PDB-2f1m: Conformational flexibility in the multidrug efflux system protein AcrA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f1m

タイトル

Conformational flexibility in the multidrug efflux system protein AcrA

要素

Acriflavine resistance protein A

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / helical hairpin / lipoyl domain / beta barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport / transmembrane transporter activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.71 Å

データ登録者

Mikolosko, J. / Bobyk, K. / Zgurskaya, H.I. / Ghosh, P.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Conformational Flexibility in the Multidrug Efflux System Protein AcrA.
著者: Mikolosko, J. / Bobyk, K. / Zgurskaya, H.I. / Ghosh, P.

履歴

登録	2005年11月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Advisory / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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-
関連構造データ

類似構造データ	4lc0-2 5okc-2 4lbv-2 4lbw-2 6m2l-d 2ixf-d 1h9d-d 4bla-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (8) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (8)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Acriflavine resistance protein A

B: Acriflavine resistance protein A

C: Acriflavine resistance protein A

D: Acriflavine resistance protein A

121 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Acriflavine resistance protein A

B: Acriflavine resistance protein A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Acriflavine resistance protein A

D: Acriflavine resistance protein A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	88.788, 100.031, 332.586
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	THR	ALA	6	A	A	54 - 62	11 - 19
2	1	1	THR	ALA	6	B	B	54 - 62	11 - 19
3	1	1	THR	ALA	6	C	C	54 - 62	11 - 19
4	1	1	THR	ALA	6	D	D	54 - 62	11 - 19
1	1	2	ARG	ILE	3	A	A	64 - 96	21 - 53
2	1	2	ARG	ILE	3	B	B	64 - 96	21 - 53
3	1	2	ARG	ILE	3	C	C	64 - 96	21 - 53
4	1	2	ARG	ILE	3	D	D	64 - 96	21 - 53
1	1	3	ALA	LYS	5	A	A	99 - 131	56 - 88
2	1	3	ALA	LYS	5	B	B	99 - 131	56 - 88
3	1	3	ALA	LYS	5	C	C	99 - 131	56 - 88
4	1	3	ALA	LYS	5	D	D	99 - 131	56 - 88
5	2	3	GLN	LYS	4	A	A	141 - 175	98 - 132
6	2	3	GLN	LYS	4	B	B	141 - 175	98 - 132
7	2	3	GLN	LYS	4	C	C	141 - 175	98 - 132
8	2	3	GLN	LYS	4	D	D	141 - 175	98 - 132
1	1	4	VAL	GLN	3	A	A	176 - 208	133 - 165
2	1	4	VAL	GLN	3	B	B	176 - 208	133 - 165
3	1	4	VAL	GLN	3	C	C	176 - 208	133 - 165
4	1	4	VAL	GLN	3	D	D	176 - 208	133 - 165
1	1	5	LEU	GLN	5	A	A	209 - 218	166 - 175
2	1	5	LEU	GLN	5	B	B	209 - 218	166 - 175
3	1	5	LEU	GLN	5	C	C	209 - 218	166 - 175
4	1	5	LEU	GLN	5	D	D	209 - 218	166 - 175
1	1	6	ALA	ASP	5	A	A	242 - 257	199 - 214
2	1	6	ALA	ASP	5	B	B	242 - 257	199 - 214
3	1	6	GLY	ASP	5	C	C	240 - 257	197 - 214
4	1	6	GLY	ASP	5	D	D	240 - 257	197 - 214
1	1	7	THR	LEU	5	A	A	275 - 297	232 - 254
2	1	7	THR	LEU	5	B	B	275 - 297	232 - 254
3	1	7	THR	LEU	5	C	C	275 - 297	232 - 254
4	1	7	THR	LEU	5	D	D	275 - 297	232 - 254

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7

詳細

The current oligomerization state of AcrA is unknown.

