PDB-2fel: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme from Agrobacterium ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fel

タイトル

3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme from Agrobacterium radiobacter S2

要素

3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

キーワード

ISOMERASE / biodegradation / sulphonic acids / 3-sulphomuconate / cycloisomerase / Agrobacterium radiobacter S2

機能・相同性

機能・相同性情報

3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase / 3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase activity / 3,4-dihydroxybenzoate catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Lehtio, L. / Goldman, A.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2006
タイトル: Structure and function of the 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme from the protocatechuate degradative pathway of Agrobacterium radiobacter S2.
著者: Halak, S. / Lehtio, L. / Basta, T. / Burger, S. / Contzen, M. / Stolz, A. / Goldman, A.

履歴

登録	2005年12月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE The aminoacid sequence database reference for the protein is currently not available

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fel.cif.gz	749.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fel.ent.gz	621.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fel.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/2fel ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/2fel	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fenC 1re5S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2fen-2 2fen-3 2fen-1 5dds-2 3pmo-1 5ddw-2 6jc8-1 6o83-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (6) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6)

登録構造単位

A: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

B: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

D: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

C: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

E: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

F: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

G: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

H: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

I: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

J: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

L: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

K: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

462 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

B: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

D: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

C: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
154 kDa, 4 ポリマー
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2

E: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

F: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

G: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

H: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
154 kDa, 4 ポリマー
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3

I: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

J: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

L: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

K: 3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
154 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.860, 208.510, 123.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.35, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	3-carboxy-cis,cis-muconate lactonizing enzyme 分子量: 38387.449 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 株: S2 / プラスミド: pSHCMC1S2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q2HNZ1
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.2 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 15 % PEG 8000, 100 mM Ammonium sulphate, 100 mM Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月14日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 219955 / Num. obs: 219955 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RE5

1re5

解像度: 2.2→19.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 14.783 / SU ML: 0.183 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23574	10998	5 %	RANDOM
R_work	0.18795	-	-	-
all	0.19034	208960	-	-
obs	0.19034	208960	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.759 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.96 Å²	0 Å²	-2.24 Å²
2-	-	-1.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30384	0	71	1252	31707

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	31114
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.457	1.96	42161
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.6	5	4085
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.73	24.084	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.087	15	5185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.409	15	240
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	4904
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	23428
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.151	0.1	16613
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.5	21962
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.1	2985
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.098	0.1	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.13	0.1	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.428	1.5	20592
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.73	2	31887
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.294	3	11557
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.019	4.5	10274
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.343	807	-
R_work	0.281	15334	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5891	-0.166	0.2356	0.8586	0.0351	0.9183	-0.0133	0.0632	0.0016	-0.1231	0.0173	-0.0346	-0.1588	0.055	-0.004	-0.1026	-0.0215	0.0335	-0.1406	-0.0404	-0.1905	5.2024	-35.5658	39.5143
2	0.4206	0.059	0.1378	0.6799	-0.0094	1.1067	-0.0145	0.0371	-0.0553	-0.017	0.0351	0.0023	0.055	0.008	-0.0206	-0.1916	-0.0315	0.0232	-0.1474	-0.0057	-0.1349	20.1045	39.1081	26.9703
3	0.7318	-0.0113	0.2635	0.771	-0.0718	0.9749	0.0165	0.0553	-0.1271	0.1095	0.1108	-0.1306	0.1727	0.1905	-0.1273	-0.1158	0.1268	-0.0055	-0.0675	-0.1173	-0.0109	12.6306	-3.3454	-25.1209

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 350	2 - 350
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	2 - 350	2 - 350
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	D	2 - 350	2 - 350
4	X-RAY DIFFRACTION	1	D	C	2 - 350	2 - 350
5	X-RAY DIFFRACTION	2	E	E	2 - 350	2 - 350
6	X-RAY DIFFRACTION	2	F	F	2 - 350	2 - 350
7	X-RAY DIFFRACTION	2	G	G	2 - 350	2 - 350
8	X-RAY DIFFRACTION	2	H	H	2 - 350	2 - 350
9	X-RAY DIFFRACTION	3	I	I	2 - 350	2 - 350
10	X-RAY DIFFRACTION	3	J	J	2 - 350	2 - 350
11	X-RAY DIFFRACTION	3	K	L	2 - 350	2 - 350
12	X-RAY DIFFRACTION	3	L	K	2 - 350	2 - 350

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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