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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fb6 | ||||||
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タイトル | Structure of Conserved Protein of Unknown Function BT1422 from Bacteroides thetaiotaomicron | ||||||
![]() | conserved hypothetical protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | DsrEFH-like / DsrEFH-like / Hypothetical Protein Ychn; Chain: A, / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / : / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Osipiuk, J. / Mulligan, R. / Abdullah, J. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray crystal structure of conserved hypothetical protein BT1422 from Bacteroides thetaiotaomicron 著者: Osipiuk, J. / Mulligan, R. / Abdullah, J. / Collart, F. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. THE ...BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. THE BIOLOGICAL UNIT OF THE PROTEIN IS UNKNOWN. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 422.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 422.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13330.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: VPI-5482 / 遺伝子: BT1422 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.54 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 35% tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月5日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.46→40 Å / Num. all: 19084 / Num. obs: 19084 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 30.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.46→1.49 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.571 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique all: 1024 / % possible all: 90.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ALL DATA WERE USED IN FINAL ROUND OF REFINEMENT. R-FACTOR-ALL CORRESPONDS TO DEPOSITED FILE. R-WORK AND R-FREE FACTORS ARE TAKEN FROM SECOND ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ALL DATA WERE USED IN FINAL ROUND OF REFINEMENT. R-FACTOR-ALL CORRESPONDS TO DEPOSITED FILE. R-WORK AND R-FREE FACTORS ARE TAKEN FROM SECOND TO LAST ROUND OF REFINEMENT WHICH USED TEST DATA SET.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.221 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.46→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.46→1.498 Å / Total num. of bins used: 20
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