[日本語] English
万見
- PDB-2fbm: Acetyltransferase domain of CDY1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fbm
タイトルAcetyltransferase domain of CDY1
要素Y chromosome chromodomain protein 1, telomeric isoform b
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Acetyltransferase / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


histone acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / methylated histone binding / transcription corepressor activity / spermatogenesis / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Chromo domain subgroup / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Chromo domain, conserved site / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. ...: / Chromo domain subgroup / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Chromo domain, conserved site / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / Chromo-like domain superfamily / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Testis-specific chromodomain protein Y 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Min, J.R. / Antoshenko, T. / Hong, W. / Loppnau, P. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Acetyltransferases domain of Human Testis-specific chromodomain protein Y 1
著者: Min, J.R. / Antoshenko, T. / Hong, W. / Loppnau, P. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2005年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Y chromosome chromodomain protein 1, telomeric isoform b
B: Y chromosome chromodomain protein 1, telomeric isoform b
C: Y chromosome chromodomain protein 1, telomeric isoform b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7496
ポリマ－96,6423
非ポリマー1063
水6,395355
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7280 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area27590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.925, 133.767, 122.629
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Y chromosome chromodomain protein 1, telomeric isoform b


分子量: 32214.127 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDY1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y6F8
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.97 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20%v PEG3350, 0.2M Am2SO4, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月16日
放射モノクロメーター: silicon 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→100 Å / Num. all: 41415 / Num. obs: 41415 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.28→2.36 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.28→87.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 12.832 / SU ML: 0.163 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2527 2088 5 %RANDOM
Rwork0.18729 ---
obs0.19065 39288 95.06 %-
all-39288 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.076 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.01 Å20 Å20 Å2
2---1.72 Å20 Å2
3----1.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→87.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5718 0 3 355 6076
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0225808
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6211.9647850
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4875748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.14825.333225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.747151048
