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- PDB-2f2h: Structure of the YicI thiosugar Michaelis complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f2h
タイトルStructure of the YicI thiosugar Michaelis complex
要素Putative family 31 glucosidase yicI
キーワードHYDROLASE / beta8alpha8 barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


xyloglucan 1,6-alpha-xylosidase activity / alpha-D-xyloside xylohydrolase / alpha-D-xyloside xylohydrolase / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / glycosyl hydrolase (family 31) / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Golgi alpha-mannosidase II ...: / glycosyl hydrolase (family 31) / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XTG / Alpha-xylosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kim, Y.-W. / Lovering, A.L. / Strynadka, N.C.J. / Withers, S.G.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2006
タイトル: Expanding the Thioglycoligase Strategy to the Synthesis of alpha-linked Thioglycosides Allows Structural Investigation of the Parent Enzyme/Substrate Complex
著者: Kim, Y.-W. / Lovering, A.L. / Chen, H. / Kantner, T. / McIntosh, L.P. / Strynadka, N.C.J. / Withers, S.G.
履歴
登録2005年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative family 31 glucosidase yicI
B: Putative family 31 glucosidase yicI
C: Putative family 31 glucosidase yicI
D: Putative family 31 glucosidase yicI
E: Putative family 31 glucosidase yicI
F: Putative family 31 glucosidase yicI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)536,21441
ポリマ－529,8686
非ポリマー6,34635
水36,0842003
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34770 Å2
ΔGint-197 kcal/mol
Surface area144320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.317, 175.841, 210.742
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Putative family 31 glucosidase yicI


分子量: 88311.281 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yicI / プラスミド: pET29 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P31434

-
非ポリマー , 5種, 2038分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-XTG / 4-NITROPHENYL 6-THIO-6-S-ALPHA-D-XYLOPYRANOSYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / 4-NITROPHENYL-(6-S-ALPHA-D-XYLOPYRANOSYL)-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE


分子量: 449.430 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23NO11S
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS


分子量: 209.263 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2003 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.64 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10 mg/ml protein, 100mM Na Acetate, pH 6.5, 2M Ammonium Sulphate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.95516 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95516 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→28.64 Å / Num. all: 375658 / Num. obs: 375731 / % possible obs: 86.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.433 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 55875 / Rsym value: 0.433 / % possible all: 88.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XSI

1xsi


解像度: 1.95→28.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 7.39 / SU ML: 0.108 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 18828 5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
all0.182 375658 --
obs0.182 375658 86.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.288 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å20 Å2
2---1.31 Å20 Å2
3---1.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→28.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数37392 0 404 2003 39799
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02238885
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0233535
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7481.93952849
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.963377786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.56554632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.15723.8551992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.421156060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.02415246
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.25448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0243686
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.028478
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.27205
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1990.234318
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.218275
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.221350
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.22120
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1990.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2820.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1630.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1171.529375
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2231.59450
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.33237062
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.163319197
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0684.515787
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 1318 -
Rwork0.254 24949 -
obs-26267 82.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0261-0.0033-0.00180.06230.010.0292-0.0016-0.0047-0.00680.0080.0066-0.01360.00030.0014-0.005-0.00450.0044-0.00750.00610.0012-0.015166.433267.4999136.7472
20.05550.0116-0.00830.01090.00470.03570.0087-0.01030.00340.0115-0.00920.00410.0025-0.00560.0006-0.0054-0.00330.00810.0117-0.0027-0.017197.051187.6123148.9534
30.05010.0155-0.00160.0552-0.00040.0203-0.00410.0016-0.0054-0.00430.0020.0176-0.0009-0.00190.002-0.0106-0.0025-0.01160.0015-0.0014-0.004294.737674.9327109.4255
40.06860.0115-0.00550.0625-0.01170.0191-0.00490.0073-0.0071-0.01920.0046-0.01310.0009-0.00470.00020-0.00210.00320.0036-0.0057-0.0187166.82276.326896.1686
50.06710.0141-0.0010.08920.00910.0035-0.0070.0130.0204-0.01730.00770.01160.00230.0031-0.0007-0.00070.0009-0.0124-0.00310.005-0.0102129.1174138.9929101.1689
60.03950.01970.00730.047-0.00470.02680.0017-0.00660.0110.0081-0.00010.0087-0.0050.0023-0.00170.00070.00040.00040.0002-0.0107-0.0135148.6637138.7837137.6325
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 773 / Label seq-ID: 1 - 773

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB
33CC
44DD
55EE
66FF

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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