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- PDB-2ff4: Mycobacterium tuberculosis EmbR in complex with low affinity phos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ff4
タイトルMycobacterium tuberculosis EmbR in complex with low affinity phosphopeptide
要素
  • DNA repair protein RAD9
  • Probable regulatory protein embR
キーワードTRANSCRIPTION / winged-helix / tetratricopeptide repeat / beta-sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA strand resection involved in replication fork processing / SUMOylation of transcription factors / cell wall / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / phosphorelay signal transduction system / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / peptidoglycan-based cell wall / DNA damage checkpoint signaling / nucleotide-excision repair ...negative regulation of DNA strand resection involved in replication fork processing / SUMOylation of transcription factors / cell wall / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / phosphorelay signal transduction system / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / peptidoglycan-based cell wall / DNA damage checkpoint signaling / nucleotide-excision repair / enzyme activator activity / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / histone binding / regulation of cell cycle / DNA repair / GTPase activity / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial transcriptional activator domain / : / Bacterial transcriptional activator domain / Bacterial transcriptional activator domain / Rad9-like Rad53-binding domain, fungi / Fungal Rad9-like Rad53-binding / : / : / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / Tumour Suppressor Smad4 ...Bacterial transcriptional activator domain / : / Bacterial transcriptional activator domain / Bacterial transcriptional activator domain / Rad9-like Rad53-binding domain, fungi / Fungal Rad9-like Rad53-binding / : / : / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / Tumour Suppressor Smad4 / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / Tetratricopeptide repeat domain / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / SMAD/FHA domain superfamily / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair protein RAD9 / Transcriptional regulatory protein EmbR / Transcriptional regulatory protein EmbR
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Futterer, K. / Alderwick, L.J. / Besra, G.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Molecular structure of EmbR, a response element of Ser/Thr kinase signaling in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Alderwick, L.J. / Molle, V. / Kremer, L. / Cozzone, A.J. / Dafforn, T.R. / Besra, G.S. / Futterer, K.
履歴
登録2005年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable regulatory protein embR
B: Probable regulatory protein embR
E: DNA repair protein RAD9
F: DNA repair protein RAD9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0654
ポリマ－86,0654
非ポリマー00
水9,584532
1
A: Probable regulatory protein embR
E: DNA repair protein RAD9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0322
ポリマ－43,0322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area830 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area18670 Å2
手法PISA
2
B: Probable regulatory protein embR
F: DNA repair protein RAD9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0322
ポリマ－43,0322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area620 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area18150 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area33680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.390, 82.040, 81.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.37, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Probable regulatory protein embR


分子量: 41988.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: embR / プラスミド: pET23c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: P66799, UniProt: P9WGJ9*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド DNA repair protein RAD9


分子量: 1043.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence of the peptide is naturally found in Saccharomyces cerevisiae (yeast).
参照: UniProt: P14737
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 532 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 2.5% PEG 8000, 3% ethylene glycol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.6 Å / Num. all: 75792 / Num. obs: 75792 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.294 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 11024 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 7.021 / SU ML: 0.108 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23941 3773 5 %RANDOM
Rwork0.21523 ---
all0.21644 72016 --
obs0.21644 72016 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.211 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å20 Å20.26 Å2
2---0.81 Å20 Å2
3---0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5845 0 0 532 6377
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0215959
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1321.9588115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2015762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.5722.799268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.31815936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8171561
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2935
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024561
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.22616
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2920.24013
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2439
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2230.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2870.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4541.53938
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.72326102
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.17632282
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9154.52013
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 252 -
Rwork0.34 5316 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.39590.0484-0.00351.43370.05460.32030.0367-0.060100.0324-0.05560.03-0.0701-0.04470.0189-0.07940.0025-0.0004-0.06960.0123-0.1093-26.48768.51860.6873
20.5821-0.14910.00771.5688-0.22930.4753-0.00840.1038-0.0938-0.0957-0.05050.02250.02520.01050.0589-0.088-0.01660.0148-0.056-0.0121-0.1015-13.3213-6.4996-24.5539
329.009-5.4577-0.06546.2922-2.518639.8708-0.23980.459-1.1485-0.51620.53340.49971.76690.0819-0.29360.00040.00020.00070.0006-0.00060.0009-43.4957-1.2896-21.0982
470.03295.9048-14.806438.26918.451623.8617-0.278-0.49310.206-0.65790.1669-0.06530.2758-0.81380.11120.00070.00090.00080.0009-0.00020.0015-43.4992-0.4511-27.323
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA8 - 3868 - 386
2X-RAY DIFFRACTION2BB8 - 3808 - 380
3X-RAY DIFFRACTION3EC1 - 71 - 7
4X-RAY DIFFRACTION4FD3 - 73 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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