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- PDB-2fcg: Solution structure of the C-terminal fragment of human LL-37 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fcg
タイトルSolution structure of the C-terminal fragment of human LL-37
要素Antibacterial protein FALL-39, core peptide
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / LL-37 / host defense peptide / antimicrobial peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to butyrate / positive regulation of antimicrobial humoral response / prostaglandin production involved in inflammatory response / cytolysis / dentinogenesis / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / : / specific granule / cellular response to peptidoglycan / neutrophil activation ...cellular response to butyrate / positive regulation of antimicrobial humoral response / prostaglandin production involved in inflammatory response / cytolysis / dentinogenesis / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / : / specific granule / cellular response to peptidoglycan / neutrophil activation / leukotriene biosynthetic process / cellular response to interleukin-6 / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / Antimicrobial peptides / cellular response to exogenous dsRNA / cellular response to interleukin-1 / response to glucose / cell projection / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / positive regulation of interleukin-1 beta production / innate immune response in mucosa / lipopolysaccharide binding / specific granule lumen / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of tumor necrosis factor production / tertiary granule lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / cellular response to lipopolysaccharide / amyloid fibril formation / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / : / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cathelicidin, antimicrobial peptide, C-terminal / LPS binding domain of CAP18 (C terminal) / Cathelicidins signature 1. / Cathelicidin, conserved site / Cathelicidins signature 2. / Cathelicidin-like / Cathelicidin / Cystatin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cathelicidin antimicrobial peptide
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wang, G. / Li, X.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2006
タイトル: Solution Structures of Human LL-37 Fragments and NMR-Based Identification of a Minimal Membrane-Targeting Antimicrobial and Anticancer Region.
著者: Li, X. / Li, Y. / Han, H. / Miller, D.W. / Wang, G.
履歴
登録2005年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Antibacterial protein FALL-39, core peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,0511
ポリマ－3,0511
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Antibacterial protein FALL-39, core peptide / FALL-39 peptide antibiotic / Cationic antimicrobial protein CAP-18 / hCAP-18


分子量: 3050.623 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 146-170 / 由来タイプ: 合成
詳細: sequence corresponds to residues 146-170 of Human FALL-39
参照: UniProt: P49913

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
131DQF-COSY
141(H1,H13) HSQC
151(H1,N15) HSQC
NMR実験の詳細Text: A set of NMR data was also collected at 310 K.

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試料調製

詳細内容: 2 mM peptide and 80 mM SDS / 溶媒系: 10% D2O/90%H2O
試料状態イオン強度: 80 / pH: 5.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Xplor-NIH1CD Schwieters, J Kuszewski, N Tjandra, GM Clore構造決定
PIPP1Dan Garrettデータ解析
NMRPipe2.1Frank Delaglio解析
TALOS1999Cornilescu, Frank Delaglio, Ad Bax精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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