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- PDB-2fe1: Crystal Structure of PAE0151 from Pyrobaculum aerophilum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fe1
タイトルCrystal Structure of PAE0151 from Pyrobaculum aerophilum
要素conserved hypothetical protein PAE0151
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PIN DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Pae0151-like, PIN domain / PIN domain / VapC family / 5'-nuclease / PIN domain / PIN-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ribonuclease VapC3
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrobaculum aerophilum (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bunker, R.D. / Baker, E.N. / Arcus, V.L.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of PAE0151 from Pyrobaculum aerophilum, a PIN-domain (VapC) protein from a toxin-antitoxin operon.
著者: Bunker, R.D. / McKenzie, J.L. / Baker, E.N. / Arcus, V.L.
履歴
登録2005年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: conserved hypothetical protein PAE0151
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8764
ポリマ－17,7461
非ポリマー1303
水1,44180
1
A: conserved hypothetical protein PAE0151
ヘテロ分子

A: conserved hypothetical protein PAE0151
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7538
ポリマ－35,4922
非ポリマー2616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
Buried area3700 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area12280 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.343, 72.343, 96.803
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

CA

21A-306-

HOH

31A-380-

HOH

詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x+y, y, -z+1/2.

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要素

#1: タンパク質 conserved hypothetical protein PAE0151


分子量: 17746.002 Da / 分子数: 1 / 断片: PAE0151 / 変異: K2E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum aerophilum (古細菌) / 株: IM2 / 遺伝子: PAE0151 / プラスミド: pProEX-HTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pRI / 参照: UniProt: Q8ZZP3
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% w/v PEG 3350, 0.2 M calcium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K. Crystal soaked in crystallization medium supplemented with 5 mM MnCl2 for 24 ...詳細: 20% w/v PEG 3350, 0.2 M calcium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K. Crystal soaked in crystallization medium supplemented with 5 mM MnCl2 for 24 hours prior to data collection.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.7712 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月25日 / 詳細: cylindrical grazing incidence mirror
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7712 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→62.65 Å / Num. all: 7979 / Num. obs: 7979 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 17.8 % / Biso Wilson estimate: 29.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 38
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique all: 1027 / Rsym value: 0.184 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→52.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 8.936 / SU ML: 0.118 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 795 10 %RANDOM
Rwork0.174 ---
all0.179 7979 --
obs0.179 7949 98.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20.17 Å20 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→52.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数998 0 3 80 1081
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3521.9691380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3625129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.74724.65143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.4815169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.403154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2163
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02752
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.2706
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1910.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.981.5675
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48621020
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5253406
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8914.5360
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 45 -
Rwork0.175 446 -
obs-491 85.99 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 44.774 Å / Origin y: 8.619 Å / Origin z: 17.449 Å
111213212223313233
T0.0013 Å2-0.0003 Å20.0191 Å2--0.0496 Å2-0.027 Å2---0.0306 Å2
L2.8764 °20.1523 °20.0937 °2-1.4755 °2-0.8287 °2--1.5443 °2
S-0.0452 Å °0.2669 Å °-0.1165 Å °-0.1347 Å °-0.0274 Å °-0.1916 Å °-0.0193 Å °0.1651 Å °0.0726 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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