PDB-2f7y: Crystal structure of Molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f7y

タイトル

Crystal structure of Molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog from Shewanella oneidensis

要素

molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

molybdopterin cofactor biosynthetic process / molybdopterin adenylyltransferase activity / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella oneidensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Chang, C. / Mulligan, R. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog from Shewanella oneidensis
著者: Chang, C. / Mulligan, R. / Collart, F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2005年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2f7y.cif.gz	109 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2f7y.ent.gz	86.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f7y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/2f7y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/2f7y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2f7wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3k6a-2 2qeq-1 3mch-d 3gyb-d 2is8-d 2f7w-d 3e3m-1 3ddh-d 1o8n-d 7jno-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC84718

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog

B: molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog

C: molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog

58.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.570, 215.359, 40.844
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog 分子量: 19628.697 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア) プラスミド: pMCSG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: GenBank: 24371665, UniProt: Q8EKM7*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.48 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.5 M NaCl 0.1 M Tris pH 7.0 0.2 M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月17日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 34663 / Num. obs: 34178 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 32.32
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 3.61 / Num. unique all: 3175 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 11.104 / SU ML: 0.136 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2224	1717	5 %	RANDOM
R_work	0.19282	-	-	-
all	0.19428	82874	-	-
obs	0.19428	32401	98.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.341 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.72 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3904	0	0	122	4026

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	3972
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.883	2.002	5399
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.035	5	508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.712	25	156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.563	15	693
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.358	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.145	0.2	635
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2950
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	1809
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	2690
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	171
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.236	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.231	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.104	1.5	2657
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.521	2	4172
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.013	3	1505
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.307	4.5	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	120	-
R_work	0.21	2207	-
obs	-	-	92.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0223	1.0368	-0.3698	3.0331	0.4113	4.1958	0.0191	0.1738	0.0262	-0.0581	-0.1016	0.2825	-0.0527	-0.5517	0.0825	-0.2379	0.026	-0.0276	-0.0413	-0.0697	-0.2587	26.532	41.154	18.869
2	5.511	1.5177	0.8549	6.168	2.0432	6.6086	-0.0016	0.035	0.3933	-0.2255	-0.5678	0.7645	-0.3585	-1.0325	0.5694	-0.3534	0.1093	-0.0116	-0.0362	-0.1799	-0.1782	22.411	51.272	28.168
3	3.3518	-0.5311	-0.7521	7.3708	2.2429	3.3964	0.0671	0.0703	-0.2243	0.2154	0.0311	-0.025	1.2892	-0.1315	-0.0982	0.3868	-0.0262	-0.082	-0.1312	-0.0401	-0.1013	38.313	16.421	28.398
4	7.8471	-2.4104	0.7118	8.4403	2.1551	0.7963	-0.1671	-0.2354	-0.8966	1.2752	-0.0384	1.3213	1.8378	-0.7429	0.2055	0.8359	-0.4021	0.1529	0.0075	-0.0563	0.1094	25.34	13.716	34.595
5	1.6044	1.0776	1.011	1.468	1.906	2.6599	0.0185	0.032	-0.4039	0.0431	0.6548	-0.5537	0.1914	0.5475	-0.6733	-0.1826	-0.0057	0.0218	0.0786	-0.2168	0.035	51.33	41.719	32.895
6	1.3658	1.619	0.8665	7.0058	1.3129	4.6451	0.3404	0.1304	-0.0697	0.7887	0.4115	-0.7771	0.7108	0.722	-0.7519	-0.1052	0.1613	-0.264	-0.0152	-0.2447	-0.0199	52.372	37.095	46.296

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 18	3 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	40 - 135	40 - 135
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	19 - 39	19 - 39
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	136 - 174	136 - 174
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	5 - 18	5 - 18
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	40 - 135	40 - 135
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	19 - 39	19 - 39
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	136 - 174	136 - 174
9	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	4 - 18	4 - 18
10	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	40 - 135	40 - 135
11	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	19 - 39	19 - 39
12	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	136 - 174	136 - 174

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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