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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fex | ||||||
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タイトル | The Crystal Structure of DJ-1 Superfamily Protein Atu0886 from Agrobacterium tumefaciens | ||||||
![]() | conserved hypothetical protein | ||||||
![]() | structural genomics / unknown function / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG | ||||||
機能・相同性 | DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / : / DJ-1_PfpI domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cymborowski, M.T. / Wang, S. / Chruszcz, M. / Shumilin, I. / Gu, J. / Xu, X. / Edwards, A.M. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Crystal Structure of DJ-1 Superfamily Protein Atu0886 from Agrobacterium tumefaciens 著者: Cymborowski, M.T. / Wang, S. / Chruszcz, M. / Shumilin, I. / Gu, J. / Xu, X. / Edwards, A.M. / Savchenko, A. / Minor, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 229 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 192.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 456.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 460.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 45.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: MSE / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 188 / Label seq-ID: 1 - 188
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詳細 | The biological assembly is a dimer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19612.635 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: C58 / 遺伝子: Atu0886 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.68 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris 8.5, 1.5M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月19日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→78.33 Å / Num. all: 73282 / Num. obs: 73282 / % possible obs: 99.16 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 51.571 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 3.463 / Num. unique all: 7019 / Rsym value: 0.506 / % possible all: 97.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.003 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→78.33 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 1249 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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