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1041521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2928
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.22888
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.23971
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2361
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3020.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1180.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7221.53859
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.19825992
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.00332242
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0554.51858
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.284→2.343 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 164 -
Rwork0.249 2899 -
obs--96.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.21914.9045.24534.53466.410812.17440.1101-0.3524-0.3716-0.2119-0.0609-0.44040.4387-0.0829-0.04920.05950.02250.0293-0.09580.0920.0271-4.45430.9958-7.1981
22.35373.2926-0.79476.61483.13569.249-0.2246-0.7481-0.5649-0.30120.1122-0.11320.1756-0.56050.11240.0046-0.0146-0.0008-0.02070.07280.0986-13.71041.5574-16.1957
32.2408-0.40061.03336.6178-0.06640.4786-0.1793-0.0411-0.01230.36570.23460.1968-0.0469-0.0987-0.05530.0851-0.00090.02340.01590.0638-0.0236-6.18187.9150.6495
41.71980.25311.88260.33320.97137.22650.0514-0.0075-0.11310.0642-0.1332-0.03020.38970.50120.0819-0.00220.02820.0040.01250.06440.03280.38548.5819-9.4239
50.211-0.46520.92181.0259-2.03284.0280.16450.0709-0.41310.1340.03690.16940.7487-0.3002-0.20140.0879-0.0132-0.0135-0.0456-0.02790.089-10.45934.4256-21.5093
62.05150.1614-0.17731.2074-0.46730.18730.0203-0.2664-0.24350.1342-0.0206-0.02090.09050.00180.00030.0535-0.00910.0070.03070.0482-0.0262-4.332714.6933-1.0134
79.60033.7553-5.27187.4041-14.674129.6946-0.34-0.7787-1.3496-0.71-0.2473-0.83690.93471.16890.5873-0.04620.0639-0.07670.26090.0439-0.082513.759119.33922.0637
89.41446.15087.40576.89885.84776.17920.2164-0.0021-0.31820.350.0545-0.10470.16390.0242-0.27090.01270.00850.02720.03520.0496-0.04469.914818.8361-7.888
92.58072.1821.28962.23792.52595.8871-0.03230.0424-0.0079-0.1505-0.0273-0.06010.04510.02870.05960.02940.01490.0179-0.00010.03880.0098-1.646715.3628-18.3166
100.1378-0.03590.04571.3150.70661.18090.0810.028-0.09390.1459-0.04320.090.0504-0.0755-0.03780.0047-0.03060.0370.02750.0250.0143-14.303617.5254-9.2914
111.2285-1.11010.02281.20160.06860.9412-0.013-0.0456-0.06430.0464-0.0102-0.0301-0.01110.07990.02320.0176-0.01260.02460.02080.0007-0.0156-4.2828.444-6.522
122.0883-0.40620.82031.36550.17356.2178-0.0972-0.05340.15440.0316-0.08870.1402-0.027-0.04130.1858-0.0074-0.00520.0389-0.0179-0.01280.035-10.749334.1692-10.0885
135.10583.9006-1.84282.9799-1.40780.6651-0.269-0.26970.06930.3980.2380.28960.04360.14640.0310.040.00040.02660.0080.020.0117-14.892430.0572-1.0401
141.976-0.25662.78791.4743-0.4363.93720.01-0.05070.064-0.0428-0.15550.0887-0.0404-0.25030.1455-0.0411-0.00960.05230.01510.01890.0624-20.3625.803-9.358
155.4459-0.6771-3.00567.40982.31032.17080.1816-0.0877-0.21660.2408-0.16190.83920.1037-0.3477-0.0197-0.0333-0.06970.02060.04940.03370.0523-25.744511.9677-8.0329
