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- PDB-2ezl: SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE IBETA SUBDOMAIN OF THE MU END DNA B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ezl
タイトルSOLUTION NMR STRUCTURE OF THE IBETA SUBDOMAIN OF THE MU END DNA BINDING DOMAIN OF PHAGE MU TRANSPOSASE, 29 STRUCTURES
要素TRANSPOSASE
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING / TRANSPOSITION / TRANSPOSABLE ELEMENT / DNA-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


合成酵素; リン酸エステル結合を形成 / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / latency-replication decision / transposase activity / DNA transposition / double-stranded DNA endonuclease activity / viral DNA genome replication / ligase activity / DNA integration / DNA replication ...合成酵素; リン酸エステル結合を形成 / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / latency-replication decision / transposase activity / DNA transposition / double-stranded DNA endonuclease activity / viral DNA genome replication / ligase activity / DNA integration / DNA replication / host cell cytoplasm / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage Mu, transposase / Mu DNA binding, I gamma subdomain / Bacteriophage Mu transposase / Mu DNA binding, I gamma subdomain / Mu-type HTH domain / Mu DNA-binding domain / Mu-type HTH domain profile. / Transposase, Mu, C-terminal / Transposase-like, Mu, C-terminal / Mu transposase, C-terminal ...Bacteriophage Mu, transposase / Mu DNA binding, I gamma subdomain / Bacteriophage Mu transposase / Mu DNA binding, I gamma subdomain / Mu-type HTH domain / Mu DNA-binding domain / Mu-type HTH domain profile. / Transposase, Mu, C-terminal / Transposase-like, Mu, C-terminal / Mu transposase, C-terminal / Putative DNA-binding domain superfamily / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterobacteria phage Mu (ファージ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Clore, G.M. / Clubb, R.T. / Schumaker, S. / Gronenborn, A.M.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1997
タイトル: Solution structure of the Mu end DNA-binding ibeta subdomain of phage Mu transposase: modular DNA recognition by two tethered domains.
著者: Schumacher, S. / Clubb, R.T. / Cai, M. / Mizuuchi, K. / Clore, G.M. / Gronenborn, A.M.
履歴
登録1997年10月4日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_keywords.text
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSPOSASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1861
ポリマ－11,1861
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)29 / 29
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 TRANSPOSASE


分子量: 11186.460 Da / 分子数: 1 / 断片: IBETA SUBDOMAIN, RESIDUES 77 - 174 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage Mu (ファージ) / 属: Mu-like viruses / 参照: UniProt: P07636

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TRIPLE RESONANCE FOR ASSIGNMENT OF PROTEIN: CBCA(CO)NH
121CBCANH
131HBHA(CO)NH
141C(CO)NH
151H(CCO)NH
161(H)CCH-COSY
171(H)CCH-TOCSY
181HNHA
19115N-SEPARATED HOHAHA; QUANTITATIVE J CORRELATION FOR COUPLING CONSTANTS; 3D 15N-SEPARATED NOE
11013D 13C-SEPARATED NOE AND ROE
11114D 15N/13C-SEPARATED NOE
11214D 13C/13C-SEPARATED NOE EXPERIMENTS

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試料調製

試料状態pH: 6.3 / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMX500BrukerAMX5005001
Bruker AMX600BrukerAMX6006002

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン分類
X-PLOR (SEE ABOVE)ABOVE)構造決定
X-PLOR (SEE ABOVE)ABOVE)精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE 3D STRUCTURE OF THE IBETA SUBDOMAIN OF MU A TRANSPOSASE WAS SOLVED BY MULTI-DIMENSIONAL HETERONUCLEAR NMR AND IS BASED ON 1446 EXPERIMENTAL NMR RESTRAINTS: 255 SEQUENTIAL (|I- J|=1), 220 ...詳細: THE 3D STRUCTURE OF THE IBETA SUBDOMAIN OF MU A TRANSPOSASE WAS SOLVED BY MULTI-DIMENSIONAL HETERONUCLEAR NMR AND IS BASED ON 1446 EXPERIMENTAL NMR RESTRAINTS: 255 SEQUENTIAL (|I- J|=1), 220 MEDIUM RANGE (1 < |I-J| <=5) AND 252 LONG RANGE (|I-J| >5) INTERRESIDUES AND 234 INTRARESIDUE APPROXIMATE INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS; 52 DISTANCE RESTRAINTS FOR 26 BACKBONE H-BONDS;. 153 TORSION ANGLE RESTRAINTS (94 PHI, 8 PSI, 36 CHI1 AND 15 CHI2); 58 THREE-BOND HN-HA COUPLING CONSTANT RESTRAINTS; AND 180 (92 CALPHA AND 88 CBETA) 13C SHIFT RESTRAINTS. THE STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL OF NILGES ET AL. (1988) FEBS LETT. 229, 129-136 USING THE PROGRAM X-PLOR 3.1 (BRUNGER) MODIFIED TO INCORPORATE COUPLING CONSTANT (GARRETT ET AL. (1984) J. MAGN. RESON. SERIES B 104, 99-103) AND CARBON CHEMICAL SHIFT (KUSZEWSKI ET AL. (1995) J. MAGN. RESON. SERIES B 106, 92-96) RESTRAINTS, AND A CONFORMATIONAL DATABASE POTENTIAL (KUSZEWSKI ET AL.(1996) PROTEIN SCI. 5, 1067-1080; KUSZEWSKI ET AL. (1997) J. MAGN. RESON 125, 171-177). THE RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE IS PRESENTED IN ENTRY 2EZK AND 29 STRUCTURES ARE PRESENTED IN ENTRY 2EZL, AND THE EXPERIMENTAL RESTRAINTS IN R2EZKMR. IN THE RESTRAINED REGULARIZED MEAN COORDINATES (2EZK) THE LAST COLUMN REPRESENTS THE AVERAGE RMS DIFFERENCE BETWEEN THE INDIVIDUAL SIMULATED ANNEALING STRUCTURES AND THE MEAN COORDINATE POSITIONS. THE LAST COLUMN IN THE INDIVIDUAL SA THE STRUCTURES (2EZI) HAS NO MEANING. BEST FITTING TO GENERATE AVERAGE STRUCTURE IS WITH RESPECT TO RESIDUES 89 - 166. RESIDUES 76 - 88 AND 167 - 174 AT THE N- AND C-TERMINI ARE POORLY DEFINED BY THE EXPERIMENTAL DATA. NOTE THE OCCUPANCY FIELD HAS NO MEANING. RMSD IN BONDS,ANGLES,IMPROPERS,CDIH,NOE,COUP: 2808E-03,0.871524,1.02906,0.295155,2.337017E-02,0.902726 SHIFTS RMS A, B: 1.04343, 1.11143
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 29 / 登録したコンフォーマーの数: 29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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