PDB-2fen: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme from Agrobacterium ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fen

タイトル

3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme from Agrobacterium radiobacter S2

要素

3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

キーワード

ISOMERASE / biodegradation / sulphonic acids / 3-sulphomuconate / cycloisomerase / Agrobacterium radiobacter S2

機能・相同性

機能・相同性情報

3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase / 3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase activity / 3,4-dihydroxybenzoate catabolic process / lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Lehtio, L. / Goldman, A.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2006
タイトル: Structure and function of the 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme from the protocatechuate degradative pathway of Agrobacterium radiobacter S2.
著者: Halak, S. / Lehtio, L. / Basta, T. / Burger, S. / Contzen, M. / Stolz, A. / Goldman, A.

履歴

登録	2005年12月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE The aminoacid sequence database reference for the protein is currently not available

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fen.cif.gz	741.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fen.ent.gz	614.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fen.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2fen_validation.pdf.gz	550.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2fen_full_validation.pdf.gz	586.3 KB	表示
XML形式データ	2fen_validation.xml.gz	133.4 KB	表示
CIF形式データ	2fen_validation.cif.gz	186.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/2fen ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/2fen	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2felSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2fel-2 2fel-1 2fel-3 5ddw-2 3pmo-1 3m0m-d 3ito-d 1itz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (6) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6)

登録構造単位

A: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

B: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

D: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

C: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

E: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

F: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

H: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

G: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

I: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

J: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

L: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

K: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

461 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

B: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

D: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

C: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
154 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

F: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

H: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

G: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
154 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

I: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

J: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

L: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

K: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
154 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.030, 205.320, 235.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme 分子量: 38387.449 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 株: S2 / プラスミド: pSHCMC1S2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q2HNZ1
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 825 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.19 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 15 % PEG 8000, 100 mM ammonium sulphate, 3 % MPD, 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月14日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 133154 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 2.6→2.7 Å / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FEL

2fel

解像度: 2.6→19.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 30.071 / SU ML: 0.309 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 3.394 / ESU R Free: 0.345 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.262	6657	5 %	RANDOM
R_work	0.20004	-	-	-
obs	0.20315	126496	100 %	-
all	-	126498	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.505 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30439	0	25	825	31289

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	31062
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.455	1.959	42066
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.777	5	4075
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.194	24.084	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.47	15	5186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.511	15	240
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	4896
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	23388
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.152	0.1	16808
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.314	0.5	21768
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.103	0.1	2142
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.139	0.1	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.168	0.1	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.356	1.5	20533
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.638	2	31842
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.025	3	11515
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.661	4.5	10224
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.373	467	-
R_work	0.31	8868	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8358	0.0344	-0.0383	0.8301	0.0117	0.762	-0.0858	-0.1255	0.0756	0.0058	0.0417	0.0479	-0.1236	0.0506	0.0441	-0.3559	-0.0063	0.0421	-0.1206	-0.031	0.0008	-12.616	-30.464	33.404
2	0.9004	0.4635	-0.1424	1.393	-0.3495	1.0132	0.202	0.0058	0.0853	0.478	-0.0937	0.0223	-0.3399	-0.0579	-0.1082	0.2358	-0.1092	-0.0303	-0.1792	0.0679	-0.1703	-20.475	-73.303	85.868
3	0.9871	0.2132	0.0942	0.9998	0.4334	3.1395	-0.0561	-0.0445	0.019	-0.1406	-0.1808	0.0956	-0.9845	0.0313	0.2369	0.1117	0.0382	-0.1111	-0.2109	-0.0081	-0.2003	-47.653	-102.152	136.596

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 350	2 - 350
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	2 - 350	2 - 350
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	D	2 - 351	2 - 351
4	X-RAY DIFFRACTION	1	D	C	2 - 350	2 - 350
5	X-RAY DIFFRACTION	2	E	E	2 - 350	2 - 350
6	X-RAY DIFFRACTION	2	F	F	2 - 350	2 - 350
7	X-RAY DIFFRACTION	2	G	H	2 - 350	2 - 350
8	X-RAY DIFFRACTION	2	H	G	2 - 350	2 - 350
9	X-RAY DIFFRACTION	3	I	I	2 - 350	2 - 350
10	X-RAY DIFFRACTION	3	J	J	2 - 350	2 - 350
11	X-RAY DIFFRACTION	3	K	L	3 - 350	3 - 350
12	X-RAY DIFFRACTION	3	L	K	2 - 350	2 - 350

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関連情報:EMDBヘッダ

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