PDB-2f9d: 2.5 angstrom resolution structure of the spliceosomal protein p14...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f9d

タイトル

2.5 angstrom resolution structure of the spliceosomal protein p14 bound to region of SF3b155

要素

Pre-mRNA branch site protein p14
Splicing factor 3B subunit 1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / p14 SF3bp14 SF3b155 SAP155 RRM

機能・相同性

機能・相同性情報

U11/U12 snRNP / B-WICH complex / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / blastocyst formation / splicing factor binding / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2-type spliceosomal complex / U2 snRNP ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Schellenberg, M.J. / Edwards, R.A. / Ritchie, D.B. / Glover, J.N.M. / Macmillan, A.M.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of a core spliceosomal protein interface
著者: Schellenberg, M.J. / Edwards, R.A. / Ritchie, D.B. / Kent, O.A. / Golas, M.M. / Stark, H. / Glover, J.N.M. / Macmillan, A.M.

履歴

登録	2005年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2f9d.cif.gz	78.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2f9d.ent.gz	58.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f9d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/2f9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/2f9d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2f9jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1nku-d 2lk2-d 2b7j-2 5ljm-d 5ond-2 1ifg-d 3lqv-1 3ul4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pre-mRNA branch site protein p14

B: Pre-mRNA branch site protein p14

P: Splicing factor 3B subunit 1

Q: Splicing factor 3B subunit 1

39.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pre-mRNA branch site protein p14

P: Splicing factor 3B subunit 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pre-mRNA branch site protein p14

Q: Splicing factor 3B subunit 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.870, 115.227, 82.536
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	P
2	3	Q

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ILE	ILE	PHE	PHE	2	A	A	20 - 80	20 - 80
2	1	ILE	ILE	PHE	PHE	2	B	B	20 - 80	20 - 80
1	2	ASN	ASN	LEU	LEU	2	A	A	84 - 112	84 - 112
2	2	ASN	ASN	LEU	LEU	2	B	B	84 - 112	84 - 112
1	3	ARG	ARG	LEU	LEU	4	P	C	390 - 415	18 - 43
2	3	ARG	ARG	LEU	LEU	4	Q	D	390 - 415	18 - 43

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

詳細

2 biological units per ASU. Biological unit consists of 1 p14 molecule bound to one SF3b155 molecule

#1: タンパク質	Pre-mRNA branch site protein p14 / SF3B 14 kDa subunit 分子量: 14606.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SF3B14 / プラスミド: pMALc2x / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9Y3B4
#2: タンパク質・ペプチド	Splicing factor 3B subunit 1 / Spliceosome associated protein 155 / SAP 155 / SF3b155 / Pre-mRNA splicing factor SF3b 155 kDa subunit 分子量: 5351.517 Da / 分子数: 2 / Fragment: Residues: 373-415 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SF3B1, SAP155 / プラスミド: pGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75533
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.36 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 14-18% PEG3350, MOPS buffer, 0.2M sodium formate selenomethionine derivatized SF3b155 protein, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.979547, 1.019859

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月25日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979547	1
2	1.019859	1

Reflection

数: 17097 / R_merge(I) obs: 0.076 / Χ²: 1.033 / D res high: 2.5 Å / D res low: 100 Å / % possible obs: 99.5

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared
5.39	100	99.7	1	0.031	0.971
4.27	5.39	100	1	0.038	1.02
3.73	4.27	100	1	0.049	1.002
3.39	3.73	100	1	0.072	1.066
3.15	3.39	100	1	0.116	1.068
2.96	3.15	100	1	0.182	1.042
2.82	2.96	100	1	0.322	1.067
2.69	2.82	100	1	0.417	1.041
2.59	2.69	99.9	1	0.552	1.015
2.5	2.59	95.6	1	0.399	1.028

反射

解像度: 2.5→100 Å / Num. obs: 17097 / % possible obs: 99.5 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 25.5

反射シェル

解像度: 2.5→2.59 Å / R_merge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 95.6

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	2 wavelength	1	0.9795	0.5	-8.06
1	2 wavelength	2	1.0199	0.54	-2.84

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	19.622	0.88	0.068	0.089	0.831
2	Se	60	0.011	0.129	0.049	1.314
3	Se	16.327	0.399	0.138	0.09	0.934
4	Se	30.564	0.761	0.287	0.169	0.988

Phasing dm

FOM : 0.62 / FOM acentric: 0.62 / FOM centric: 0.67 / 反射: 16104 / Reflection acentric: 14438 / Reflection centric: 1666

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.1-56.042	0.91	0.92	0.88	811	592	219
4.5-7.1	0.86	0.87	0.79	2325	1976	349
3.6-4.5	0.83	0.84	0.78	2889	2562	327
3.1-3.6	0.71	0.71	0.68	2865	2591	274
2.7-3.1	0.45	0.45	0.46	4844	4488	356
2.5-2.7	0.3	0.3	0.3	2370	2229	141

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.08	位相決定
RESOLVE	2.08	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→76.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 16.022 / SU ML: 0.218 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.382 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27562	858	5 %	RANDOM
R_work	0.2214	-	-	-
obs	0.22403	16225	99.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.447 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.8 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→76.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2560	0	0	67	2627

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2618
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.608	1.979	3538
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.196	5	302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.325	23.857	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.124	15	476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.468	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.134	0.2	366
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2034
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.314	0.2	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.21	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.147	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.644	1.5	1570
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.182	2	2494
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.745	3	1194
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.718	4.5	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	244	tight positional	0.05	0.05
2	A	116	tight positional	0.05	0.05
1	A	253	medium positional	0.53	0.5
2	A	137	medium positional	0.71	0.5
3	P	219	medium positional	0.7	0.5
1	A	244	tight thermal	0.11	0.5
2	A	116	tight thermal	0.17	0.5
1	A	253	medium thermal	0.67	2
2	A	137	medium thermal	0.53	2
3	P	219	medium thermal	1.38	2

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.487	47	-
R_work	0.33	1155	-
obs	-	-	95.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2341	-1.0145	2.6858	2.0953	-0.6461	3.9171	-0.0323	0.1593	0.2839	-0.0286	-0.0557	0.0221	0.0723	0.1085	0.088	-0.1581	-0.0478	-0.0127	-0.0986	0.0268	-0.1133	29.2061	31.554	34.891
2	6.6909	1.2784	-0.5223	2.6393	0.8723	2.8078	-0.2129	-0.1068	-0.5234	0.1446	0.0317	-0.2794	0.2095	0.342	0.1812	-0.1358	0.0409	0.0285	0.0331	0.02	-0.0363	3.6511	22.2119	38.5014

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	13 - 125
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	13 - 125

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