#1: タンパク質	Acriflavine resistance protein A 分子量: 30355.184 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 45-312 / 変異: F223M, L224M, L287M, L288M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: JM109 / 遺伝子: acrA, lir, mtcA / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P0AE06
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Acriflavine resistance protein A

分子量: 30355.184 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 45-312 / 変異: F223M, L224M, L287M, L288M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: JM109 / 遺伝子: acrA, lir, mtcA / プラスミド: pET28b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P0AE06

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.2 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 5.4 詳細: 30% 2-methyl-2,4-pentadiol (MPD), 20 mM MgCl2, 100 mM citrate pH 5.4, 1 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 5.40

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月22日

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

D res low: 50 Å / % possible obs: 99.8

冗長度 (%)	ID	数	R_merge(I) obs	Χ²	D res high (Å)
4.2	1	57352	0.139	1.032	3
4.4	2	41031	0.098	1.042	3.39
4.2	3	37276	0.185	1.049	3.5

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.46	50	98.4	1	0.04	1.035	4.3
5.13	6.46	100	1	0.084	1.007	4.4
4.48	5.13	100	1	0.087	1.028	4.4
4.07	4.48	100	1	0.126	1.029	4.4
3.78	4.07	100	1	0.191	1.04	4.5
3.56	3.78	100	1	0.246	1.043	4.4
3.38	3.56	99.9	1	0.364	1.062	4.3
3.23	3.38	99.9	1	0.517	1.037	4.1
3.11	3.23	99.9	1	0.637	1.015	3.8
3	3.11	99.7	1	0.716	1.016	3.4
7.3	50	98.2	2	0.034	1.034	4.3
5.79	7.3	100	2	0.066	1.037	4.4
5.06	5.79	100	2	0.074	1.038	4.4
4.6	5.06	100	2	0.077	1.057	4.5
4.27	4.6	100	2	0.094	1.063	4.5
4.02	4.27	100	2	0.131	1.068	4.5
3.82	4.02	100	2	0.171	1.038	4.5
3.65	3.82	100	2	0.207	1.045	4.5
3.51	3.65	99.9	2	0.277	1.03	4.5
3.39	3.51	99.9	2	0.389	1.008	4.5
7.53	50	98	3	0.046	1.048	4.3
5.98	7.53	100	3	0.134	1.068	4.3
5.23	5.98	99.9	3	0.171	1.055	4.4
4.75	5.23	100	3	0.164	1.038	4.4
4.41	4.75	100	3	0.207	1.063	4.3
4.15	4.41	100	3	0.254	1.054	4.2
3.94	4.15	100	3	0.31	1.033	4.1
3.77	3.94	100	3	0.394	1.045	4.1
3.63	3.77	99.9	3	0.446	1.059	3.9
3.5	3.63	99.9	3	0.534	1.019	3.8

反射

解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 39324 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.6

反射シェル

解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 91.1

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	28.608	-49.811	216.176	SE	300	1.61
2	24.466	-42.925	215.138	SE	225.17	1.39
3	63.967	13.111	51.932	SE	81.79	1.72
4	22.301	70.879	54.6	SE	109.95	1.84
5	-1.427	26.768	185.307	SE	188.64	0.96
6	10.503	41.748	65.087	SE	139.46	2.1
7	5.877	37.101	59.211	SE	89.52	1.85
8	6.438	41.562	64.423	SE	161.01	2.11
9	-34.291	30.375	192.897	SE	132.06	1.45
10	85.589	20.694	22.854	SE	120.19	1.95
11	5.439	77.612	29.71	SE	124.27	2.05
12	-9.197	23.051	185.722	SE	203.25	0.63
13	12.744	79.664	26.125	SE	132.56	2.26
14	26.196	18.131	21.567	SE	87.58	2.16
15	21.795	15.517	28.129	SE	91.69	2.17
16	25.733	14.311	22.663	SE	136.24	2.07
17	34.408	25.932	140.401	SE	117.85	1.85
18	25.694	18.182	110.017	SE	124.08	1.95
19	26.914	-10.026	229.861	SE	263.62	1.08

