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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2f99 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the polyketide cyclase AknH with bound substrate and product analogue: implications for catalytic mechanism and product stereoselectivity. | ||||||
要素 | Aklanonic Acid methyl Ester Cyclase, AknH | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / anthracycline / polyketide cyclase / stereoselectivity / aklavinone | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aklanonic acid methyl ester cyclase / intramolecular lyase activity / daunorubicin biosynthetic process / doxorubicin metabolic process / antibiotic biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces galilaeus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Kallio, P. / Sultana, A. / Neimi, J. / Mantsala, P. / Schneider, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: Crystal structure of the polyketide cyclase AknH with bound substrate and product analogue: implications for catalytic mechanism and product stereoselectivity. 著者: Kallio, P. / Sultana, A. / Niemi, J. / Schneider, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2f99.cif.gz | 141.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2f99.ent.gz | 111.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2f99.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/2f99 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/2f99 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | Biological assembly is a tetramer. There are also four molecules in the assymetric unit which forms tetramer by generating the symmetric molecules with the symmetry operator 0,-1,-1 and 1,0,-1 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17951.146 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces galilaeus (バクテリア) プラスミド: pBAD/HisB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: GenBank: 7800671, UniProt: O52646*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-AKV / { #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.37 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 2.0M ammonium Chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月13日 |
放射 | モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→84.52 Å / Num. all: 73655 / Num. obs: 73655 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 25.5 Å2 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 24.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2F98 解像度: 1.9→84.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.744 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.095 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→84.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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