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万見
- PDB-2f88: Solution NMR structure of domain 5 from the Pyaiella littoralis (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f88
タイトルSolution NMR structure of domain 5 from the Pyaiella littoralis (PL) group II intron
要素D5-PL RNA RIBOZYME DOMAIN
キーワードRNA / RNA hairpin / GNRA Tetraloop / Internal bulge / Mg Metal binding site
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / TORSION ANGLE MOLECULAR DYNAMICS CARTESIAN SPACE SIMULATED ANNEALING RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS REFINEMENT
データ登録者Dayie, K.T.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2006
タイトル: Structure of a self-splicing group II intron catalytic effector domain 5: parallels with spliceosomal U6 RNA
著者: Seetharaman, M. / Eldho, N.V. / Padgett, R.A. / Dayie, K.T.
履歴
登録2005年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D5-PL RNA RIBOZYME DOMAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0101
ポリマ－11,0101
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 30structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: RNA鎖 D5-PL RNA RIBOZYME DOMAIN


分子量: 11009.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA was synthesized by in vitro transcription with T7 RNA polymerase'

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1132D NOESY
2232D TOCSY
2313D 13C-separated NOESY
1413D 15N-separated NOESY
3513D 1H-13C-1H (H)CCH TOCSY
3613D 1H-13C-1H (H)CCH COSY
3713D 1H-13C-1H (H)CCH COSY TROSY
3813D HCCNH
2923D 13C-separated ROESY
410113C/15N HSQC
411113C/15N TROSY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using a battery of standard homonuclear and recently optimized triple-resonance NMR experiments

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM fully 13C/15N A,C,G,U labeled D5-PL, 100 mM KCl, 10 mM phosphate, 0-10 mM MgCl2, 92% H2O and 8% D2O or 99.999% D2O92% H2O and 8% D2O or 99.999% D2O
21 mM A-13C/15N Uracil labeled D5-PL, 100 mM KCl, 10 mM phosphate buffer, 0-10 mM MgCl2, 92% H2O and 8% D2O or 99.999% D2O92% H2O and 8% D2O or 99.999% D2O
31 mM unlabeled D5-PL, 100 mM KCl, 10 mM phosphate buffer, 0-10 mM MgCl2, 92% H2O and 8% D2O or 99.999% D2O92% H2O and 8% D2O or 99.999% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH温度 (K)
1100 mM KCl 6.5278 K
2100 mM KCl 6.5298 K
3100 mM KCl 6.5308 K
4100 mM KCl 6.5318 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6003
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.1Delaglio, Bax解析
Sparky3Goddard & Knellerデータ解析
CNS1.1Brunger構造決定
CNS1.1Brunger精密化
精密化手法: TORSION ANGLE MOLECULAR DYNAMICS CARTESIAN SPACE SIMULATED ANNEALING RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS REFINEMENT
ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURES BASED ON 549 NOE-DERIVED DISTANCE RESTRAINTS, 304 DIHEDRAL RESTRAINTS, 60 HYDROGEN BOND RESTRAINTS, AND 37 RESIDUAL DIPOLAR COUPLING RESTRAINTS
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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