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- PDB-2f7d: A mutant rabbit cathepsin K with a nitrile inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f7d
タイトルA mutant rabbit cathepsin K with a nitrile inhibitor
要素Cathepsin K
キーワードHYDROLASE / papain cysteine protease
機能・相同性
機能・相同性情報


cathepsin K / negative regulation of cartilage development / thyroid hormone generation / proteoglycan binding / fibronectin binding / collagen catabolic process / bone resorption / collagen binding / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome ...cathepsin K / negative regulation of cartilage development / thyroid hormone generation / proteoglycan binding / fibronectin binding / collagen catabolic process / bone resorption / collagen binding / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NOQ / Cathepsin K
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Somoza, J.R.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2006
タイトル: Beta-substituted cyclohexanecarboxamide: a nonpeptidic framework for the design of potent inhibitors of cathepsin K.
著者: Crane, S.N. / Black, W.C. / Palmer, J.T. / Davis, D.E. / Setti, E. / Robichaud, J. / Paquet, J. / Oballa, R.M. / Bayly, C.I. / McKay, D.J. / Somoza, J.R. / Chauret, N. / Seto, C. / Scheigetz, ...著者: Crane, S.N. / Black, W.C. / Palmer, J.T. / Davis, D.E. / Setti, E. / Robichaud, J. / Paquet, J. / Oballa, R.M. / Bayly, C.I. / McKay, D.J. / Somoza, J.R. / Chauret, N. / Seto, C. / Scheigetz, J. / Wesolowski, G. / Masse, F. / Desmarais, S. / Ouellet, M.
履歴
登録2005年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42021年10月20日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9092
ポリマ－23,5541
非ポリマー3541
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.125, 51.150, 104.245
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The cathepsin K monomer is probably the biological unit.

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要素

#1: タンパク質 Cathepsin K / OC-2 protein


分子量: 23554.498 Da / 分子数: 1 / 変異: Y61D, V157L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: CTSK / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P43236, cathepsin K
#2: 化合物 ChemComp-NOQ / (1R,2R)-N-(2-AMINOETHYL)-2-{[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL]METHYL}CYCLOHEXANECARBOXAMIDE


分子量: 354.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H26N2O4S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.97 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.9
詳細: 0.18 M magnesium formate, pH 3.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
Reflection数: 16445 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.133 / D res high: 1.9 Å / D res low: 100 Å / % possible obs: 98.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
4.0910097.610.051.094
3.254.0910010.0671.203
2.843.2510010.0831.194
2.582.8499.910.1041.189
2.392.5899.810.1181.208
2.252.3999.910.1341.134
2.142.2599.610.1641.087
2.052.1499.710.1911.049
1.972.0599.510.2261.018
1.91.9784.510.2841.042
反射解像度: 1.9→100 Å / Num. all: 16445 / Num. obs: 16445 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.133
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.9-1.970.28413711.04284.5
1.97-2.050.22616341.01899.5
2.05-2.140.19116451.04999.7
2.14-2.250.16416391.08799.6
2.25-2.390.13416581.13499.9
2.39-2.580.11816471.20899.8
2.58-2.840.10416701.18999.9
2.84-3.250.08316841.194100
3.25-4.090.06717051.203100
4.09-1000.0517921.09497.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.9→36.51 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 1614 9.7 %RANDOM
Rwork0.174 ---
all0.182 16224 --
obs0.182 16224 97.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.356 Å20 Å20 Å2
2---0.984 Å20 Å2
3----0.372 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1651 0 24 97 1772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.193
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.016
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 230 -
Rwork0.203 --
obs-2383 87.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1MSI_CNX_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2non.param
X-RAY DIFFRACTION3MSI_CNX_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4MSI_CNX_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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