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- PDB-2f3o: Crystal Structure of a glycyl radical enzyme from Archaeoglobus f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f3o
タイトルCrystal Structure of a glycyl radical enzyme from Archaeoglobus fulgidus
要素pyruvate formate-lyase 2
キーワードUNKNOWN FUNCTION / pyruvate formate lyase / glycerol dehydratase / PFL2 / glycyl radical / hyperthermophilic
機能・相同性
機能・相同性情報


lyase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycyl radical enzyme, PFL2/glycerol dehydratase family / : / Pyruvate formate lyase domain / Pyruvate formate lyase-like / Pyruvate formate-lyase domain profile. / Glycine radical / Glycine radical domain / Glycine radical domain profile. / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 ...Glycyl radical enzyme, PFL2/glycerol dehydratase family / : / Pyruvate formate lyase domain / Pyruvate formate lyase-like / Pyruvate formate-lyase domain profile. / Glycine radical / Glycine radical domain / Glycine radical domain profile. / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Pyruvate formate-lyase 2 (PflD)
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lehtio, L. / Goldman, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of a glycyl radical enzyme from Archaeoglobus fulgidus
著者: Lehtio, L. / Grossmann, J.G. / Kokona, B. / Fairman, R. / Goldman, A.
履歴
登録2005年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.version
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: pyruvate formate-lyase 2
B: pyruvate formate-lyase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,0136
ポリマ－174,5292
非ポリマー4854
水3,009167
1
A: pyruvate formate-lyase 2
ヘテロ分子

A: pyruvate formate-lyase 2
ヘテロ分子

A: pyruvate formate-lyase 2
ヘテロ分子

A: pyruvate formate-lyase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)350,02712
ポリマ－349,0584
非ポリマー9698
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
2
B: pyruvate formate-lyase 2
ヘテロ分子

B: pyruvate formate-lyase 2
ヘテロ分子

B: pyruvate formate-lyase 2
ヘテロ分子

B: pyruvate formate-lyase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)350,02712
ポリマ－349,0584
非ポリマー9698
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_457-x-1,y,-z+21
crystal symmetry operation4_567x,-y+1,-z+21
単位格子
Length a, b, c (Å)167.030, 174.170, 162.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-850-

HOH

21B-810-

HOH

31B-814-

HOH

41B-831-

HOH

詳細The biological tetramer is formed from chain A with symmetry operators: -x, -y+1, z x, -y+1, -z+1 -x, y, -z+1 / The biological tetramer is formed from chain B with symmetry operators: x, -y+1, -z -x-1, -y+1, z -x-1, y, -z+2

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要素

#1: タンパク質 pyruvate formate-lyase 2 / pflD / PFL2


分子量: 87264.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: AF1449, PFLD / プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: O28823
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16 % PEG8000, 8 % isopropanol, 80 mM Hepes pH 7.5, 160 mM ammonium sulphate, 1 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月21日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 52531 / Num. obs: 52531 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 20.61
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.449 / Mean I/σ(I) obs: 5.34 / Num. unique all: 36376 / Num. unique obs: 4896 / % possible all: 97.2

-
位相決定

Phasing MRCor.coef. Fo:Fc: 0.185 / Packing: 0.427
最高解像度最低解像度手法Reflection percentσ(F)
Translation3.5 Å30 Ågeneral99.5 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
CNS精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
XDSデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1R9D

1r9d


解像度: 2.9→19.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 16.048 / SU ML: 0.288 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 4.668 / ESU R Free: 0.361 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 2648 5 %RANDOM
Rwork0.199 ---
all0.202 52529 --
obs0.202 52529 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.512 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12222 0 32 167 12421
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02212482
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5451.97316872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.51251544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.42224.276594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.559152206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1381592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.21866
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029460
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1580.16560
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3240.58563
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1060.1738
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1430.177
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4761.57810
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.864212378
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.08135167
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8934.54494
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 203 -
Rwork0.308 3576 -
obs-3779 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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