162.63561.7247-4.14134.2271-2.01338.0735-0.00110.2719-0.38010.0531-0.1074-0.06540.3075-0.23990.1085-0.0465-0.0131-0.0369-0.0245-0.00490.0604-19.4558.1568-24.255
173.08031.8689-4.47181.2274-2.80476.5814-0.09880.2428-0.50060.17520.11830.3074-0.18250.2077-0.0195-0.03760.00590.00560.0318-0.00670.0514-11.721818.7771-28.5131
1829.9320.716312.4920.04470.22455.4142-0.28360.60170.13820.03690.2569-0.1196-0.05480.02080.0267-0.02730.02170.03320.07020.01570.0138-4.345624.5504-26.1314
193.71421.11575.31781.00161.196911.2414-0.03270.00060.105-0.0746-0.0647-0.1528-0.1610.21940.0974-0.0392-0.00130.01140.0212-0.0050.00616.667127.7191-9.8252
2021.670913.6119-3.199516.5009-3.080812.65051.0283-1.20320.13861.2029-0.58620.0464-0.13020.3252-0.44220.0566-0.0072-0.030.0590.0204-0.12295.329126.52466.858
216.1473-2.4712-0.418.80630.69270.1523-0.0769-0.1413-0.33860.27370.5669-0.2779-0.86770.4408-0.49010.0139-0.07780.0322-0.0153-0.14570.0239-6.201160.168-0.0867
223.5416-3.41731.96543.8867-0.77763.2142-0.3786-0.07840.11560.03030.282-0.3915-0.82530.21080.09660.151-0.04190.0114-0.0378-0.0458-0.0188-11.211859.1815-2.7193
234.5312-2.78581.39184.7459-0.87913.71110.2234-0.00930.3864-0.46120.0076-0.4218-0.9750.5368-0.2310.2966-0.21170.1212-0.0709-0.0856-0.1025-6.999460.7299-10.1854
246.195-4.0025-0.37355.4547-1.62192.7564-0.0161-0.0145-0.23280.1616-0.0916-0.15360.0850.58720.1077-0.0394-0.02290.04870.0833-0.0419-0.0123-0.70648.5607-0.4353
250.40851.2235-0.94683.75-2.53593.2528-0.1478-0.2830.0723-0.13920.11790.0107-0.7886-0.0660.02990.29030.02560.0132-0.0957-0.045-0.0191-17.637560.6717-12.565
269.297214.3369-4.028422.1084-6.21211.7455-1.40130.78692.14722.2891.2168-2.71620.09161.12490.18450.52550.0246-0.09240.05470.16670.4632-13.648771.5284-28.224
2710.3674-11.061414.75714.5042-16.6321.2950.52280.38330.4741-0.8214-0.7471-0.5990.05741.33150.22420.3655-0.14520.1508-0.1168-0.0391-0.0815-7.844763.0774-25.3294
281.6964-2.21123.88262.9181-5.262510.0186-0.05310.04020.0135-0.06920.2438-0.1989-0.4630.384-0.19070.1236-0.13940.08760.0031-0.0843-0.024-3.749352.1009-15.7942
291.8221-0.99421.36751.4080.18212.0219-0.0954-0.01320.0762-0.0044-0.0199-0.0675-0.40450.17720.11530.0555-0.01120.053-0.0014-0.0075-0.007-13.316249.7925-9.1001
301.206-0.16360.41041.62321.32221.32550.0963-0.15430.067-0.11680.04210.0148-0.0893-0.0042-0.13830.02640.0170.04470.00780.008-0.0129-17.606946.1094-7.6952
311.38141.6696-3.52884.4072-2.112710.9529-0.5263-0.17810.0151-0.29010.2132-0.01-0.3212-0.46730.3130.15230.0185-0.0376-0.0965-0.0038-0.0106-22.42753.3021-22.3859
323.3742-1.5661-0.78491.65570.36320.8314-0.02550.0049-0.3038-0.099-0.0085-0.0053-0.2004-0.03420.0340.05060.00510.0033-0.0165-0.0448-0.0259-19.196443.3249-22.9954
336.53595.7982-0.26928.44391.58631.02040.0035-0.11390.55310.5127-0.31610.5834-0.7749-0.21290.3125-0.0690.08530.05620.0161-0.05730.0256-28.005844.5041-12.6846
340.4121-0.4828-0.92131.40492.7275.59030.1206-0.0719-0.0956-0.06930.05460.14050.069-0.148-0.1752-0.00710.00660.02650.0266-0.00940.0111-21.749741.3192-5.3297
3518.5632-4.790.68063.9639-1.73213.8975-0.1057-0.29430.34750.2252-0.0144-0.0934-0.0945-0.13820.12010.0123-0.01980.04610.0169-0.0391-0.0719-13.56744.75755.6037
362.0873-2.2237-1.47382.9458-0.15946.2246-0.0242-0.23350.3985-0.0050.2323-0.25520.16320.4505-0.2081-0.0376-0.01450.01390.0399-0.04940.01270.859637.917-3.0676
