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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fjt | ||||||
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タイトル | Adenylyl cyclase class iv from Yersinia pestis | ||||||
要素 | Adenylyl cyclase class IV | ||||||
キーワード | LYASE / CYCLASE / beta barrel / dimer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Yersinia pestis (ペスト菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.901 Å | ||||||
データ登録者 | Gallagher, D.T. / Smith, N.N. / Kim, S.-K. / Reddy, P.T. / Robinson, H. / Heroux, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: Structure of the class IV adenylyl cyclase reveals a novel fold 著者: Gallagher, D.T. / Smith, N.N. / Kim, S.-K. / Heroux, A. / Robinson, H. / Reddy, P.T. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006 タイトル: Crystallization of the class IV adenylyl cyclase from Yersinia pestis 著者: Smith, N.N. / Kim, S.-K. / Reddy, P.T. / Gallagher, D.T. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1 QUATERNARY STRUCTURE FOR THIS ENTRY: DIMER THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ... BIOMOLECULE: 1 QUATERNARY STRUCTURE FOR THIS ENTRY: DIMER THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS (1 BIOLOGICAL DIMER). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2fjt.cif.gz | 89.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2fjt.ent.gz | 66.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2fjt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2fjt_validation.pdf.gz | 433.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2fjt_full_validation.pdf.gz | 438.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2fjt_validation.xml.gz | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2fjt_validation.cif.gz | 27.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/2fjt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/2fjt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | the biol. assembly is a homodimer equal to the asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20638.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Triclinic form, pH 4.6 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: KIM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q7CH76, UniProt: A0A5P8YEL9*PLUS, adenylate cyclase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.35 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 100 mM Ammonium sulfate, 100 mM Sodium acetate, 14% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-データ収集
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
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検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年9月20日 |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 21019 / Num. obs: 20986 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.04 % / Rmerge(I) obs: 0.026 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.04 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 83.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: orthorhombic crystal form 解像度: 1.901→9.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 5.679 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.286 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.005 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.901→9.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.901→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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