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- PDB-2ez9: Pyruvate oxidase variant F479W in complex with reaction intermedi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ez9
タイトルPyruvate oxidase variant F479W in complex with reaction intermediate analogue 2-phosphonolactyl-thiamin diphosphate
要素Pyruvate oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / TPP enzyme / reaction intermediate analogue
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate oxidase / pyruvate oxidase activity / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Pyruvate oxidase / : / : / : / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain ...Pyruvate oxidase / : / : / : / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-TDK / Pyruvate oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus plantarum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Wille, G. / Meyer, D. / Steinmetz, A. / Hinze, E. / Golbik, R. / Tittmann, K.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2006
タイトル: The catalytic cycle of a thiamin diphosphate enzyme examined by cryocrystallography.
著者: Wille, G. / Meyer, D. / Steinmetz, A. / Hinze, E. / Golbik, R. / Tittmann, K.
履歴
登録2005年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE Author states that residue 561 is indeed a MET. The THR from the SWS database is an error ...SEQUENCE Author states that residue 561 is indeed a MET. The THR from the SWS database is an error in the database.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate oxidase
B: Pyruvate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,28410
ポリマ－132,4922
非ポリマー2,7928
水18,5551030
1
A: Pyruvate oxidase
B: Pyruvate oxidase
ヘテロ分子

A: Pyruvate oxidase
B: Pyruvate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)270,56820
ポリマ－264,9834
非ポリマー5,58516
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area32980 Å2
ΔGint-244 kcal/mol
Surface area69270 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)118.661, 154.517, 165.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1513-

NA

21B-1511-

NA

31A-1684-

HOH

41B-1708-

HOH

詳細The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operation: x, -y+1, -z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Pyruvate oxidase / Pyruvic oxidase / POX


分子量: 66245.836 Da / 分子数: 2 / 変異: F479W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア)
遺伝子: pox5 / プラスミド: pBP200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C600 / 参照: UniProt: P37063, pyruvate oxidase

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非ポリマー , 5種, 1038分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-TDK / 3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-2-{(1S)-1-HYDROXY-1-[(R)-HYDROXY(METHOXY)PHOSPHORYL]ETHYL}-5-(2-{[(S)-HYDROXY(PHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]OXY}ETHYL)-4-METHYL-1,3-THIAZOL-3-IUM / 2-PHOSPHONOLACTYLTHIAMIN DIPHOSPHATE


分子量: 563.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H26N4O11P3S
#5: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1030 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.8 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: ammonium sulfate, potassium phosphate, pH 5.7, hanging drop, temperature 280K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.84
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.84 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→19.62 Å / Num. all: 165388 / Num. obs: 165340 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3.7 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 12.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Χ2: 0.766 / Net I/σ(I): 12.14
反射 シェル解像度: 1.6→1.62 Å / % possible obs: 75.9 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. measured obs: 5969 / Χ2: 0.533 / % possible all: 0.759

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1POW

1pow


解像度: 1.6→19.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / WRfactor Rfree: 0.161 / WRfactor Rwork: 0.142 / SU B: 1.147 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1804 3328 2.013 %RANDOM
Rwork0.1583 ---
all0.159 165388 --
obs0.159 165339 82.942 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 13.157 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.141 Å20 Å20 Å2
2---0.663 Å20 Å2
3----0.477 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9046 0 178 1030 10254
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0229426
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3181.97612874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.86751168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.84225.138436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.261151492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9461546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21430
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027234
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.24613
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.26566
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0950.2771
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0250.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1020.266
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.471.55836
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.91829376
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.73633756
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8914.53498
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection all% reflection obs (%)
1.599-1.640.2342370.187107770.1881458075.542
1.64-1.6850.2112280.186109790.1861431178.31
1.685-1.7340.2162350.182121640.1831386189.452
1.734-1.7880.22140.172116370.1721346788
1.788-1.8460.192200.17107070.1711310883.361
1.846-1.9110.1752120.161106640.1611266485.881
1.911-1.9830.1812130.151105410.1511225087.788
1.983-2.0640.1682080.15697370.1561177184.487
2.064-2.1560.1771890.15495090.1541130185.815
2.156-2.2610.1881720.15589490.1561080984.383
2.261-2.3830.1781800.15383590.1531029282.967
2.383-2.5280.1761500.15779640.158974583.263
2.528-2.7020.1911650.1674450.161918382.871
2.702-2.9180.1951210.16268910.163853782.137
2.918-3.1960.1811560.15862360.159790880.83
3.196-3.5730.1641310.14755720.148714979.773
3.573-4.1250.1531020.13549020.136634078.927
4.125-5.050.133790.13641390.136539778.155
5.05-7.1310.178740.18631750.186423776.682
7.131-94.0720.211420.16416640.166243370.119

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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