PDB-2f1s: Crystal Structure of a Viral FLIP MC159

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f1s

タイトル

Crystal Structure of a Viral FLIP MC159

要素

Viral CASP8 and FADD-like apoptosis regulator

キーワード

APOPTOSIS / FLIP / DED / death receptor signaling / DISC / caspase activation

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host apoptosis / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / symbiont-mediated suppression of host autophagy / positive regulation of necroptotic process / negative regulation of apoptotic signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / host cell cytoplasm / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Molluscum contagiosum virus subtype 1 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Li, F.-Y. / Jeffrey, P.D. / Yu, J.W. / Shi, Y.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of a Viral FLIP: INSIGHTS INTO FLIP-MEDIATED INHIBITION OF DEATH RECEPTOR SIGNALING.
著者: Li, F.-Y. / Jeffrey, P.D. / Yu, J.W. / Shi, Y.

履歴

登録	2005年11月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2f1s.cif.gz	48.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2f1s.ent.gz	34.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f1s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/2f1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/2f1s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1cvj-5 1irj-3 5m3d-2 6wn7-2 2bf3-d 2hv1-d 6dbp-d 6wn7-1 3f3r-d 4cfq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (1)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Viral CASP8 and FADD-like apoptosis regulator

20.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.859, 63.271, 76.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Viral CASP8 and FADD-like apoptosis regulator / v-CFLAR / Viral FLICE- inhibitory protein / v-FLIP 分子量: 20794.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Molluscum contagiosum virus subtype 1 (ウイルス) 属: Molluscipoxvirus / 生物種: Molluscum contagiosum virus / 株: subtype 1 / プラスミド: pGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q98325
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Viral CASP8 and FADD-like apoptosis regulator / v-CFLAR / Viral FLICE- inhibitory protein / v-FLIP

分子量: 20794.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Molluscum contagiosum virus subtype 1 (ウイルス)
属: Molluscipoxvirus / 生物種: Molluscum contagiosum virus / 株: subtype 1 / プラスミド: pGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q98325

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.024 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 2000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 0.979, 0.9794, 0.98, 0.9641

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月1日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2	0.9794	1
3	0.98	1
4	0.9641	1

反射

解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 34179 / Num. obs: 33495 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

反射シェル

解像度: 1.4→1.45 Å / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
HKL-2000	データ収集
SCALEPACK	データスケーリング
SOLVE	位相決定
CNS	精密化
HKL-2000	データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.4→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.236	1576	random
R_work	0.206	-	-
all	0.207	34179	-
obs	0.206	31044	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1376	0	0	174	1550

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.62
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.014

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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