[日本語] English
万見
- PDB-2f1s: Crystal Structure of a Viral FLIP MC159 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f1s
タイトルCrystal Structure of a Viral FLIP MC159
要素Viral CASP8 and FADD-like apoptosis regulator
キーワードAPOPTOSIS / FLIP / DED / death receptor signaling / DISC / caspase activation
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / suppression by virus of host autophagy / positive regulation of necroptotic process / negative regulation of apoptotic signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / host cell cytoplasm / host cell nucleus / apoptotic process
類似検索 - 分子機能
: / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Death-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Viral CASP8 and FADD-like apoptosis regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Molluscum contagiosum virus subtype 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Li, F.-Y. / Jeffrey, P.D. / Yu, J.W. / Shi, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of a Viral FLIP: INSIGHTS INTO FLIP-MEDIATED INHIBITION OF DEATH RECEPTOR SIGNALING.
著者: Li, F.-Y. / Jeffrey, P.D. / Yu, J.W. / Shi, Y.
履歴
登録2005年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Viral CASP8 and FADD-like apoptosis regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7951
ポリマ－20,7951
非ポリマー00
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.859, 63.271, 76.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Viral CASP8 and FADD-like apoptosis regulator / v-CFLAR / Viral FLICE- inhibitory protein / v-FLIP


分子量: 20794.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Molluscum contagiosum virus subtype 1 (ウイルス)
属: Molluscipoxvirus / 生物種: Molluscum contagiosum virus / 株: subtype 1 / プラスミド: pGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q98325
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.024 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 2000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.979, 0.9794, 0.98, 0.9641
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.97941
30.981
40.96411
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 34179 / Num. obs: 33495 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.4→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.236 1576 random
Rwork0.206 --
all0.207 34179 -
obs0.206 31044 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1376 0 0 174 1550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.62
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る