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 30180

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
11.93-100	51.3	0.891	501
9.47-11.93	40	0.937	501
8.18-9.47	46.6	0.931	565
7.31-8.18	45.3	0.925	616
6.66-7.31	47.4	0.911	690
6.16-6.66	48.2	0.896	738
5.76-6.16	52.3	0.888	815
5.43-5.76	51.9	0.899	842
5.15-5.43	53.1	0.896	861
4.91-5.15	57.6	0.918	936
4.7-4.91	58.2	0.913	981
4.51-4.7	59.4	0.913	1002
4.35-4.51	62.6	0.919	1069
4.2-4.35	67.9	0.91	1046
4.07-4.2	68.1	0.895	1147
3.95-4.07	69.6	0.898	1133
3.83-3.95	74.9	0.91	1205
3.73-3.83	74.8	0.888	1184
3.64-3.73	76.1	0.89	1313
3.55-3.64	80.8	0.89	1238
3.47-3.55	81.9	0.867	1329
3.39-3.47	84.5	0.842	1332
3.32-3.39	86.3	0.799	1396
3.25-3.32	85.3	0.791	1388
3.19-3.25	86.5	0.749	1376
3.13-3.19	88.4	0.739	1504
3.07-3.13	90.2	0.71	1449
3-3.07	88.5	0.626	2023

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
HKL-2000		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.71→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 29.458 / SU ML: 0.302 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.563 / ESU R Free: 0.331 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.275	1972	5 %	RANDOM
R_work	0.237	-	-	-
all	0.239	40642	-	-
obs	0.239	39271	96.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.28 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	10.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.71→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6964	0	0	36	7000

