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- PDB-2ezd: SOLUTION STRUCTURE OF A COMPLEX OF THE SECOND DNA BINDING DOMAIN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ezd
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF A COMPLEX OF THE SECOND DNA BINDING DOMAIN OF HUMAN HMG-I(Y) BOUND TO DNA DODECAMER CONTAINING THE PRDII SITE OF THE INTERFERON-BETA PROMOTER, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*TP*C)-3')
  • HIGH MOBILITY GROUP PROTEIN HMG-I/HMG-Y
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA BINDING PROTEIN / MINOR GROOVE DNA BINDING / TRANSCRIPTIONAL CO-ACTIVATOR / ARCHITECTURAL FACTOR / COMPLEX (DNA-BINDING PROTEIN-DNA) / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


senescence-associated heterochromatin focus / nucleosome disassembly / nuclear retinoic acid receptor binding / oncogene-induced cell senescence / peroxisome proliferator activated receptor binding / DNA binding, bending / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / 2-LTR circle formation ...senescence-associated heterochromatin focus / nucleosome disassembly / nuclear retinoic acid receptor binding / oncogene-induced cell senescence / peroxisome proliferator activated receptor binding / DNA binding, bending / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / 2-LTR circle formation / Vpr-mediated nuclear import of PICs / DNA unwinding involved in DNA replication / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / nuclear retinoid X receptor binding / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / nuclear receptor coactivator activity / molecular function activator activity / transcription coregulator binding / transcription coregulator activity / base-excision repair / RNA polymerase II transcription regulator complex / structural constituent of chromatin / transcription regulator complex / molecular adaptor activity / transcription coactivator activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / focal adhesion / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
High mobility group protein HMGA / HMG-I/HMG-Y, DNA-binding, conserved site / HMG-I and HMG-Y DNA-binding domain (A+T-hook). / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / High mobility group protein HMG-I/HMG-Y
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Clore, G.M. / Huth, J.R. / Bewley, C. / Gronenborn, A.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: The solution structure of an HMG-I(Y)-DNA complex defines a new architectural minor groove binding motif.
著者: Huth, J.R. / Bewley, C.A. / Nissen, M.S. / Evans, J.N. / Reeves, R. / Gronenborn, A.M. / Clore, G.M.
履歴
登録1997年6月4日処理サイト: BNL
改定 1.01997年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*TP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*C)-3')
A: HIGH MOBILITY GROUP PROTEIN HMG-I/HMG-Y


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0523
ポリマ－10,0523
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 35
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*TP*C)-3')


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*C)-3')


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質・ペプチド HIGH MOBILITY GROUP PROTEIN HMG-I/HMG-Y / HIGH MOBILITY GROUP PROTEIN HMG


分子量: 2727.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17096

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: DATA WERE RECORDED ON A 2:1 COMPLEX OF DNA DODECAMER TO HMG-I(Y) 50-91 WHICH CONTAINS THE SECOND AND THIRD DNA DNA BINDING DOMAINS. EACH DNA BINDING DOMAIN BINDS TO 1 MOLECULE OF DNA.

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試料調製

試料状態pH: 6.1 / 温度: 306 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMX500BrukerAMX5006001
Bruker AMX600BrukerAMX6005002
Bruker DMX600BrukerDMX6007503
Bruker DMX750BrukerDMX7507504

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
XPLOR MODIFIEDMODIFIED構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL OF NILGES ET AL. (1988) FEBS LETT. 229, 129 - 136 USING THE PROGRAM X-PLOR 3.1 (BRUNGER) MODIFIED TO INCORPORATE COUPLING ...詳細: THE STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL OF NILGES ET AL. (1988) FEBS LETT. 229, 129 - 136 USING THE PROGRAM X-PLOR 3.1 (BRUNGER) MODIFIED TO INCORPORATE COUPLING CONSTANT (GARRETT ET AL. (1984) J. MAGN RESON. SERIES B 104, 99 - 103), CARBON CHEMICAL SHIFT (KUSZEWSKI ET AL. (1995) J. MAGN. RESON. SERIES B 106, 92 - 96) RESTRAINTS AND A CONFORMATIONAL DATABASE POTENTIAL (KUSZEWSKI ET AL. (1996) PROTEIN SCI 5, 1067 - 1080 AND (1997) J. MAGN. RESON. 125, 171-177) THE 3D STRUCTURE OF THE COMPLEX OF THE SECOND DNA BINDING DOMAIN OF HMG-I(Y) COMPLEXED TO DNA WAS SOLVED BY MULTI-DIMENSIONAL HETERONUCLEAR-EDITED AND -FILTERED NMR (A) PROTEIN: 71 SEQUENTIAL (|I-J|=1), 4 MEDIUM RANGE (1 < |I-J| >=5) AND 64 INTRARESIDUE APPROXIMATE INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS; NULL 36 TORSION ANGLE RESTRAINTS 13 THREE-BOND HN-HA AND 8 THREE_BOND COCO COUPLING CONSTANT RESTRAINTS; 39 (21 CALPHA AND 18 CBETA) 13C SHIFT RESTRAINTS. (B) DNA: 249 INTRARESIDUE, 119 SEQUENTIAL INTRASTRAND AND 33 INTERSTRAND INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS; 42 DISTANCES FOR WATSON-CRICK BASE PAIR HYDROGEN BONDS; 136 TORSION ANGLE RESTRAINTS (C) 73 INTERMOLECULAR INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS (D) 5 INTERMOLECULAR DISTANCE RESTRAINTS TO PHOSPHATES (E) 20 'REPULSIVE' RESTRAINTS THE STRUCTURE IN THIS ENTRY IS THE RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE. THE LAST NUMERIC COLUMN REPRESENTS THE RMS OF THE 35 INDIVIDUAL SIMULATED ANNEALING STRUCTURES FOUND IN PDB ENTRY 2EZE ABOUT THE MEAN COORDINATE POSITIONS. THE LAST NUMERIC COLUMN IN THE INDIVIDUAL SA STRUCTURES HAS NO MEANING. RESIDUES 3 - 27 OF THE PROTEIN CORRESPOND TO RESIDUES 51 - 75 OF INTACT HMG-I(Y). RESIDUES 3 - 5 AND 20 - 27 ARE DISORDERED. ONLY RESIDUES 3 - 23 ARE PROVIDED FOR THE RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE.
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 35 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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