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- PDB-2f4q: Crystal Structure of Deinococcus radiodurans topoisomerase IB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f4q
タイトルCrystal Structure of Deinococcus radiodurans topoisomerase IB
要素type I topoisomerase, putative
キーワードISOMERASE / topoisomerase IB
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #120 / : / Bacterial DNA topoisomerase IB, N-terminal domain / Viral Topoisomerase I / DNA topoisomerase I domain / DNA topoisomerase I, N-terminal / Topoisomerase I; Chain A, domain 3 / Topoisomerase I; Chain A, domain 3 / DNA topoisomerase I / DNA topoisomerase I, catalytic core, eukaryotic-type ...Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #120 / : / Bacterial DNA topoisomerase IB, N-terminal domain / Viral Topoisomerase I / DNA topoisomerase I domain / DNA topoisomerase I, N-terminal / Topoisomerase I; Chain A, domain 3 / Topoisomerase I; Chain A, domain 3 / DNA topoisomerase I / DNA topoisomerase I, catalytic core, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, catalytic core, alpha-helical subdomain, eukaryotic-type / Eukaryotic DNA topoisomerase I, catalytic core / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA topoisomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Patel, A. / Shuman, S. / Mondragon, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of a bacterial type IB DNA topoisomerase reveals a preassembled active site in the absence of DNA.
著者: Patel, A. / Shuman, S. / Mondragon, A.
履歴
登録2005年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: type I topoisomerase, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3121
ポリマ－39,3121
非ポリマー00
水6,143341
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.094, 64.966, 76.622
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 type I topoisomerase, putative


分子量: 39311.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
遺伝子: TopIB / プラスミド: pET3C / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: GenBank: 15805717, UniProt: Q9RWH8*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.95 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12% PEG 3350 (w/v), 0.1 M MES (pH 6.5), 0.2 M ammonium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.9768 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月2日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9768 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→27.5 Å / Num. all: 36231 / Num. obs: 36231 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.227 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique all: 2420 / Rsym value: 0.213 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→27.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.401 / SU ML: 0.076 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23079 1819 5 %RANDOM
Rwork0.19749 ---
all0.1992 36231 --
obs0.1992 34411 96.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.647 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.69 Å20 Å20.03 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→27.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2458 0 0 341 2799
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9991.9643450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.685305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.70421.984126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.93115455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.1571534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2388
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021922
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1810.21317
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.21755
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1090.2276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1550.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0970.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6321.51589
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.89622493
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5131077
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2744.5957
LS精密化 シェル解像度: 1.753→1.799 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 117 -
Rwork0.226 2301 -
obs--87.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1653-2.09642.30265.5923-3.600518.2903-0.344-0.4210.85591.20710.1368-0.8674-1.94941.08910.20720.3664-0.1246-0.09460.1281-0.20610.173331.11733.18627.649
20.85370.14560.13612.5256-0.24210.9540.1235-0.08750.01380.2661-0.1249-0.08040.10590.08440.0014-0.21130.0157-0.0145-0.18-0.0128-0.211825.28513.899.81
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 902 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2AA91 - 33791 - 337

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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