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万見
- PDB-2fe0: NMR structure of SMP-1 (Small Myristoylated Protein) from Leishma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fe0
タイトルNMR structure of SMP-1 (Small Myristoylated Protein) from Leishmania major
要素small myristoylated protein 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN / BETA SHEET
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host / ciliary membrane / cilium assembly
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF1935 / Smp-1-like superfamily / Domain of unknown function (DUF1935) / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Putative calpain-like cysteine peptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Gooley, P.R. / Mertens, H.D.T. / Tull, D. / McConville, M.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Function, membrane targetting and structure of SMP-1
著者: Tull, D. / Mertens, H.D.T. / Gooley, P.R. / McConville, M.J.
履歴
登録2005年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年2月26日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: small myristoylated protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4191
ポリマ－15,4191
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)24 / 100the smallest constraint violations, most favourable non-bond energies
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 small myristoylated protein 1 / SMP-1


分子量: 15419.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
プラスミド: pGEX-6P-3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 55714656, UniProt: Q5SDH5*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
3233D 15N-separated NOESY
333HNHA
343HNHB
252HACACB
2623D 13C-separated NOESY
17113C'-{13Cg} spin-echo difference 15N HSQC
18115N-{13Cg} spin-echo difference 15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM SMP-1 U-15N, 13C; 50mM phosphate; 5mM DTT; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM SMP-1 U-15N, 13C; 50mM phosphate; 5mM DTT; 100% D2O100% D2O
31mM SMP-1 U-15N; 50mM phosphate; 5mM DTT; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150mM 6.8ambient 298 K
250mM 6.8ambient 298 K
350mM 6.9ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA-CANDID1.0.7T. Hermann, P. Guntert, K. Wuthrich構造決定
XPLOR-NIH2.11C.D. Schweiters, J. Kuszewski, N. Tjandra, G.M. Clore精密化
NMRPipe2.3F. Delaglio解析
NMRView5.2.2B.A. Johnsonデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: 1671 NOE-derived distance constriants, 82 dihedral angle constraints
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: the smallest constraint violations, most favourable non-bond energies
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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