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万見
- PDB-1yuj: SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE GAGA FACTOR/DNA COMPLEX, 50 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yuj
タイトルSOLUTION NMR STRUCTURE OF THE GAGA FACTOR/DNA COMPLEX, 50 STRUCTURES
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*TP*CP*TP*CP*GP*GP*C)-3')
  • GAGA-FACTOR
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / COMPLEX (DNA-BINDING PROTEIN-DNA) / CHROMATIN REMODELING / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


maternal-to-zygotic transition of gene expression / response to ecdysone / syncytial blastoderm mitotic cell cycle / nuclear division / imaginal disc-derived wing morphogenesis / POZ domain binding / sex-chromosome dosage compensation / polytene chromosome / nucleosome organization / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding ...maternal-to-zygotic transition of gene expression / response to ecdysone / syncytial blastoderm mitotic cell cycle / nuclear division / imaginal disc-derived wing morphogenesis / POZ domain binding / sex-chromosome dosage compensation / polytene chromosome / nucleosome organization / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / oogenesis / DNA-binding transcription activator activity / pericentric heterochromatin / core promoter sequence-specific DNA binding / molecular function activator activity / euchromatin / heterochromatin formation / chromatin organization / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / spermatogenesis / sequence-specific DNA binding / amyloid fibril formation / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, GAGA-binding factor / GAGA factor / : / Classic Zinc Finger / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Double Stranded RNA Binding Domain / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / Zinc finger C2H2 type domain signature. ...Zinc finger, GAGA-binding factor / GAGA factor / : / Classic Zinc Finger / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Double Stranded RNA Binding Domain / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription activator GAGA
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Clore, G.M. / Omichinski, J.G. / Gronenborn, A.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: The solution structure of a specific GAGA factor-DNA complex reveals a modular binding mode.
著者: Omichinski, J.G. / Pedone, P.V. / Felsenfeld, G. / Gronenborn, A.M. / Clore, G.M.
履歴
登録1996年12月31日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*TP*CP*TP*CP*GP*GP*C)-3')
A: GAGA-FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9764
ポリマ－12,9113
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)50 / -
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*AP*C)-3')


分子量: 3383.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*TP*CP*TP*CP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3325.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 GAGA-FACTOR


分子量: 6202.233 Da / 分子数: 1 / Fragment: DNA BINDING DOMAIN, RESIDUES 310 - 372 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q08605
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: TRIPLE RESONANCE
NMR実験の詳細Text: TRIPLE RESONANCE FOR ASSIGNMENT OF PROTEIN 12C- FILTERED NOE, 12C-FILTERED HOHAHA AND 1H-1H NOE FOR DNA. QUANTITATIVE J CORRELATION FOR COUPLING CONSTANTS 3D 15N- SEPARATED, 3D 13C-SEPARATED, ...Text: TRIPLE RESONANCE FOR ASSIGNMENT OF PROTEIN 12C- FILTERED NOE, 12C-FILTERED HOHAHA AND 1H-1H NOE FOR DNA. QUANTITATIVE J CORRELATION FOR COUPLING CONSTANTS 3D 15N- SEPARATED, 3D 13C-SEPARATED, 3D 12C-FILTERED 3D 13C- SEPARATED/12C-FILTERED, AND 2D 1H-1H NOE EXPERIMENTS.

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試料調製

試料状態pH: 6 / 温度: 303.50 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMX500BrukerAMX5005001
Bruker AMX600BrukerAMX6006002

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン分類
X-PLOR (SEE ABOVE) ABOVE)ABOVE)構造決定
X-PLOR (SEE ABOVE) ABOVE)ABOVE)精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE 3D STRUCTURE OF THE GAGA FACTOR/DNA COMPLEX WAS SOLVED BY MULTI-DIMENSIONAL HETERONUCLEAR-EDITED AND -FILTERED NMR AND IS BASED ON 1475 EXPERIMENTAL NMR RESTRAINTS: (A) INTRAPROTEIN: 188 ...詳細: THE 3D STRUCTURE OF THE GAGA FACTOR/DNA COMPLEX WAS SOLVED BY MULTI-DIMENSIONAL HETERONUCLEAR-EDITED AND -FILTERED NMR AND IS BASED ON 1475 EXPERIMENTAL NMR RESTRAINTS: (A) INTRAPROTEIN: 188 SEQUENTIAL (|I- J|=1), 134 MEDIUM RANGE (1 < |I-J| <=5) AND 95 LONG RANGE (|I-J| >5) INTERRESIDUES AND 275 INTRARESIDUE APPROXIMATE INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS; 140 TORSION ANGLE RESTRAINTS; 33 THREE-BOND HN-HA COUPLING CONSTANT RESTRAINTS; AND 94 (48 CALPHA AND 46 CBETA) 13C SHIFT RESTRAINTS. (NUMBERS OF RESIDUES 10 - 61) (B) INTRA-DNA: 124 INTRARESIDUE, 112 SEQUENTIAL INTRASTRAND, 21 INTERSTRAND INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS; 102 TORSION ANGLE RESTRAINTS (FOR ALPHA, BETA, GAMMA, DELTA, EPSILON AND AND ZETA BACKBONE TORSION ANGLES). (C) INTERMOLECULAR: 75 INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS. THE EXPERIMENTAL NMR RESTRAINTS ARE SUPPLEMENTED BY HYDROGEN BONDING RESTRAINTS: 24 DISTANCES FOR 12 BACKBONE HYDROGEN BONDS WITHIN THE PROTEIN, 58 DISTANCES FOR WATSON-CRICK BASE-PAIRING WITHIN THE DNA, AND 10 AMBIGUOUS DISTANCE RESTRAINTS BETWEEN THE PROTEIN AND THE DNA. THE RESTRAINTS HAVE BEEN DEPOSITED. THE STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL OF NILGES ET AL. (1988) FEBS LETT. 229, 129-136 USING THE PROGRAM X-PLOR 3.1 (BRUNGER) MODIFIED TO INCORPORATE COUPLING CONSTANT (GARRETT ET AL. (1984) J. MAGN. RESON. SERIES B 104, 99-103) AND CARBON CHEMICAL SHIFT (KUSZEWSKI ET AL. (1995) J. MAGN. RESON. SERIES B 106, 92-96) RESTRAINTS, AND A CONFORMATIONAL DATABASE POTENTIAL (KUSZEWSKI ET AL.(1996) PROTEIN SCI. 5, 1067-1080 THE RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE IS PRESENTED IN ENTRY 1YUI AND 50 STRUCTURES ARE PRESENTED IN THIS ENTRY. IN THE RESTRAINED REGULARIZED MEAN COORDINATES THE LAST COLUMN REPRESENTS THE AVERAGE RMS DIFFERENCE BETWEEN THE INDIVIDUAL SIMULATED ANNEALING STRUCTURES AND THE MEAN COORDINATE POSITIONS. THE LAST COLUMN IN THE INDIVIDUAL SA STRUCTURES HAS NO MEANING. BEST FITTING TO GENERATE THE AVERAGE STRUCTURE IS WITH RESPECT TO RESIDUES 14 - 58 OF THE PROTEIN AND BASE PAIRS 1 - 11 OF THE DNA (RESIDUES 10 - 13 AND 59 - 61 ARE DISORDERED IN SOLUTION). RESIDUE 10 CORRESPONDS TO RESIDUE 319 OF THE NATURAL SEQUENCE. NOTE THE OCCUPANCY FIELD HAS NO MEANING.
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 50

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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