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- PDB-2f9r: Crystal structure of the inactive state of the Smase I, a sphingo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f9r
タイトルCrystal structure of the inactive state of the Smase I, a sphingomyelinase D from Loxosceles laeta venom
要素Sphingomyelinase D 1
キーワードHYDROLASE / sphingomyelinase D / catalytic activity / magnesium-binding site / inactive state
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoric diester hydrolase activity / lipid catabolic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / toxin activity / killing of cells of another organism / lyase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dermonecrotic toxin LlSicTox-alphaIII1i
類似検索 - 構成要素
生物種Loxosceles laeta (クモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Murakami, M.T. / Gabdoulkhakov, A. / Fernandes-Pedrosa, M.F. / Betzel, C. / Tambourgi, D.V. / Arni, R.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural basis for metal ion coordination and the catalytic mechanism of sphingomyelinases D.
著者: Murakami, M.T. / Gabdoulkhakov, A. / Fernandes-Pedrosa, M.F. / Tambourgi, D.V. / Arni, R.K.
履歴
登録2005年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sphingomyelinase D 1
B: Sphingomyelinase D 1
C: Sphingomyelinase D 1
D: Sphingomyelinase D 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,14411
ポリマ－128,3324
非ポリマー8127
水9,134507
1
A: Sphingomyelinase D 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1072
ポリマ－32,0831
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sphingomyelinase D 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3463
ポリマ－32,0831
非ポリマー2632
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Sphingomyelinase D 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3463
ポリマ－32,0831
非ポリマー2632
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Sphingomyelinase D 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3463
ポリマ－32,0831
非ポリマー2632
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
C: Sphingomyelinase D 1
D: Sphingomyelinase D 1
ヘテロ分子

A: Sphingomyelinase D 1
B: Sphingomyelinase D 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,14411
ポリマ－128,3324
非ポリマー8127
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_664-x+1,-y+1,z-1/21
Buried area9870 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area41600 Å2
手法PISA
6
A: Sphingomyelinase D 1
B: Sphingomyelinase D 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4535
ポリマ－64,1662
非ポリマー2873
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
7
C: Sphingomyelinase D 1
D: Sphingomyelinase D 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6916
ポリマ－64,1662
非ポリマー5254
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)140.587, 140.587, 113.608
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
詳細The monomer is the biological assembly

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要素

#1: タンパク質
Sphingomyelinase D 1 / Sphingomyelinase I / SMase I


分子量: 32082.953 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Loxosceles laeta (クモ) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8I914, EC: 3.1.4.41
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 11
詳細: 2.4 M trisodium citrate, pH 11, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.478 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月19日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.478 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→22.5 Å / Num. all: 90483 / Num. obs: 86016 / % possible obs: 83.47 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / % possible all: 83.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB code: 1XX1

1xx1


解像度: 1.85→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 6.783 / SU ML: 0.094 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23398 4467 4.9 %RANDOM
Rwork0.18729 ---
all0.225 90483 --
obs0.18959 86016 83.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.157 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20.33 Å20 Å2
2--0.66 Å20 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9076 0 49 507 9632
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0229667
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.341.95213202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2351213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.64524.256477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.406151553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2311550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21391
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027556
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.25801
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.26643
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2930
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2170.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.190.234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0381.55858
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.66129359
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.67434336
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7354.53810
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 358 -
Rwork0.191 6255 -
obs--83.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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