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- PDB-2fex: The Crystal Structure of DJ-1 Superfamily Protein Atu0886 from Ag... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fex
タイトルThe Crystal Structure of DJ-1 Superfamily Protein Atu0886 from Agrobacterium tumefaciens
要素conserved hypothetical protein
キーワードstructural genomics / unknown function / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


: / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DJ-1/PfpI domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Cymborowski, M.T. / Wang, S. / Chruszcz, M. / Shumilin, I. / Gu, J. / Xu, X. / Edwards, A.M. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of DJ-1 Superfamily Protein Atu0886 from Agrobacterium tumefaciens
著者: Cymborowski, M.T. / Wang, S. / Chruszcz, M. / Shumilin, I. / Gu, J. / Xu, X. / Edwards, A.M. / Savchenko, A. / Minor, W.
履歴
登録2005年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32011年10月5日Group: Structure summary
改定 1.42022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: conserved hypothetical protein
B: conserved hypothetical protein
C: conserved hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1226
ポリマ－58,8383
非ポリマー2843
水12,268681
1
A: conserved hypothetical protein
B: conserved hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4134
ポリマ－39,2252
非ポリマー1882
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area14410 Å2
手法PISA
2
C: conserved hypothetical protein
ヘテロ分子

C: conserved hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4174
ポリマ－39,2252
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.411, 89.411, 163.486
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 188 / Label seq-ID: 1 - 188

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
詳細The biological assembly is a dimer

-
要素

#1: タンパク質 conserved hypothetical protein


分子量: 19612.635 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: C58 / 遺伝子: Atu0886 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-GOLD (DE3) / 参照: GenBank: 17739264, UniProt: A9CJS5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 681 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris 8.5, 1.5M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月19日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→78.33 Å / Num. all: 73282 / Num. obs: 73282 / % possible obs: 99.16 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 51.571
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 3.463 / Num. unique all: 7019 / Rsym value: 0.506 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
Cootモデル構築
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→78.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.086 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 3659 5 %RANDOM
Rwork0.164 ---
all0.166 69187 --
obs0.166 69187 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.003 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å20 Å20 Å2
2--0.43 Å20 Å2
3----0.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→78.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4091 0 16 681 4788
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0224374
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6461.976003
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3235618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.47623.314175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.42615659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.1441533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023384
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.22325
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.22999
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2504
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1710.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9891.52874
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.58524585
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.82231500
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3434.51389
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1249 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.250.5
2Bmedium positional0.290.5
3Cmedium positional0.360.5
1Amedium thermal1.242
2Bmedium thermal1.512
3Cmedium thermal2.12
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 245 -
Rwork0.231 4900 -
obs-4900 96.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.85520.30090.0950.45640.1941.19830.00130.0036-0.04940.01490.0193-0.06680.01510.1034-0.0207-0.02940.0173-0.0032-0.0364-0.0218-0.057731.77851.31523.644
20.68850.34080.26920.49130.21950.9023-0.0165-0.01170.069-0.02440.00780.0825-0.038-0.06710.0087-0.02680.0158-0.0106-0.0304-0.0091-0.0618.03744.69814.223
31.3108-0.3485-0.05321.29540.79991.75050.12190.0809-0.0543-0.1089-0.0043-0.02950.17980.0169-0.11760.06170.0336-0.0393-0.0180.02-0.0055-8.96365.298-7.633
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1881 - 188
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 1881 - 188
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 1881 - 188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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