PDB-2f3a: Solution structure of the LL-37-derived aurein 1.2 analog (LLAA) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f3a

タイトル

Solution structure of the LL-37-derived aurein 1.2 analog (LLAA) in membrane-mimetic micelles

要素

aurein 1.2 analog

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / antimicrobial peptides / aurein 1.2 / LL-37 / LLAA

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Wang, G. / Li, X. / Peterkofsky, A.

引用

ジャーナル: BIOCHIM.BIOPHYS.ACTA / 年: 2006
タイトル: NMR studies of aurein 1.2 analogs
著者: Li, X. / Li, Y. / Peterkofsky, A. / Wang, G.

履歴

登録	2005年11月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2020年6月24日	Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly ...pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific ..._pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2f3a.cif.gz	30.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2f3a.ent.gz	19.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f3a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/2f3a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/2f3a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1vm5
類似構造データ	2mzm-d 5z31-d 6dza-d 6dzc-d 2dx4-d 1dep-d 1d0w-d 4u2w-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: aurein 1.2 analog

1.72 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	5 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	aurein 1.2 analog 分子量: 1722.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis with C-terminal amidation / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	DQF-COSY
1	4	1	(1H,13C) HSQC
1	5	1	(1H,15N) HSQC

-
試料調製

詳細	内容: 2 mM peptide, 80 mM Sodium dodecylsulfate, 10%D2O, 90%H2O 溶媒系: 10%D2O/90%H2O
試料状態	イオン強度: 80 / pH: 4.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Xplor-NIH	1	C.D. Schwieters, J. Kuszewski, N. Tjandra, GM Clore	構造決定
NMRPipe	2.1	F. Delaglio et al.	解析
TALOS	1999.019.15.47	G. Cornilescu, F. Delaglio, A. Bax	精密化
PIPP	1	Dan Garrett	データ解析

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 5

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関連情報:EMDBヘッダ

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