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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fhq | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of General Stress Protein from Bacteroides thetaiotaomicron | ||||||
要素 | putative general stress protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / alpha-beta structure / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 General stress protein, FMN-binding split barrel domain / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase like / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.87 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Hatzos, C. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published / 年: 2006 タイトル: Crystal Structure of General Stress Protein from Bacteroides thetaiotaomicron 著者: Kim, Y. / Hatzos, C. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2fhq.cif.gz | 65.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2fhq.ent.gz | 53.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2fhq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/2fhq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/2fhq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15934.468 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 株: VPI-5482 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: GenBank: 29338736, UniProt: Q8A7U5*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.86 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.20M magnesium chloride, 0.1M bis-tris pH 5.5, 25%w/v polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97922 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月31日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochrmoator, Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97922 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→50 Å / Num. all: 20346 / Num. obs: 19822 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.95 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / Num. unique all: 1184 / % possible all: 53.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.87→26.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 4.065 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.104 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→26.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.874→1.922 Å / Total num. of bins used: 20 /
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