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- PDB-2f1d: X-Ray Structure of imidazoleglycerol-phosphate dehydratase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f1d
タイトルX-Ray Structure of imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
要素Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
キーワードLYASE / IGPD / herbicide / manganese / histidine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


imidazoleglycerol-phosphate dehydratase / imidazoleglycerol-phosphate dehydratase activity / L-histidine biosynthetic process / chloroplast / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Imidazole glycerol phosphate dehydratase; domain 1 / Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase signature 1. / Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase / Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase, conserved site / Imidazole glycerol phosphate dehydratase domain superfamily / Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase / Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase signature 2. / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Rice, D.W. / Glynn, S.E. / Baker, P.J. / Sedelnikova, S.E. / Davies, C.L. / Eadsforth, T.C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Structure and mechanism of imidazoleglycerol-phosphate dehydratase.
著者: Glynn, S.E. / Baker, P.J. / Sedelnikova, S.E. / Davies, C.L. / Eadsforth, T.C. / Levy, C.W. / Rodgers, H.F. / Blackburn, G.M. / Hawkes, T.R. / Viner, R. / Rice, D.W.
履歴
登録2005年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
B: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
C: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
D: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
E: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
F: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
G: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
H: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
I: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
J: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
K: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
L: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
M: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
N: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
O: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
P: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)361,88964
ポリマ－358,59416
非ポリマー3,29548
水00
1
A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
B: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
C: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
D: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
E: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
F: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
G: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
H: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
B: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
C: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
D: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
E: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
F: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
G: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
H: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
B: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
C: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
D: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
E: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
F: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
G: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
H: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)542,83496
ポリマ－537,89124
非ポリマー4,94372
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area75650 Å2
ΔGint-677 kcal/mol
Surface area131220 Å2
手法PISA, PQS
2
I: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
J: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
K: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
L: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
M: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
N: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
O: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
P: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,94532
ポリマ－179,2978
非ポリマー1,64824
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area75890 Å2
ΔGint-691 kcal/mol
Surface area131270 Å2
手法PISA
3
I: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
J: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
K: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
L: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
M: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
N: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
O: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
P: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
ヘテロ分子

I: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
J: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
K: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
L: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
M: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
N: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
O: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
P: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
ヘテロ分子

I: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
J: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
K: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
L: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
M: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
N: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
O: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
P: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)542,83496
ポリマ－537,89124
非ポリマー4,94372
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)157.949, 157.949, 479.965
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 1 / IGPD 1


分子量: 22412.145 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
プラスミド: pET24 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: P34047, imidazoleglycerol-phosphate dehydratase
#2: 化合物...
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.7 %

-
データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 88754 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 11.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1RHY

1rhy


解像度: 3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.858 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.791 / SU B: 19.539 / SU ML: 0.362 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.861 / ESU R Free: 0.455 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28633 4375 5 %RANDOM
Rwork0.24034 ---
obs0.24262 83229 98.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.845 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å20.24 Å20 Å2
2--0.48 Å20 Å2
3----0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22176 0 112 0 22288
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02122656
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0220480
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2771.93430832
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.764347232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.90552912
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.23616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0225840
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.024656
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.24100
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2150.223469
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.214460
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2219
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1110.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2480.2310
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.076 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.372 354
Rwork0.308 6087

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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