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万見
- PDB-2fhw: Solution structure of human relaxin-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fhw
タイトルSolution structure of human relaxin-3
要素(Relaxin 3 (Prorelaxin H3) (Insulin-like peptide INSL7) (Insulin-like peptide 7)) x 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / insulin/relaxin super-family fold
機能・相同性
機能・相同性情報


Relaxin receptors / G protein-coupled receptor binding / hormone activity / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
手法溶液NMR / Structures were calculated using torsion angle dynamics, further refined using Cartesian dynamics in explicit solvent.
データ登録者Rosengren, K.J. / Craik, D.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Solution structure and novel insights into the determinants of the receptor specificity of human relaxin-3.
著者: Rosengren, K.J. / Lin, F. / Bathgate, R.A. / Tregear, G.W. / Daly, N.L. / Wade, J.D. / Craik, D.J.
履歴
登録2005年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Relaxin 3 (Prorelaxin H3) (Insulin-like peptide INSL7) (Insulin-like peptide 7)
A: Relaxin 3 (Prorelaxin H3) (Insulin-like peptide INSL7) (Insulin-like peptide 7)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,5132
ポリマ－5,5132
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Relaxin 3 (Prorelaxin H3) (Insulin-like peptide INSL7) (Insulin-like peptide 7)


分子量: 3047.586 Da / 分子数: 1 / 断片: Relaxin 3 B chain / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in humans. For this study the peptide has been generated by solid phase peptide synthesis.
参照: UniProt: Q8WXF3
#2: タンパク質・ペプチド Relaxin 3 (Prorelaxin H3) (Insulin-like peptide INSL7) (Insulin-like peptide 7)


分子量: 2465.845 Da / 分子数: 1 / 断片: Relaxin 3 A chain / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in humans. For this study the peptide has been generated by solid phase peptide synthesis.
参照: UniProt: Q8WXF3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
1212D TOCSY
1312D NOESY
1422D TOCSY
1522D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM human relaxin-3; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM human relaxin-3; 100% D2O100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
103ambient 298 K
203ambient 303 K
303ambient 293 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker DMXBrukerDMX7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR1.3.5Brukercollection
XwinNMR1.3.5Bruker解析
XEASY1.3.7Bartels, C. et al.データ解析
CYANA1Guntert, P. et al.構造決定
CNS1.1Brunger A.T. et al.構造決定
CNS1.1Brunger A.T. et al.精密化
精密化手法: Structures were calculated using torsion angle dynamics, further refined using Cartesian dynamics in explicit solvent.
ソフトェア番号: 1
詳細: Structure calculations and refinements were done in CNS using protocols from ARIA.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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