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	6988
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.608	1.961	9506
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.967	5	916
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.727	25.369	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.903	15	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.113	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5251
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	2844
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.298	0.2	4811
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	271
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.192	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.155	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.352	1.5	4680
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.616	2	7368
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.062	3	2538
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.735	4.5	2138
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
2	1	A	132	tight positional	0.04	0.05
2	2	B	132	tight positional	0.04	0.05
2	3	C	132	tight positional	0.04	0.05
2	4	D	132	tight positional	0.03	0.05
4	1	A	132	tight positional	0.04	0.05
4	2	B	132	tight positional	0.04	0.05
4	3	C	132	tight positional	0.05	0.05
4	4	D	132	tight positional	0.04	0.05
3	1	A	386	medium positional	0.53	0.5
3	2	B	386	medium positional	0.71	0.5
3	3	C	386	medium positional	0.73	0.5
3	4	D	386	medium positional	0.4	0.5
5	1	A	40	medium positional	0.47	0.5
5	2	B	40	medium positional	0.29	0.5
5	3	C	40	medium positional	0.39	0.5
5	4	D	40	medium positional	0.31	0.5
6	1	A	64	medium positional	0.74	0.5
6	2	B	64	medium positional	0.37	0.5
6	3	C	64	medium positional	0.4	0.5
6	4	D	64	medium positional	0.38	0.5
7	1	A	92	medium positional	0.42	0.5
7	2	B	92	medium positional	0.3	0.5
7	3	C	92	medium positional	0.33	0.5
7	4	D	92	medium positional	0.24	0.5
1	1	A	64	loose positional	0.65	5
1	2	B	64	loose positional	0.93	5
1	3	C	64	loose positional	0.55	5
1	4	D	64	loose positional	0.73	5
2	1	A	119	loose positional	0.49	5
2	2	B	119	loose positional	0.54	5
2	3	C	119	loose positional	0.55	5
2	4	D	119	loose positional	0.78	5
3	1	A	113	loose positional	0.64	5
3	2	B	113	loose positional	1.03	5
3	3	C	113	loose positional	0.84	5
3	4	D	113	loose positional	0.87	5
4	1	A	94	loose positional	0.47	5
4	2	B	94	loose positional	0.55	5
4	3	C	94	loose positional	0.47	5
4	4	D	94	loose positional	0.5	5
5	1	A	41	loose positional	0.75	5
5	2	B	41	loose positional	0.62	5
5	3	C	41	loose positional	0.84	5
5	4	D	41	loose positional	0.77	5
6	1	A	48	loose positional	1.78	5
6	2	B	48	loose positional	0.85	5
6	3	C	48	loose positional	0.89	5
6	4	D	48	loose positional	0.93	5
7	1	A	87	loose positional	1.06	5
7	2	B	87	loose positional	0.94	5
7	3	C	87	loose positional	0.67	5
7	4	D	87	loose positional	0.74	5
2	1	A	132	tight thermal	1.3	5
2	2	B	132	tight thermal	1.06	5
2	3	C	132	tight thermal	1.53	5
2	4	D	132	tight thermal	1.54	5
4	1	A	132	tight thermal	1.94	5
4	2	B	132	tight thermal	1.43	5
4	3	C	132	tight thermal	1.21	5
4	4	D	132	tight thermal	1.01	5
3	1	A	386	medium thermal	1.95	10
3	2	B	386	medium thermal	2.32	10
3	3	C	386	medium thermal	1.7	10
3	4	D	386	medium thermal	2.7	10
5	1	A	40	medium thermal	3.67	10
5	2	B	40	medium thermal	4.57	10
5	3	C	40	medium thermal	1.6	10
5	4	D	40	medium thermal	1.68	10
6	1	A	64	medium thermal	3.07	10
6	2	B	64	medium thermal	1.99	10
6	3	C	64	medium thermal	1.55	10
6	4	D	64	medium thermal	2.01	10
7	1	A	92	medium thermal	1.94	10
7	2	B	92	medium thermal	1.17	10
7	3	C	92	medium thermal	2.19	10
7	4	D	92	medium thermal	2.71	10
1	1	A	64	loose thermal	4.13	20
1	2	B	64	loose thermal	5.61	20
1	3	C	64	loose thermal	3.72	20
1	4	D	64	loose thermal	1.87	20
2	1	A	119	loose thermal	2.45	20
2	2	B	119	loose thermal	2.44	20
2	3	C	119	loose thermal	2.39	20
2	4	D	119	loose thermal	2.03	20
3	1	A	113	loose thermal	2.33	20
3	2	B	113	loose thermal	3.94	20
3	3	C	113	loose thermal	2.25	20
3	4	D	113	loose thermal	3.42	20
4	1	A	94	loose thermal	2.63	20
4	2	B	94	loose thermal	2.35	20
4	3	C	94	loose thermal	1.76	20
4	4	D	94	loose thermal	1.73	20
5	1	A	41	loose thermal	4.61	20
5	2	B	41	loose thermal	5.1	20
5	3	C	41	loose thermal	2.23	20
5	4	D	41	loose thermal	2.01	20
6	1	A	48	loose thermal	3.2	20
6	2	B	48	loose thermal	2.54	20
6	3	C	48	loose thermal	1.5	20
6	4	D	48	loose thermal	2.04	20
7	1	A	87	loose thermal	2.18	20
7	2	B	87	loose thermal	1.54	20
7	3	C	87	loose thermal	2.64	20
7	4	D	87	loose thermal	3.2	20