370.19671.8085-1.64316.6311-15.109113.72640.5362-0.2251-0.3081-0.7293-0.4386-0.329-0.1347-0.3042-0.09760.0453-0.00470.02990.1003-0.00120.0142-1.240439.3668-17.9056
3812.4345-14.921910.83117.9069-12.99769.43430.43580.7234-0.3645-1.0865-0.0930.1684-0.34260.9711-0.34280.1585-0.10980.1050.0671-0.1352-0.0627-4.77746.5953-26.0929
399.9134-11.15627.548614.7569-4.592912.6626-0.51250.54530.3903-0.23030.2605-1.102-1.00740.55250.25190.303-0.12370.0458-0.1227-0.0326-0.1178-12.291157.4607-30.5177
4013.6608-5.2281-2.09477.07282.511.9988-0.35830.5899-0.0891-0.3313-0.35320.702-1.2394-0.56540.71150.5420.0531-0.199-0.2438-0.006-0.1205-23.302765.056-29.2603
410.09350.0590.62847.07342.79925.0426-0.0924-0.02120.1706-0.3309-0.15620.9982-0.3579-0.35110.2485-0.0140.1014-0.12770.0364-0.05930.0867-36.95739.5318-44.4353
425.04115.815.03186.96376.17765.55760.1713-0.16050.13520.4186-0.59690.35850.1468-1.13560.4256-0.01650.0396-0.04620.1044-0.0315-0.0011-39.429125.8907-42.9842
433.28650.72130.34934.18881.8071.9620.18380.1315-0.0819-0.21710.03960.0459-0.013-0.3039-0.2234-0.0440.0109-0.06430.0382-0.01910.0321-32.225524.0404-45.5224
441.30994.6264-0.998319.8818-0.85612.7726-0.16780.2761-0.0045-0.62210.01620.232-0.3516-0.10520.15160.06330.0267-0.11570.007-0.0032-0.0482-28.308835.3653-47.5449
454.65354.7404-1.563310.1543-0.78171.699-0.0081-0.0290.201-0.7364-0.02760.3941-0.4036-0.49830.03570.07050.1303-0.0972-0.0353-0.05390.032-33.43640.7-38.8651
467.6239-6.8061-6.71326.18966.834112.1388-0.1523-0.1862-0.4873-0.1754-0.24830.45480.1825-0.73940.4006-0.08410.0105-0.0550.0735-0.06370.0596-33.45823.489-37.4262
470.6397-1.0658-0.8182.67611.42741.05060.10750.0682-0.0975-0.16270.00480.07590.4215-0.1856-0.11230.0025-0.0707-0.07140.01630.01020.0566-29.454515.0377-45.8344
4845.85059.6672-7.01676.702110.128429.9645-1.00954.2309-2.45250.74960.512-1.11760.7036-1.32780.4975-0.0468-0.1726-0.00140.3857-0.05320.1657-22.493110.9818-52.1779
497.7104-1.9367-0.74761.67352.16833.37670.1463-0.0512-0.1992-0.0184-0.27380.2893-0.1083-0.08190.1275-0.03790.0005-0.06090.0354-0.0308-0.0017-19.95319.4931-48.5401
502.97041.3241-1.06346.0051.64261.5019-0.0284-0.01240.00990.0149-0.10050.0851-0.07360.04830.12890.03820.0026-0.05060.0012-0.0058-0.0352-20.435633.2289-41.9829
511.48981.6166-0.13873.97141.25690.9063-0.0774-0.155-0.0568-0.3163-0.12460.3028-0.161-0.19840.2019-0.04080.0344-0.0740.0673-0.07430.0191-30.803632.0209-33.2421
520.09380.02280.26510.8949-0.15720.8051-0.0241-0.0813-0.0765-0.0002-0.0517-0.0248-0.0663-0.12340.0758-0.0272-0.0054-0.00480.0384-0.02860.0359-26.359226.2094-29.6172
532.34862.10180.70282.8137-0.0851.67240.0767-0.1194-0.06660.0589-0.08980.1016-0.0606-0.0570.0131-0.02020.00030.00860.0189-0.01140.0147-19.320522.8147-22.3209
542.5915-2.76761.53047.2106-1.42782.0807-0.0551-0.2201-0.03750.4258-0.04810.2809-0.1729-0.37810.1032-0.04890.04220.05220.0542-0.06920.0227-32.245530.2004-21.2321
5541.2193-17.9678-10.217935.5705-16.227917.95370.11870.0323-0.9304-0.4974-0.27734.0643-1.1639-0.87020.1586-0.11180.1808-0.04690.0578-0.24240.3011-42.505940.417-27.3268
5610.21110.6932-0.75282.93350.16975.0427-0.16580.51480.3126-0.3113-0.03670.3486-0.9269-0.24450.20250.22540.1045-0.0931-0.1394-0.0607-0.1093-28.444449.9161-32.6474
