. obs: 22923 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 31.9 Å2 / Rsym value: 0.068 / Χ2: 1.065 / Net I/σ(I): 35.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique all: 2207 / Rsym value: 0.377 / Χ2: 1.164 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FQW

1fqw


解像度: 2.001→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 2.601 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24636 2330 10.2 %RANDOM
Rwork0.21991 ---
all0.223 22939 --
obs0.2253 22923 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.762 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.001→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1067 0 24 53 1144
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221191
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2811.9971603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2895145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.4526.72755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.24415232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.813154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02858
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.2526
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.2794
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1220.258
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1010.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2140.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2090.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8781.5774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.42121188
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1543475
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2414.5415
LS精密化 シェル解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 184 -
Rwork0.239 1466 -
obs-1650 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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