PDB-2f6h: Myosin V cargo binding domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f6h

タイトル

Myosin V cargo binding domain

要素

Myosin-2

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / mysoin V / Cargo binding / Cargo transport / Vacuole binding / Secreatory vescile binding

機能・相同性

機能・相同性情報

peroxisome inheritance / RHOT2 GTPase cycle / RHOT1 GTPase cycle / Myo2p-Vac17p-Vac8p transport complex / membrane addition at site of cytokinesis / mitochondrion inheritance / RHOU GTPase cycle / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / myosin V complex / vacuole inheritance ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Pashkova, N. / Jin, Y. / Ramaswamy, S. / Weisman, L.S.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Structural basis for myosin V discrimination between distinct cargoes
著者: Pashkova, N. / Jin, Y. / Ramaswamy, S. / Weisman, L.S.

履歴

登録	2005年11月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2f6h.cif.gz	95.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2f6h.ent.gz	71.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f6h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/2f6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/2f6h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ixr-d 6eyw-d 6ixo-d 4k70-1 1tzp-d 3spe-d 5j2z-d 2yns-1 4zdu-d 7d30-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (10) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (7) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (2) #64 - 2005年4月キネシン (Kinesin) 類似性 (1) #175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#18 - 2001年6月
ミオシン (Myosin)
類似性 (10)
#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (7)
#243 - 2020年3月
電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
類似性 (2)
#64 - 2005年4月
キネシン (Kinesin)
類似性 (1)
#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

X: Myosin-2

48 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.780, 72.673, 167.982
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Myosin-2 / Class V unconventional myosin MYO2 / Type V myosin heavy chain MYO2 / Myosin V MYO2 / Cell division ...Class V unconventional myosin MYO2 / Type V myosin heavy chain MYO2 / Myosin V MYO2 / Cell division control protein 66 分子量: 47988.750 Da / 分子数: 1 / 断片: Cargo binding domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: MYO2, CDC66 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19524
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Myosin-2 / Class V unconventional myosin MYO2 / Type V myosin heavy chain MYO2 / Myosin V MYO2 / Cell division ...

分子量: 47988.750 Da / 分子数: 1 / 断片: Cargo binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MYO2, CDC66 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19524

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.9 %
結晶化	温度: 279 K / pH: 6.5 詳細: 1.7 M Nacl, 6% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K, pH 6.50

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1
4		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 1.009

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月27日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.009 Å / 相対比: 1

Reflection

D res high: 2.7 Å

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	D res low (Å)	Num. obs	% possible obs	Rejects
1.86	1	6.3	7145	0.097	0.98	24.74	29016	86.8	409
2.03	2	7.4	8643	0.088	0.97	24.52	28779	87.8	442
1.87	3	6.3	7270	0.091	0.98	24.75	29098	86.9	412
2.04	4	7.5	8604	0.089	0.96	24.51	29128	89	451

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Rejects
5.79	24.74	89.9	1	0.033	0.84	185
4.61	5.79	83.2	1	0.044	0.87	26
4.03	4.61	81.8	1	0.052	0.89	35
3.66	4.03	84.4	1	0.094	0.94	27
3.4	3.66	85.4	1	0.132	1.04	41
3.2	3.4	85.9	1	0.169	0.97	18
3.04	3.2	87.8	1	0.244	1.11	13
2.91	3.04	89.4	1	0.268	1.13	38
2.8	2.91	89.8	1	0.351	0.99	11
2.7	2.8	90.1	1	0.36	1.01	15
5.79	24.52	82.4	2	0.029	0.86	116
4.61	5.79	85.9	2	0.052	0.87	39
4.03	4.61	87.4	2	0.06	0.9	33
3.66	4.03	86.7	2	0.091	0.95	65
3.4	3.66	88.2	2	0.136	1.07	79
3.2	3.4	88.9	2	0.177	0.95	31
3.04	3.2	89.3	2	0.246	1.01	28
2.91	3.04	89.8	2	0.294	1.03	39
2.8	2.91	89.8	2	0.352	1.05	8
2.7	2.8	89.7	2	0.405	1.08	4
5.8	24.75	92.7	3	0.03	0.85	135
4.61	5.8	84.1	3	0.044	0.85	27
4.03	4.61	81	3	0.051	0.91	30
3.66	4.03	83.6	3	0.087	0.93	32
3.4	3.66	85	3	0.132	1.02	37
3.2	3.4	85.7	3	0.156	0.97	28
3.04	3.2	88.1	3	0.23	1.04	35
2.91	3.04	89.2	3	0.261	1.03	36
2.8	2.91	90.2	3	0.325	1.08	27
2.7	2.8	89.9	3	0.345	1.09	25
5.79	24.51	84	4	0.03	0.84	111
4.61	5.79	86.9	4	0.05	0.86	35
4.03	4.61	88.6	4	0.059	0.88	62
3.66	4.03	88.5	4	0.087	0.95	67
3.4	3.66	89.2	4	0.135	1.01	73
3.2	3.4	89.7	4	0.192	1.01	41
3.04	3.2	90.7	4	0.243	1.02	22
2.91	3.04	90.8	4	0.315	1.05	14
2.8	2.91	91	4	0.337	0.99	22
2.7	2.8	90.6	4	0.408	1	4

反射

解像度: 2.2→20.82 Å / Num. obs: 28080 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.46 % / B_iso Wilson estimate: 17 Å² / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 8.9

反射シェル

解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK		データ削減
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.2	精密化
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.25→12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 5.814 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.209
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25	1408	5 %	RANDOM
R_work	0.217	-	-	-
obs	0.219	26672	93.2 %	-
all	-	28080	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3162	0	0	227	3389

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	3223
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2978
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.313	1.966	4375
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.822	3	6933
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.165	5	386
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.253	25.068	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.079	15	585
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.573	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	515
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3487
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	627
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	761
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.162	0.2	2979
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1591
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	1934
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	178
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.091	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.193	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.161	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.233	1.5	2540
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.154	1.5	783
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.42	2	3175
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.86	3	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.841	4.5	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	100	-
R_work	0.261	1928	-
obs	-	-	94.59 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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