PDB-2fe7: The crystal structure of a probable N-acetyltransferase from Pseu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fe7

タイトル

The crystal structure of a probable N-acetyltransferase from Pseudomonas aeruginosa

要素

probable N-acetyltransferase

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / N-acetyltransferase / Pseudomonas aeruginosa / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Zhang, R. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a N-acetyltransferase from Pseudomonas aeruginosa
著者: Zhang, R. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2005年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fe7.cif.gz	82.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fe7.ent.gz	62.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fe7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2fe7_validation.pdf.gz	434.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2fe7_full_validation.pdf.gz	436 KB	表示
XML形式データ	2fe7_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	2fe7_validation.cif.gz	24.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/2fe7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/2fe7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6v8n-d 4g6q-1 1gyn-d 3gan-2 1i3s-3 3v0t-d 6v90-d 4lv4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC5777

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: probable N-acetyltransferase

B: probable N-acetyltransferase

38.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: probable N-acetyltransferase

B: probable N-acetyltransferase

A: probable N-acetyltransferase

B: probable N-acetyltransferase

ソフトウェアが定義した集合体
76.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.375, 52.036, 58.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.07, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-297- HOH

詳細

This protein existed as dimer. The deposited structure of MolA and MolB reprsent the dimer in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	probable N-acetyltransferase 分子量: 19103.570 Da / 分子数: 2 / 変異: Y68F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌) 生物種: Pseudomonas aeruginosa / 株: PAO1 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 32043669, UniProt: Q9I640*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

probable N-acetyltransferase

分子量: 19103.570 Da / 分子数: 2 / 変異: Y68F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
生物種: Pseudomonas aeruginosa / 株: PAO1 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 32043669, UniProt: Q9I640*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.54 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.1M Tris, 0.02M CaCl2, 20% PEG3350, 3% 1,6 Hexandiol, 3.3% sucrose, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月5日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→70.53 Å / Num. all: 27833 / Num. obs: 27694 / % possible obs: 99.51 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / B_iso Wilson estimate: 27.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Num. unique all: 2840 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→70.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 6.314 / SU ML: 0.099 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.146
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22124	1483	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18753	-	-	-
obs	0.18924	27694	99.51 %	-
all	-	27833	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.373 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.73 Å²	0 Å²	-0.41 Å²
2-	-	-0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.32 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.04 Å	0.035 Å
Luzzati d res low	-	6 Å
Luzzati sigma a	0.5 Å	0.036 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→70.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2597	0	0	301	2898

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	2657
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.172	1.96	3602
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.12	5	317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.88	22.042	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.698	15	429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.481	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	377
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2091
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	1830
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	312
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.205	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.185	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.591	1.5	1650
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.995	2	2533
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.656	3	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.648	4.5	1069

LS精密化シェル

解像度: 1.996→2.048 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	108	-
R_work	0.223	1936	-
obs	-	-	95.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 28.95 Å / Origin y: 43.715 Å / Origin z: 12.439 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0245 Å²	0.0039 Å²	0.006 Å²	-	-0.0649 Å²	-0.003 Å²	-	-	-0.0719 Å²
L	1.1542 °²	0.3036 °²	0.0972 °²	-	1.0057 °²	0.0404 °²	-	-	0.948 °²
S	-0.0011 Å °	-0.1321 Å °	0.0146 Å °	0.1036 Å °	-0.0047 Å °	0.0323 Å °	0.0235 Å °	-0.0629 Å °	0.0058 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 50	11 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	51 - 100	59 - 108
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	101 - 158	109 - 166
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	-7 - 50	1 - 58
5	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	51 - 100	59 - 108
6	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	101 - 158	109 - 166

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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