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万見
- PDB-2f8b: NMR structure of the C-terminal domain (dimer) of HPV45 oncoprotein E7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f8b
タイトルNMR structure of the C-terminal domain (dimer) of HPV45 oncoprotein E7
要素Protein E7
キーワードONCOPROTEIN / VIRUS/VIRAL PROTEIN / E7 / DIMER / HPV / ZINC BINDING / VIRUS-VIRAL PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / protein domain specific binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Double Stranded RNA Binding Domain - #330 / Papillomavirus E7 / E7 protein, Early protein / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human papillomavirus type 45 (パピローマウイルス)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing by CYANA, energy minimisation by OPAL
データ登録者Ohlenschlager, O. / Gorlach, M.
引用ジャーナル: Oncogene / 年: 2006
タイトル: Solution structure of the partially folded high-risk human papilloma virus 45 oncoprotein E7.
著者: Ohlenschlager, O. / Seiboth, T. / Zengerling, H. / Briese, L. / Marchanka, A. / Ramachandran, R. / Baum, M. / Korbas, M. / Meyer-Klaucke, W. / Durst, M. / Gorlach, M.
履歴
登録2005年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein E7
B: Protein E7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7414
ポリマ－12,6112
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Protein E7


分子量: 6305.291 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, residues 55-106 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human papillomavirus type 45 (パピローマウイルス)
属: Alphapapillomavirus / 生物種: Human papillomavirus - 18 / 株: HPV TYPE 45 / 遺伝子: E7 / プラスミド: pET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P21736
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY
131HNHA
1423D 13C-F1-filtered,13C-F3-edited NOESY-HSQC
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using heteronuclear triple resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM E7 U-15N, 20mM d-TRIS, 100mM NaCl, 90% H2O, 10%D2O90% H2O/10% D2O
21mM E7 U-15N,13C, 20mM d-TRIS, 100mM NaCl, 90% H2O, 10%D2O90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 120mM / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1Varian Inc.解析
XEASY1.3.9Bartelsデータ解析
CYANA2.1Guntert構造決定
OPAL2.6Luginbuhl精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing by CYANA, energy minimisation by OPAL
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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