PDB-2f9j: 3.0 angstrom resolution structure of a Y22M mutant of the spliceo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f9j

タイトル

3.0 angstrom resolution structure of a Y22M mutant of the spliceosomal protein p14 bound to a region of SF3b155

要素

Pre-mRNA branch site protein p14
Splicing factor 3B subunit 1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / SF3bp14 SF3b155 SAP155 p14Y22M RRM

機能・相同性

機能・相同性情報

U11/U12 snRNP / B-WICH complex / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / blastocyst formation / splicing factor binding / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Schellenberg, M.J. / MacMillan, A.M.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of a core spliceosomal protein interface
著者: Schellenberg, M.J. / Edwards, R.A. / Ritchie, D.B. / Kent, O.A. / Golas, M.M. / Stark, H. / Glover, J.N.M. / Macmillan, A.M.

履歴

登録	2005年12月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2f9j.cif.gz	72.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2f9j.ent.gz	54.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f9j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2f9j_validation.pdf.gz	453.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2f9j_full_validation.pdf.gz	459 KB	表示
XML形式データ	2f9j_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	2f9j_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/2f9j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/2f9j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2f9dSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hln-d 6pbs-9 4p84-d 6pbs-11 6pbs-8 1z00-d 5h5d-d 3gey-4 3iil-d 2xpp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pre-mRNA branch site protein p14

P: Splicing factor 3B subunit 1

B: Pre-mRNA branch site protein p14

Q: Splicing factor 3B subunit 1

38 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pre-mRNA branch site protein p14

P: Splicing factor 3B subunit 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pre-mRNA branch site protein p14

Q: Splicing factor 3B subunit 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.271, 71.271, 102.284
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	P
2	3	Q

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	ASN	ASN	A	A	12 - 81	12 - 81
2	1	ARG	ARG	ASN	ASN	B	C	12 - 81	12 - 81
1	2	ARG	ARG	GLU	GLU	A	A	85 - 115	85 - 115
2	2	ARG	ARG	GLU	GLU	B	C	85 - 115	85 - 115
1	3	ASN	ASN	LEU	LEU	P	B	396 - 415	17 - 36
2	3	ASN	ASN	LEU	LEU	Q	D	396 - 415	17 - 36

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

詳細

2 biological units per ASU. Biological unit consists of one p14 molecule bound to one SF3b155 fragment

#1: タンパク質	Pre-mRNA branch site protein p14 / SF3B 14 kDa subunit 分子量: 14574.924 Da / 分子数: 2 / 変異: Y22M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SF3B14 / プラスミド: pMALc2x / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9Y3B4
#2: タンパク質・ペプチド	Splicing factor 3B subunit 1 / Spliceosome associated protein 155 / SAP 155 / SF3b155 / Pre-mRNA splicing factor SF3b 155 kDa subunit 分子量: 4411.839 Da / 分子数: 2 / Fragment: Residues: 381-415 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SF3B1, SAP155 / プラスミド: pGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75533
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.95 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 60% NaH2PO4/40% K2HPO4 0.5M beta-alanine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115869

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.115869 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→100 Å / Num. obs: 10288 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.059

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
3-3.11	4.2	0.46	1	100
3.11-3.23	4.2	0.383	1	100
3.23-3.38	4.2	0.241	1	100
3.38-3.56	4.2	0.138	1	99.9
3.56-3.78	4.2	0.089	1	100
3.78-4.07	4.2	0.067	1	100
4.07-4.48	4.2	0.05	1	100
4.48-5.13	4.2	0.041	1	100
5.13-6.46	4.2	0.038	1	100
6.46-100	4.1	0.023	1	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdbid 2f9d

2f9d

解像度: 3→71.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 30.705 / SU ML: 0.329 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 4.152 / ESU R Free: 0.405 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26586	488	4.8 %	RANDOM
R_work	0.21906	-	-	-
obs	0.22128	9775	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.734 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.59 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→71.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2417	0	0	11	2428

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	2467
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.328	1.985	3328
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.113	5	286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.67	23.939	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.17	15	457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.401	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	347
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	1691
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.169	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.191	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.486	1.5	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.87	2	2359
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.009	3	1105
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.57	4.5	969
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	280	tight positional	0.04	0.05
2	A	124	tight positional	0.03	0.05
3	B	80	tight positional	0.03	0.05
1	A	289	medium positional	0.49	0.5
2	A	147	medium positional	0.62	0.5
3	B	83	medium positional	0.9	0.5
1	A	280	tight thermal	0.05	0.5
2	A	124	tight thermal	0.03	0.5
3	B	80	tight thermal	0.1	0.5
1	A	289	medium thermal	0.36	2
2	A	147	medium thermal	0.18	2
3	B	83	medium thermal	0.34	2

LS精密化シェル

解像度: 3.002→3.08 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.378	34	-
R_work	0.277	716	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8729	-1.5274	-3.439	4.1485	3.291	6.7527	0.1086	-0.1217	-0.3458	0.3132	-0.3445	0.0392	-0.0728	-0.2155	0.2358	-0.0734	-0.0729	-0.0759	0.0623	0.0438	-0.296	5.516	66.791	1.599
2	1.9586	0.1356	0.8515	3.0491	0.1654	4.8658	-0.1775	0.194	0.1868	0.0036	-0.0038	0.097	-0.6855	0.4578	0.1813	0.0251	-0.0585	-0.0385	-0.016	0.0429	-0.2408	39.9169	41.8576	37.9701

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	13 - 125
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	13 - 125

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