LS精密化シェル

解像度: 2.71→2.78 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.474	129	-
R_work	0.407	2329	-
obs	-	-	81.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.562	2.4472	-0.4488	10.7774	-3.9902	1.8074	0.0692	-0.2006	0.1223	0.5708	-0.0665	0.4914	-0.0531	-0.217	-0.0027	0.0801	-0.0339	0.0038	-0.1324	-0.0893	-0.2005	29.011	-5.386	205.401
2	3.3908	0.9159	-2.5457	5.5654	-4.1632	8.0337	0.2037	-0.645	0.2678	0.8945	-0.0598	0.1494	-0.6553	0.538	-0.144	0.1506	-0.0478	-0.0363	-0.1486	-0.1197	-0.0751	40.067	15.894	209.701
3	8.2369	-0.1482	2.9115	1.0435	-0.1698	3.642	0.1095	0.7262	-0.1144	-0.1238	0.1272	0.1301	0.049	0.3582	-0.2367	0.2054	-0.0244	-0.0092	-0.2589	-0.0187	-0.1574	0.822	25.506	210.613
4	3.9579	-0.4601	2.3699	2.3695	1.6332	12.0963	-0.0281	0.878	0.5831	0.0738	0.046	-0.352	-0.2836	1.3961	-0.0179	0.1596	-0.0587	0.0147	0.139	-0.0323	0.0604	23.48	34.449	210.513
5	1.5482	0.4783	2.6876	1.0104	0.6056	23.9938	-0.0308	0.5691	-0.2496	-0.2016	-0.0746	-0.1132	-0.241	-0.1786	0.1054	0.1341	0.0808	-0.009	-0.0554	-0.0849	-0.121	28.09	8.651	163.242
6	8.8767	0.4247	6.8518	1.5722	0.7199	12.5337	-0.2117	0.5125	0.9439	-0.4625	-0.4137	0.3815	-0.8996	-0.9579	0.6254	0.3556	0.2167	-0.057	-0.0559	0.0252	-0.0123	22.313	23.736	170.794
7	0.3455	0.206	-0.4816	0.2359	-1.9569	25.3273	0.029	-0.227	-0.0443	0.0402	0.0247	0.0229	0.2333	-0.1202	-0.0537	0.5034	0.2547	-0.0384	-0.0043	-0.0041	-0.134	8.214	21.72	254.005
8	4.4282	1.7297	-1.7076	4.2517	-3.3985	9.7834	-0.4546	-0.8131	-1.0649	0.7601	-0.3379	-0.6308	0.758	1.0963	0.7925	0.6189	0.4499	-0.0507	0.3435	0.016	0.0711	23.686	13.834	249.3
9	11.7577	-2.5657	-0.0489	4.5456	-5.0231	11.5825	0.2024	-1.2141	-1.9379	0.6637	0.4076	0.4072	1.6458	-1.6077	-0.61	0.6105	-0.3943	-0.0761	0.3682	0.2793	0.3031	20.626	-33.158	218.393
10	4.1812	-6.3858	-2.197	16.3897	-0.8767	11.5076	-0.8284	-0.7655	-2.0257	1.9822	0.2631	1.1369	2.1159	-0.4802	0.5653	1.099	0.0662	0.3878	0.3182	0.1822	0.5569	26.81	-1.237	230.757
11	19.2049	-0.2246	5.2274	4.2542	0.2926	5.1832	0.525	3.2075	-0.4871	-0.3444	-0.3133	0.0684	0.1913	0.1008	-0.2117	0.329	0.0148	-0.0261	0.4116	-0.0753	-0.0507	-24.977	22.447	193.837
12	30.1377	-6.9716	0.966	4.7573	0.2728	7.9805	0.1796	3.4496	-0.9604	-0.306	-0.4245	1.7079	0.007	-1.8178	0.2449	0.3455	0.0366	0.0071	1.148	-0.1998	0.1674	7.769	26.021	185.817

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	53 - 100	10 - 57
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	53 - 100	10 - 57
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	170 - 210	127 - 167
4	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	53 - 100	10 - 57
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	170 - 210	127 - 167
6	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	54 - 100	11 - 57
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	170 - 210	127 - 167
8	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	101 - 169	58 - 126
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	101 - 169	58 - 126
10	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	101 - 169	58 - 126
11	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	101 - 169	58 - 126
12	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	211 - 298	168 - 255
13	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	211 - 297	168 - 254
14	X-RAY DIFFRACTION	11	C	C	211 - 299	168 - 256
15	X-RAY DIFFRACTION	12	D	D	211 - 297	168 - 254

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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