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万見
- PDB-2fez: Mycobacterium tuberculosis EmbR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fez
タイトルMycobacterium tuberculosis EmbR
要素Probable regulatory protein embR
キーワードTRANSCRIPTION / transcriptional regulator / winged-helix / tetratricopeptide repeat / beta-sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


cell wall / phosphorelay signal transduction system / peptidoglycan-based cell wall / GTPase activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / DNA binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial transcriptional activator domain / Bacterial transcriptional activator domain / Bacterial transcriptional activator domain / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Tumour Suppressor Smad4 / Signal transduction response regulator, C-terminal effector ...Bacterial transcriptional activator domain / Bacterial transcriptional activator domain / Bacterial transcriptional activator domain / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Tumour Suppressor Smad4 / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / Tetratricopeptide repeat domain / SMAD/FHA domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulatory protein EmbR / Transcriptional regulatory protein EmbR
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Futterer, K. / Alderwick, L.J. / Besra, G.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Molecular structure of EmbR, a response element of Ser/Thr kinase signaling in Mycobacterium tuberculosis
著者: Alderwick, L.J. / Molle, V. / Kremer, L. / Cozzone, A.J. / Dafforn, T.R. / Besra, G.S. / Futterer, K.
履歴
登録2005年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable regulatory protein embR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9881
ポリマ－41,9881
非ポリマー00
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.172, 83.614, 140.815
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Probable regulatory protein embR


分子量: 41988.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: embR / プラスミド: pET23c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: P66799, UniProt: P9WGJ9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.09 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Na-Hepes, pH 7.5, 15% PEG 4000, 0.2 M magnesium choride, 5 mM dithiothreitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-310.931
シンクロトロンESRF BM1420.9783,0.9887,0.9686
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2004年11月28日
MARRESEARCH2CCD2004年11月28日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9311
20.97831
30.98871
40.96861
反射解像度: 2→44.4 Å / Num. all: 31575 / Num. obs: 31575 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 4565 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 7.441 / SU ML: 0.11 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.149
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22842 1591 5 %RANDOM
Rwork0.20727 ---
all0.20837 29959 --
obs0.20837 29959 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.521 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.18 Å20 Å20 Å2
2---0.93 Å20 Å2
3----0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2847 0 0 240 3087
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0212904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0611.9553956
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0235372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.78922.538130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.7815456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3181531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2457
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022228
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.21323
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2940.21974
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2203
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4020.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2180.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4431.51909
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.76722978
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.24931112
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0734.5978
LS精密化 シェル解像度: 2.001→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 118 -
Rwork0.259 2184 -
obs--99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8931-0.26080.45023.6728-0.97792.3380.0140.04910.08610.1785-0.0466-0.0677-0.10650.16620.0326-0.111-0.030.0337-0.11480.0094-0.119717.79554.64749.643
21.63610.72290.37393.0626-0.47750.9890.1994-0.0545-0.30410.2782-0.1346-0.12660.04610.0807-0.0649-0.0478-0.0125-0.0232-0.0607-0.0059-0.042511.37322.74856.58
32.5223-0.65740.16254.43950.9885.66620.00310.13940.0306-0.171-0.13410.1089-0.1242-0.02420.131-0.12230.00860.0235-0.1044-0.0258-0.083914.12833.47633.353
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA10 - 10510 - 105
2X-RAY DIFFRACTION2AA107 - 285107 - 285
3X-RAY DIFFRACTION3AA286 - 382286 - 382

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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