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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fkp | |||||||||
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タイトル | The mutant G127C-T313C of Deinococcus Radiodurans N-acylamino acid racemase | |||||||||
要素 | N-acylamino acid racemase | |||||||||
キーワード | ISOMERASE / N-Acylamino Acid Racemase / Deinococcus Radiodurans | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 O-succinylbenzoate synthase activity / o-succinylbenzoate synthase / 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ(光学異性の転換); アミノ酸類に作用 / menaquinone biosynthetic process / isomerase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Deinococcus radiodurans (放射線耐性) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang, W.C. / Chiu, W.C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Enhanced thermoactivity in covalently cross-linked N-carbamoyl D-amino acid amidohydrolase but not in N-acylamino acid racemase that has induced fit movements upon substrate binding 著者: Wang, W.C. / Chiu, W.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2fkp.cif.gz | 293.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2fkp.ent.gz | 238.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2fkp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2fkp_validation.pdf.gz | 453.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2fkp_full_validation.pdf.gz | 468.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2fkp_validation.xml.gz | 57.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2fkp_validation.cif.gz | 85.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/2fkp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/2fkp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1r0mS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is an octamer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41108.797 Da / 分子数: 4 / 変異: G127C,T313C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) 株: CCRC 12827 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 参照: GenBank: 15805085, UniProt: Q9RYA6*PLUS, amino-acid racemase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.21 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: lithium sulfate, Tris-HCl, PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年6月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 107937 / % possible obs: 97.1 % |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 95.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1R0M 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 3.753 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.159 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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