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- PDB-2f1v: Outer membrane protein OmpW -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f1v
タイトルOuter membrane protein OmpW
要素Outer membrane protein W
キーワードMEMBRANE PROTEIN / outer membrane protein beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / transmembrane transport
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein, OmpW / OmpW family / Porin - #20 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein W
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者van den Berg, B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: The outer membrane protein OmpW forms an eight-stranded beta-barrel with a hydrophobic channel.
著者: Hong, H. / Patel, D.R. / Tamm, L.K. / van den Berg, B.
履歴
登録2005年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein W
B: Outer membrane protein W
C: Outer membrane protein W
D: Outer membrane protein W
E: Outer membrane protein W
F: Outer membrane protein W
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,75312
ポリマ－130,2016
非ポリマー5536
水00
1
A: Outer membrane protein W
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7922
ポリマ－21,7001
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Outer membrane protein W
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7922
ポリマ－21,7001
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Outer membrane protein W
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7922
ポリマ－21,7001
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Outer membrane protein W
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7922
ポリマ－21,7001
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Outer membrane protein W
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7922
ポリマ－21,7001
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Outer membrane protein W
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7922
ポリマ－21,7001
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
A: Outer membrane protein W
B: Outer membrane protein W
F: Outer membrane protein W
ヘテロ分子

C: Outer membrane protein W
D: Outer membrane protein W
E: Outer membrane protein W
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,75312
ポリマ－130,2016
非ポリマー5536
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445x-1/2,-y-1/2,-z1
Buried area10830 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area45690 Å2
手法PISA
8
C: Outer membrane protein W
D: Outer membrane protein W
E: Outer membrane protein W
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3776
ポリマ－65,1003
非ポリマー2763
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area23710 Å2
手法PISA
9
A: Outer membrane protein W
B: Outer membrane protein W
F: Outer membrane protein W
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3776
ポリマ－65,1003
非ポリマー2763
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4530 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area23740 Å2
手法PISA
10
B: Outer membrane protein W
C: Outer membrane protein W
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5844
ポリマ－43,4002
非ポリマー1842
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area16880 Å2
手法PISA
11
A: Outer membrane protein W
ヘテロ分子

D: Outer membrane protein W
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5844
ポリマ－43,4002
非ポリマー1842
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y+1/2,-z+1/21
Buried area1950 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area16890 Å2
手法PISA
12
E: Outer membrane protein W
ヘテロ分子

F: Outer membrane protein W
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5844
ポリマ－43,4002
非ポリマー1842
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x+1/2,-y-1/2,-z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area17160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.666, 118.776, 118.519
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Outer membrane protein W


分子量: 21700.102 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / 遺伝子: ompW / プラスミド: pB22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 (DE3) / 参照: UniProt: P0A915
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.64 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 27-33% MPD, 0.2 M ammonium acetate, 50 mM sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月30日
放射モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→37.56 Å / Num. all: 52992 / Num. obs: 52992 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 47.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 25.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.716 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique all: 4351 / % possible all: 82.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER(CCP4)位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(PHASER)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2F1T, MOL_A

2f1t


解像度: 2.7→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.314 3466 -random
Rwork0.292 ---
all0.293 44731 --
obs0.293 44726 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.81 Å20 Å2
3---0.84 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8544 0 36 0 8580
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.95
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.018
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 434 -
Rwork0.336 --
obs-5507 99.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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