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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fgp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a minimal, all RNA hairpin ribozyme with modifications (g8dap, u39c) at ph 8.6 | ||||||
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![]() | RNA / RIBOZYME / G8 / DIAMINOPURINE / IN-LINE GEOMETRY / MUTANT | ||||||
機能・相同性 | COBALT HEXAMMINE(III) / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Salter, J.D. / Wedekind, J.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Water in the Active Site of an All-RNA Hairpin Ribozyme and Effects of Gua8 Base Variants on the Geometry of Phosphoryl Transfer. 著者: Salter, J.D. / Krucinska, J. / Alam, S. / Grum-Tokars, V. / Wedekind, J.E. #1: ![]() タイトル: Conformational Heterogeneity at Position U37 of an All-RNA Hairpin Ribozyme with Implications for Metal Binding and the Catalytic Structure of the S-Turn 著者: Alam, S. / Grum-Tokars, V. / Krucinska, J. / Kundracik, M.L. / Wedekind, J.E. #2: ![]() タイトル: Crystallization and x-ray diffraction analysis of an all-rna u39c mutant of the minimal hairpin ribozyme 著者: Grum-Tokars, V. / Milovanovic, M. / Wedekind, J.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 32.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 4種, 4分子 ABCD
#1: RNA鎖 | 分子量: 4052.470 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DERIVED FROM SATELLITE TOBACCO RINGSPOT VIRUS |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 3969.463 Da / 分子数: 1 / Mutation: g8(N6G) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DERIVED FROM SATELLITE TOBACCO RINGSPOT VIRUS |
#3: RNA鎖 | 分子量: 5535.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DERIVED FROM SATELLITE TOBACCO RINGSPOT VIRUS |
#4: RNA鎖 | 分子量: 5991.568 Da / 分子数: 1 / Mutation: u39c / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DERIVED FROM SATELLITE TOBACCO RINGSPOT VIRUS |
-非ポリマー , 2種, 8分子 ![](data/chem/img/NCO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-NCO / |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.31 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: PEG2000 MME, LITHIUM SULFATE, SPERMIDINE, COBALT HEXAMMINE, pH 8.60, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 83 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月5日 |
放射 | モノクロメーター: BENT TRIANGULAR ASYMMETRIC CUT SI(111) MONOCHROMATOR, RH- COATED SI FOR VERTICAL FOCUSSING プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9764 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→44.01 Å / Num. obs: 12161 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.56 % / Biso Wilson estimate: 88.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 34.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 9.25 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 92.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1ZFR ![]() 1zfr 解像度: 2.4→29.37 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 930166.17 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: CNS V1.1
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.31 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 87.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.048 / Total num. of bins used: 4
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Xplor file |
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