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万見
- PDB-2fg0: Crystal structure of a putative gamma-d-glutamyl-l-diamino acid e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fg0
タイトルCrystal structure of a putative gamma-d-glutamyl-l-diamino acid endopeptidase (npun_r0659) from nostoc punctiforme pcc 73102 at 1.79 A resolution
要素COG0791: Cell wall-associated hydrolases (invasion-associated proteins)
キーワードHYDROLASE / Nlpc/p60 family / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type peptidase activity
類似検索 - 分子機能
Bacterial dipeptidyl-peptidase SH3 domain / Bacterial dipeptidyl-peptidase Sh3 domain / : / NlpC/P60 family / NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / SH3 Domains / Papain-like cysteine peptidase superfamily ...Bacterial dipeptidyl-peptidase SH3 domain / Bacterial dipeptidyl-peptidase Sh3 domain / : / NlpC/P60 family / NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / SH3 Domains / Papain-like cysteine peptidase superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NLP/P60 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc punctiforme (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structural Basis of Murein Peptide Specificity of a gamma-D-Glutamyl-L-Diamino Acid Endopeptidase.
著者: Xu, Q. / Sudek, S. / McMullan, D. / Miller, M.D. / Geierstanger, B. / Jones, D.H. / Krishna, S.S. / Spraggon, G. / Bursalay, B. / Abdubek, P. / Acosta, C. / Ambing, E. / Astakhova, T. / ...著者: Xu, Q. / Sudek, S. / McMullan, D. / Miller, M.D. / Geierstanger, B. / Jones, D.H. / Krishna, S.S. / Spraggon, G. / Bursalay, B. / Abdubek, P. / Acosta, C. / Ambing, E. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Carlton, D. / Caruthers, J. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / Deller, M.C. / Duan, L. / Elias, Y. / Elsliger, M.A. / Feuerhelm, J. / Grzechnik, S.K. / Hale, J. / Won Han, G. / Haugen, J. / Jaroszewski, L. / Jin, K.K. / Klock, H.E. / Knuth, M.W. / Kozbial, P. / Kumar, A. / Marciano, D. / Morse, A.T. / Nigoghossian, E. / Okach, L. / Oommachen, S. / Paulsen, J. / Reyes, R. / Rife, C.L. / Trout, C.V. / van den Bedem, H. / Weekes, D. / White, A. / Wolf, G. / Zubieta, C. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2005年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COG0791: Cell wall-associated hydrolases (invasion-associated proteins)
B: COG0791: Cell wall-associated hydrolases (invasion-associated proteins)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4585
ポリマ－55,1822
非ポリマー2763
水7,710428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.080, 125.080, 97.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 13 - 234 / Label seq-ID: 25 - 246

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 COG0791: Cell wall-associated hydrolases (invasion-associated proteins)


分子量: 27591.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc punctiforme (バクテリア) / 株: PCC 73102 / 遺伝子: 53686717 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 53686717, UniProt: B2J9B4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.86 %
解説: THE MODEL FROM A SECOND CRYSTAL FORM OF SE-MET CRYSTALS (P 41 2 2, PDB ID 2EVR) WAS USED AS A STARTING MODEL TO SPEED UP THE REFINEMENT. THE STRUCTURE CAN BE SOLVED BY SE-MAD. MORE THAN 90 ...解説: THE MODEL FROM A SECOND CRYSTAL FORM OF SE-MET CRYSTALS (P 41 2 2, PDB ID 2EVR) WAS USED AS A STARTING MODEL TO SPEED UP THE REFINEMENT. THE STRUCTURE CAN BE SOLVED BY SE-MAD. MORE THAN 90 PERCENT OF PROTEIN MODELS CAN BE AUTOMATICALLY TRACED FROM EXPERIMENTAL PHASES ONLY.
結晶化温度: 277 K / pH: 7.5
詳細: 1.4M Na3Citrate, 0.1M HEPES, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.0163, 0.9798
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月28日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.01631
20.97981
反射解像度: 1.79→29.48 Å / Num. obs: 72488 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 12.56
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.01146 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.79-1.8689.46.52.13850451163089.4
1.86-1.9495.12.7210745914142
1.94-2.03973.9110419913659
2.03-2.1397.75.189677512690
2.13-2.2798.66.4910981414348
2.27-2.44998.5710219813295
2.44-2.6999.210.8710782014008
2.69-3.0799.516.2710443813539
3.07-3.8799.928.0810737513953
3.87-29.4899.639.0710684713941

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
XDSデータ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.79→29.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 3.612 / SU ML: 0.056 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.076
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.7 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. THE DIFFERENCE DENSITY MAP NEAR A/B 116 IS NOISY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.172 3659 5.1 %RANDOM
Rwork0.154 ---
all0.155 ---
obs-68770 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.209 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20 Å20 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3----0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→29.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3426 0 18 428 3872
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223641
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5131.9464967
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89137271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6615466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.22224.915177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.4615548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6121514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02763
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.2684
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.23296
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1920.21851
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.22287
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2334
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2670.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1610.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0632383
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4953942
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.89653624
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.07281546
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.639111343
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1277tight positional0.10.05
1904medium positional0.280.5
1277tight thermal0.260.5
1904medium thermal0.912
LS精密化 シェル解像度: 1.79→1.841 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 273 -
Rwork0.262 4876 -
obs--96.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7904-0.5339-0.55291.2285-0.0951.2286-0.16470.3686-0.2115-0.1069-0.00380.0650.2047-0.15080.1685-0.0217-0.0640.01070.0178-0.0567-0.02241.53927.329-0.135
21.28470.13010.04061.06520.43790.8521-0.09470.05910.0615-0.09250.0754-0.03480.02670.06630.0193-0.0441-0.0063-0.0081-0.0521-0.0149-0.032120.55636.81810.454
30.9603-0.74890.36571.883-0.31551.00110.0185-0.12030.08310.2738-0.0678-0.123-0.06250.11120.0493-0.0104-0.0223-0.04010.0013-0.0018-0.051432.54152.76146.788
41.117-0.00720.41251.56710.45921.31570.0474-0.1614-0.09730.2214-0.10680.16130.2405-0.11670.05940.0166-0.02140.0028-0.0256-0.0046-0.02318.51237.02336.039
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA13 - 9025 - 102
2X-RAY DIFFRACTION2AA91 - 234103 - 246
3X-RAY DIFFRACTION3BB13 - 9025 - 102
4X-RAY DIFFRACTION4BB91 - 234103 - 246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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