PDB-2f40: Structure of a Novel Protein from Backbone-Centered NMR Data and ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f40

タイトル

Structure of a Novel Protein from Backbone-Centered NMR Data and NMR-Assisted Structure Prediction

要素

hypothetical protein PF1455

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / protein structure prediction / residual dipolar couplings / Pyrococcus furious / simulated annealing / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG

機能・相同性

Uncharacterised protein PF11491 family, DUF3213 / Protein of unknown function DUF3213 / Protein of unknown function (DUF3213) / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / : / DUF3213 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

溶液NMR / RDC directed fragment assembly

データ登録者

Bansal, S. / Prestegard, J.H. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Structure determination of a new protein from backbone-centered NMR data and NMR-assisted structure prediction.
著者: Mayer, K.L. / Qu, Y. / Bansal, S. / LeBlond, P.D. / Jenney, F.E. / Brereton, P.S. / Adams, M.W. / Xu, Y. / Prestegard, J.H.

履歴

登録	2005年11月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2f40.cif.gz	250.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2f40.ent.gz	204.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f40.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2f40_validation.pdf.gz	359.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2f40_full_validation.pdf.gz	431.3 KB	表示
XML形式データ	2f40_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	2f40_validation.cif.gz	22.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/2f40 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/2f40	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1fxa-2 5x4f-d 5h57-4 5ytx-d 1frd-d 3p63-1 2bf3-1 6hc0-4 5mz7-3 1frr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Pfu-1362288-001

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein PF1455

11.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / -
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	hypothetical protein PF1455 分子量: 11245.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: DSM 3638 / プラスミド: pRIL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10, BL21(DE3) / 参照: GenBank: 18977827, UniProt: Q8U0X6*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	15N IPAP HSQC
1	2	1	3D 15N-separated NOESY
1	3	1	HNCA-ECOSY
1	4	1	HNCAHA
1	5	1	3D TOCSY
2	6	2	15N IPAP HSQC
2	7	2	HNCA-ECOSY
3	8	3	15N IPAP HSQC

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	2mM PF1455 U-15N, 20mM Tris, 70mM NaCl, pH 7.0, 90% H20, 10% D20	90% H20, 10% D20
2	1.14mM PF1455 U-15N/16%13C, 11mM Tris, 40mM NaCl, 10mg/ml Phage, Phage in 90% H2O, 10% D2O	Phage in 90% H2O, 10% D2O
3	1.2mM PF1455 U-15N/16%13C, 20mM Tris, 70mM NaCl, 3% C12E5/hexanol, pH 7.0, C12E5 in 90% H2O, 10% D2O	C12E5 in 90% H2O, 10% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	70mM NaCl	7	ambient	298 K
2	40mM NaCl	7	ambient	298 K
3	70mM NaCl	7	ambient	298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe		F. Delaglio, S. Grzesiek, G. W. Vuister, G. Zhu, J. Pfeifer and A. Bax	データ解析
XPLOR-NIH	2.9.1		精密化
REDCAT	1	Valafar, H. & Prestegard J.H.	データ解析

精密化

手法: RDC directed fragment assembly / ソフトェア番号: 1
詳細: limited amounts of structural data are used to improve an initial homology search and the data are subsequently used to produce a structure by data-constrained refinement of an identified structural template

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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