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- PDB-2f5h: Solution structure of the alpha-domain of human Metallothionein-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f5h
タイトルSolution structure of the alpha-domain of human Metallothionein-3
要素Metallothionein-3
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / ALPHA HELIX / CADMIUM-THIOLATE CLUSTER
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxygen metabolic process / Metallothioneins bind metals / regulation of response to food / negative regulation of hydrogen peroxide catabolic process / negative regulation of oxidoreductase activity / leptin-mediated signaling pathway / astrocyte end-foot / zinc ion transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / negative regulation of axon extension ...positive regulation of oxygen metabolic process / Metallothioneins bind metals / regulation of response to food / negative regulation of hydrogen peroxide catabolic process / negative regulation of oxidoreductase activity / leptin-mediated signaling pathway / astrocyte end-foot / zinc ion transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / negative regulation of axon extension / detoxification of copper ion / energy reserve metabolic process / intracellular zinc ion homeostasis / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / cellular detoxification / cellular response to zinc ion / cellular response to cadmium ion / cadmium ion binding / antioxidant activity / protein kinase activator activity / activation of protein kinase B activity / inclusion body / cellular response to copper ion / removal of superoxide radicals / cellular response to reactive oxygen species / negative regulation of cell growth / synaptic vesicle / positive regulation of protein phosphorylation / negative regulation of neuron projection development / cellular response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / dendritic spine / negative regulation of neuron apoptotic process / microtubule / mitochondrial outer membrane / response to hypoxia / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein stabilization / ribosome / copper ion binding / axon / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / zinc ion binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Metallothionein, vertebrate / Metallothionein, vertebrate, metal binding site / Metallothionein domain superfamily, vertebrate / Metallothionein / Vertebrate metallothioneins signature. / Metallothionein domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Metallothionein-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Wang, H. / Zhang, Q. / Cai, B. / Li, H.Y. / Sze, K.H. / Huang, Z.X. / Wu, H.M. / Sun, H.Z.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2006
タイトル: Solution structure and dynamics of human metallothionein-3 (MT-3)
著者: Wang, H. / Zhang, Q. / Cai, B. / Li, H.Y. / Sze, K.H. / Huang, Z.X. / Wu, H.M. / Sun, H.Z.
履歴
登録2005年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallothionein-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2645
ポリマ－3,8141
非ポリマー4504
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 30best converged structures
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Metallothionein-3 / MT-3 / Metallothionein-III / MT-III / Growth inhibitory factor / GIF / GIFB


分子量: 3814.434 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal (alpha) domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX4T2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P25713
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 15N-separated TOCSY
1312D 15N-decoupled NOESY
1412D 15N-decoupled TOCSY
1512D 1H-15N HSQC
2622D 1H,113CD HMQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12mM human Metallothionein-3 U-15N; 15mM phosphate buffer NA; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM human Metallothionein-3 U-113Cd; 15mM phosphate buffer NA; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
115mM phosphate 7.3ambient 298 K
215mM phosphate 7.3ambient 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker DRXBrukerDRX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5collection
NMRPipe解析
Sparky3データ解析
CYANA2Guentert構造決定
CYANA2Guentert精密化
精密化手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 389 NOEs, 16 Cadmium-to-cysteine connectivities
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: best converged structures
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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