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- PDB-2f5k: Crystal structure of the chromo domain of human MRG15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f5k
タイトルCrystal structure of the chromo domain of human MRG15
要素Mortality factor 4-like protein 1
キーワードGENE REGULATION / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of double-strand break repair / NuA4 histone acetyltransferase complex / Sin3-type complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via homologous recombination / nucleosome / chromatin organization / HATs acetylate histones / fibroblast proliferation / regulation of apoptotic process ...regulation of double-strand break repair / NuA4 histone acetyltransferase complex / Sin3-type complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via homologous recombination / nucleosome / chromatin organization / HATs acetylate histones / fibroblast proliferation / regulation of apoptotic process / regulation of cell cycle / nuclear speck / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / SH3 type barrels. - #140 / Chromo-like domain superfamily / SH3 type barrels. ...MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / SH3 type barrels. - #140 / Chromo-like domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mortality factor 4-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhang, P. / Du, J. / Ding, J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: Structure of human MRG15 chromo domain and its binding to Lys36-methylated histone H3.
著者: Zhang, P. / Du, J. / Sun, B. / Dong, X. / Xu, G. / Zhou, J. / Huang, Q. / Liu, Q. / Hao, Q. / Ding, J.
履歴
登録2005年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年12月17日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年9月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_db_isoform / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mortality factor 4-like protein 1
B: Mortality factor 4-like protein 1
C: Mortality factor 4-like protein 1
D: Mortality factor 4-like protein 1
E: Mortality factor 4-like protein 1
F: Mortality factor 4-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5076
ポリマ－73,5076
非ポリマー00
水8,233457
1
A: Mortality factor 4-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2511
ポリマ－12,2511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mortality factor 4-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2511
ポリマ－12,2511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Mortality factor 4-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2511
ポリマ－12,2511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Mortality factor 4-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2511
ポリマ－12,2511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Mortality factor 4-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2511
ポリマ－12,2511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Mortality factor 4-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2511
ポリマ－12,2511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.480, 80.313, 81.285
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.91, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Mortality factor 4-like protein 1 / MORF-related gene 15 isoform 1


分子量: 12251.144 Da / 分子数: 6 / 断片: chromo domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MORF4L1, MRG15, FWP006, HSPC008, HSPC061, PP368 / プラスミド: pET-3E-His / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9UBU8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 14% PEG 3350, 0.2M potassium nitrate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンCHESS F210.9793
シンクロトロンCHESS F120.9124
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2005年7月14日
ADSC QUANTUM 42CCD2005年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.91241
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 29640 / Num. obs: 29581 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / WRfactor Rfree: 0.247 / SU B: 20.364 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2727 1485 5 %RANDOM
Rwork0.22447 ---
all0.227 29667 --
obs0.22697 28095 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.674 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å2-1.38 Å2
2---1.04 Å20 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4114 0 0 457 4571
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0214231
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5231.9355695
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.7393477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.1115818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2870.32054
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2720.5589
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3190.349
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2070.517
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5281.52418
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.70123897
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.17431813
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4574.51798
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.49624231
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free2.7762457
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.65224119
LS精密化 シェル解像度: 2.202→2.259 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.348 98
Rwork0.262 2036
obs-2134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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