PDB-2fe9: Solution structure of the Vts1 SAM domain in the presence of RNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fe9

タイトル

Solution structure of the Vts1 SAM domain in the presence of RNA

要素

Protein VTS1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Vts1 / SAM domain / Smaug / translational control

機能・相同性

機能・相同性情報

flap-structured DNA binding / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / positive regulation of DNA metabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / P-body / protein transport / nucleotide binding / mRNA binding / RNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

溶液NMR / Torsion angle dynamics with CNS

データ登録者

Edwards, T.A. / Butterwick, J.A. / Palmer, A.G. / Aggarwal, A.K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Solution Structure of the Vts1 SAM Domain in the Presence of RNA.
著者: Edwards, T.A. / Butterwick, J.A. / Zeng, L. / Gupta, Y.K. / Wang, X. / Wharton, R.P. / Palmer, A.G. / Aggarwal, A.K.

履歴

登録	2005年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2020年2月5日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_database_status.status_code_cs
改定 1.4	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.5	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fe9.cif.gz	595.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fe9.ent.gz	507.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fe9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/2fe9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/2fe9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2hlu-d 2plt-d 6sqv-2 1byp-d 1bxv-d 2jtr-d 4oj1-2 4dpb-d 6f4i-3 6sr7-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 6922Vts1 chemical shifts in complex with RNA

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein VTS1

9.88 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Protein VTS1 / VTI1-2 suppressor protein 1 分子量: 9879.550 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues: 438-523 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: VTS1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08831

#1: タンパク質

Protein VTS1 / VTI1-2 suppressor protein 1

分子量: 9879.550 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues: 438-523 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: VTS1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08831

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

NMR実験の詳細

Text: The residue numbering used in this entry is not the same as the full Vts1 sequence. The residues here are numbered 1-86 which correspond to residues 438-523 in the full-length protein.

-
試料調製

詳細	内容: 0.5 mM Vts1 U-13C,15N; 0.5 mM 13-nt TCE; 20 mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 100 mM NaCl / pH: 6.25 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	700	2
Bruker DRX	Bruker	DRX	800	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.1	Brunger	精密化
NMRPipe	2004	Delaglio	解析
Sparky	3	Goddard	データ解析

精密化

手法: Torsion angle dynamics with CNS / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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