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- PDB-2flh: Crystal structure of cytokinin-specific binding protein from mung... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2flh
タイトルCrystal structure of cytokinin-specific binding protein from mung bean in complex with cytokinin
要素cytokinin-specific binding protein
キーワードPLANT PROTEIN / cytokinins / zeatin / pathogenesis-related proteins / multiple-ligand binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cytokinin binding / gibberellin binding / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2E)-2-methyl-4-(9H-purin-6-ylamino)but-2-en-1-ol / : / Phytohormone-binding protein CSBP
類似検索 - 構成要素
生物種Vigna radiata (リョクトウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Pasternak, O. / Bujacz, G.D. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
引用
ジャーナル: Plant Cell / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of Vigna radiata Cytokinin-Specific Binding Protein in Complex with Zeatin.
著者: Pasternak, O. / Bujacz, G.D. / Fujimoto, Y. / Hashimoto, Y. / Jelen, F. / Otlewski, J. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic studies of mung bean cytokinin-specific binding protein
著者: Bujacz, G. / Pasternak, O. / Fujimoto, Y. / Hashimoto, Y. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998
タイトル: Purification and cDNA cloning of cytokinin-specific binding protein from mung bean (Vigna radiata)
著者: Fujimoto, Y. / Nagata, R. / Fukasawa, H. / Yano, K. / Azuma, M. / Iida, A. / Sugimoto, S. / Shudo, K. / Hashimoto, Y.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of two homologous pathogenesis-related proteins from yellow lupine
著者: Biesiadka, J. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of a yellow lupine pathogenesis-related PR-10 protein belonging to a novel subclass
著者: Pasternak, O. / Biesiadka, J. / Dolot, R. / Handschuh, L. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#5: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: X-ray and NMR structure of Bet v 1, the origin of birch pollen allergy.
著者: Gajhede, M. / Osmark, P. / Poulsen, F.M. / Ipsen, H. / Larsen, J.N. / van Neerven, R.J.J. / Schou, C. / Lowenstein, H. / Spangford, M.D.
履歴
登録2006年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN The het group ZEA is also known as (E)-6-(4-HYDROXY-3- METHYL-BUT-2-ENYLAMINO)PURINE
Remark 999SEQUENCE According to authors, there is an error in the GB entry GB 4190976 at position 92 (Asn ...SEQUENCE According to authors, there is an error in the GB entry GB 4190976 at position 92 (Asn instead of Ser)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cytokinin-specific binding protein
B: cytokinin-specific binding protein
C: cytokinin-specific binding protein
D: cytokinin-specific binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,47115
ポリマ－70,4514
非ポリマー2,01911
水11,620645
1
A: cytokinin-specific binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2714
ポリマ－17,6131
非ポリマー6583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: cytokinin-specific binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0744
ポリマ－17,6131
非ポリマー4613
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: cytokinin-specific binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0744
ポリマ－17,6131
非ポリマー4613
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: cytokinin-specific binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0513
ポリマ－17,6131
非ポリマー4382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.790, 113.790, 86.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64
詳細The biological assembly is a monomer.

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要素

#1: タンパク質
cytokinin-specific binding protein


分子量: 17612.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vigna radiata (リョクトウ) / 遺伝子: vrcsbp / プラスミド: pET-3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: GenBank: 4190976, UniProt: A0A1S3THR8*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZEA / (2E)-2-methyl-4-(9H-purin-6-ylamino)but-2-en-1-ol / TRANS-ZEATIN / 6-(4-ヒドロキシ-3-メチル-2-ブテニルアミノ)-9H-プリン


分子量: 219.243 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.68 %
結晶化温度: 292 K / pH: 7.5
詳細: sodium citrate, HEPES, zeatin, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.844, 1.2547, 1.2580, 1.2703
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年8月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.8441
21.25471
31.2581
41.27031
反射解像度: 1.2→30 Å / Num. obs: 189769 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 14.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.639 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.2→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: ANISOTROPIC DISPLACEMENT PARAMETERS. H ATOMS AT RIDING POSITIONS. SEVERAL RESIDUES COULD NOT BE MODELED AT THE C-TERMINI (152-155 IN A, 154-155 IN B, 153-155 IN C, 155 IN A) AND IN ONE LOOP ...詳細: ANISOTROPIC DISPLACEMENT PARAMETERS. H ATOMS AT RIDING POSITIONS. SEVERAL RESIDUES COULD NOT BE MODELED AT THE C-TERMINI (152-155 IN A, 154-155 IN B, 153-155 IN C, 155 IN A) AND IN ONE LOOP OF MOLECULE A (123-129). LONG SIDE CHAINS OF SOME SURFACE RESIDUES WERE POORLY VISIBLE IN ELECTRON DENSITY MAPS AND WERE MODELED WITH 0.0 OCCUPANCY
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.19 2242 RANDOM
all0.16 189657 -
obs0.157 189657 -
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5033 0 146 676 5855
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d2.229
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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