577.0635-10.517-13.078320.333423.570427.8072-0.4594-0.871-0.1950.0251-0.2798-0.8565-1.05260.45090.73910.2305-0.1096-0.0399-0.0986-0.0438-0.0129-13.437241.7827-32.4076
583.26140.8539-1.53111.96983.1311.78060.22920.19260.01220.20180.0434-0.1999-0.06530.1829-0.27260.0034-0.0335-0.02860.00330.0279-0.0086-11.626831.9691-36.6705
590.38761.77850.99489.93223.30273.4526-0.04480.0884-0.1659-0.1421-0.0112-0.0883-0.10650.43950.056-0.0231-0.01250.00460.05970.00990.016-13.422819.0412-39.9674
6014.73381.7027-3.070912.99991.17870.8237-0.2909-0.2175-0.3772-0.80230.24340.21230.17060.1580.04750.1027-0.0648-0.0916-0.04590.0062-0.0487-23.36468.0584-40.464
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA282 - 28921 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2AA290 - 29729 - 36
3X-RAY DIFFRACTION3AA298 - 30737 - 46
4X-RAY DIFFRACTION4AA308 - 32347 - 62
5X-RAY DIFFRACTION5AA324 - 33363 - 72
6X-RAY DIFFRACTION6AA334 - 35173 - 90
7X-RAY DIFFRACTION7AA352 - 35991 - 98
8X-RAY DIFFRACTION8AA360 - 37099 - 109
9X-RAY DIFFRACTION9AA371 - 380110 - 119
10X-RAY DIFFRACTION10AA381 - 413120 - 152
11X-RAY DIFFRACTION11AA414 - 433153 - 172
12X-RAY DIFFRACTION12AA434 - 446173 - 185
13X-RAY DIFFRACTION13AA447 - 452186 - 191
14X-RAY DIFFRACTION14AA453 - 463192 - 202
15X-RAY DIFFRACTION15AA464 - 475203 - 214
16X-RAY DIFFRACTION16AA476 - 492215 - 231
17X-RAY DIFFRACTION17AA493 - 497232 - 236
18X-RAY DIFFRACTION18AA498 - 504237 - 243
19X-RAY DIFFRACTION19AA505 - 524244 - 263
20X-RAY DIFFRACTION20AA525 - 532264 - 271
21X-RAY DIFFRACTION21BB283 - 29122 - 30
22X-RAY DIFFRACTION22BB292 - 30531 - 44
23X-RAY DIFFRACTION23BB306 - 32645 - 65
24X-RAY DIFFRACTION24BB327 - 33366 - 72
25X-RAY DIFFRACTION25BB334 - 35173 - 90
26X-RAY DIFFRACTION26BB352 - 35991 - 98
27X-RAY DIFFRACTION27BB360 - 37099 - 109
28X-RAY DIFFRACTION28BB371 - 379110 - 118
29X-RAY DIFFRACTION29BB380 - 397119 - 136
30X-RAY DIFFRACTION30BB398 - 412137 - 151
31X-RAY DIFFRACTION31BB413 - 424152 - 163
32X-RAY DIFFRACTION32BB425 - 448164 - 187
33X-RAY DIFFRACTION33BB449 - 454188 - 193
34X-RAY DIFFRACTION34BB455 - 470194 - 209
35X-RAY DIFFRACTION35BB471 - 481210 - 220
36X-RAY DIFFRACTION36BB482 - 496221 - 235
37X-RAY DIFFRACTION37BB497 - 502236 - 241
38X-RAY DIFFRACTION38BB503 - 511242 - 250
39X-RAY DIFFRACTION39BB512 - 520251 - 259
40X-RAY DIFFRACTION40BB521 - 532260 - 271
41X-RAY DIFFRACTION41CC283 - 29722 - 36
42X-RAY DIFFRACTION42CC298 - 30637 - 45
43X-RAY DIFFRACTION43CC307 - 31246 - 51
44X-RAY DIFFRACTION44CC313 - 32652 - 65
45X-RAY DIFFRACTION45CC327 - 33966 - 78
46X-RAY DIFFRACTION46CC340 - 34679 - 85
47X-RAY DIFFRACTION47CC347 - 35286 - 91
48X-RAY DIFFRACTION48CC353 - 36092 - 99
49X-RAY DIFFRACTION49CC361 - 368100 - 107
50X-RAY DIFFRACTION50CC369 - 380108 - 119
51X-RAY DIFFRACTION51CC381 - 397120 - 136
52X-RAY DIFFRACTION52CC398 - 433137 - 172
53X-RAY DIFFRACTION53CC434 - 447173 - 186
54X-RAY DIFFRACTION54CC448 - 469187 - 208
55X-RAY DIFFRACTION55CC470 - 475209 - 214
56X-RAY DIFFRACTION56CC476 - 495215 - 234
57X-RAY DIFFRACTION57CC496 - 501235 - 240
58X-RAY DIFFRACTION58CC502 - 509241 - 248
59X-RAY DIFFRACTION59CC510 - 519249 - 258
60X-RAY DIFFRACTION60CC520 - 532259 - 271

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る