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- PDB-2fg7: N-succinyl-L-ornithine transcarbamylase from B. fragilis complexe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fg7
タイトルN-succinyl-L-ornithine transcarbamylase from B. fragilis complexed with carbamoyl phosphate and N-succinyl-L-norvaline
要素putative ornithine carbamoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / alpha/beta
機能・相同性
機能・相同性情報


N-succinylornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / arginine biosynthetic process via ornithine / citrulline biosynthetic process / amino acid binding
類似検索 - 分子機能
N-succinylornithine carbamoyltransferase ArgF'-like / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHORIC ACID MONO(FORMAMIDE)ESTER / N-(3-CARBOXYPROPANOYL)-L-NORVALINE / N-succinylornithine carbamoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Shi, D. / Yu, X. / Malamy, M.H. / Allewell, N.M. / Tuchman, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure and catalytic mechanism of a novel N-succinyl-L-ornithine transcarbamylase in arginine biosynthesis of Bacteroides fragilis.
著者: Shi, D. / Morizono, H. / Cabrera-Luque, J. / Yu, X. / Roth, L. / Malamy, M.H. / Allewell, N.M. / Tuchman, M.
履歴
登録2005年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62023年11月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / struct_biol / Item: _pdbx_database_related.db_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: putative ornithine carbamoyltransferase
Y: putative ornithine carbamoyltransferase
Z: putative ornithine carbamoyltransferase
C: putative ornithine carbamoyltransferase
D: putative ornithine carbamoyltransferase
E: putative ornithine carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,12220
ポリマ－231,7806
非ポリマー2,34214
水4,774265
1
X: putative ornithine carbamoyltransferase
Y: putative ornithine carbamoyltransferase
Z: putative ornithine carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,06110
ポリマ－115,8903
非ポリマー1,1717
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9470 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area33020 Å2
手法PISA
2
C: putative ornithine carbamoyltransferase
D: putative ornithine carbamoyltransferase
E: putative ornithine carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,06110
ポリマ－115,8903
非ポリマー1,1717
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9500 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area33000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.424, 156.424, 120.645
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
詳細The biological unit is a trimer generated by chain X, Y and Z, or C, D and E

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要素

#1: タンパク質
putative ornithine carbamoyltransferase


分子量: 38630.051 Da / 分子数: 6 / 変異: T242L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
株: NCTC 9343 / 遺伝子: argF' / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q5LI27, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; カルボキシル基またはH2NCO-カルバモイル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-SN0 / N-(3-CARBOXYPROPANOYL)-L-NORVALINE


分子量: 217.219 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15NO5
#4: 化合物
ChemComp-CP / PHOSPHORIC ACID MONO(FORMAMIDE)ESTER / カルバモイルりん酸


分子量: 141.020 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4NO5P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 56% tascimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月20日
放射モノクロメーター: Ni MIRROR + Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 64724 / Num. obs: 64660 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 75.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.871 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 6420 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FG6

2fg6


解像度: 2.9→19.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1022441.98 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 3253 5.1 %RANDOM
Rwork0.204 ---
all0.205 64660 --
obs0.204 64296 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.7193 Å2 / ksol: 0.318926 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 59.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.45 Å20 Å20 Å2
2---3.45 Å20 Å2
3---6.89 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.66 Å0.61 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15476 0 148 265 15889
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 555 5.2 %
Rwork0.348 10141 -
obs--99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4ligand.paramligand.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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