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- PDB-2ey4: Crystal Structure of a Cbf5-Nop10-Gar1 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ey4
タイトルCrystal Structure of a Cbf5-Nop10-Gar1 Complex
要素
  • Probable tRNA pseudouridine synthase B
  • Ribosome biogenesis protein Nop10
  • small nucleolar rnp similar to gar1
キーワードISOMERASE/BIOSYNTHETIC PROTEIN / Trimeric complex / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG / ISOMERASE-BIOSYNTHETIC PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA pseudouridine55 synthase / tRNA pseudouridine(55) synthase activity / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / pseudouridine synthesis / snRNA pseudouridine synthesis / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / snoRNA binding / rRNA processing ...tRNA pseudouridine55 synthase / tRNA pseudouridine(55) synthase activity / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / pseudouridine synthesis / snRNA pseudouridine synthesis / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / snoRNA binding / rRNA processing / ribosome biogenesis / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Probable tRNA pseudouridine synthase domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / Probable tRNA pseudouridine synthase B, archaeal / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit Nop10 , archaeal-type / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 / H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain / Gar1/Naf1 RNA binding region / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like / DKCLD (NUC011) domain ...Probable tRNA pseudouridine synthase domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / Probable tRNA pseudouridine synthase B, archaeal / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit Nop10 , archaeal-type / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 / H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain / Gar1/Naf1 RNA binding region / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like / DKCLD (NUC011) domain / DKCLD (NUC011) domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 superfamily / Nucleolar RNA-binding protein, Nop10p family / Pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase / tRNA pseudouridylate synthase B, C-terminal / tRNA pseudouridylate synthase B C-terminal domain / Pseudouridine synthase II, N-terminal / TruB family pseudouridylate synthase (N terminal domain) / Uncharacterised domain CHP00451 / PUA domain / PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain superfamily / PUA domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / PUA-like superfamily / Single Sheet / Thrombin, subunit H / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Roll / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Probable tRNA pseudouridine synthase B / Small nucleolar rnp gar1-like protein / Ribosome biogenesis protein Nop10
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Rashid, R. / Liang, B. / Li, H. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of a Cbf5-Nop10-Gar1 complex and implications in RNA-guided pseudouridylation and dyskeratosis congenita.
著者: Rashid, R. / Liang, B. / Baker, D.L. / Youssef, O.A. / He, Y. / Phipps, K. / Terns, R.M. / Terns, M.P. / Li, H.
履歴
登録2005年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable tRNA pseudouridine synthase B
B: Probable tRNA pseudouridine synthase B
C: small nucleolar rnp similar to gar1
D: small nucleolar rnp similar to gar1
E: Ribosome biogenesis protein Nop10
F: Ribosome biogenesis protein Nop10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,7518
ポリマ－107,6206
非ポリマー1312
水3,171176
1
A: Probable tRNA pseudouridine synthase B
C: small nucleolar rnp similar to gar1
E: Ribosome biogenesis protein Nop10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8764
ポリマ－53,8103
非ポリマー651
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area21570 Å2
手法PISA
2
B: Probable tRNA pseudouridine synthase B
D: small nucleolar rnp similar to gar1
F: Ribosome biogenesis protein Nop10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8764
ポリマ－53,8103
非ポリマー651
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area21480 Å2
手法PISA
3
A: Probable tRNA pseudouridine synthase B
C: small nucleolar rnp similar to gar1
E: Ribosome biogenesis protein Nop10
ヘテロ分子

B: Probable tRNA pseudouridine synthase B
D: small nucleolar rnp similar to gar1
F: Ribosome biogenesis protein Nop10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,7518
ポリマ－107,6206
非ポリマー1312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_454x-1,y,z-11
Buried area10600 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area41140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.087, 75.361, 103.240
Angle α, β, γ (deg.)95.90, 96.90, 94.99
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Probable tRNA pseudouridine synthase B / tRNA pseudouridine 55 synthase / Psi55 synthase / tRNA-uridine isomerase / tRNA pseudouridylate synthase


分子量: 37663.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: truB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7LWY0, 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの
#2: タンパク質 small nucleolar rnp similar to gar1


分子量: 9505.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: DSM 3638 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 18893970, UniProt: Q8U029*PLUS
#3: タンパク質 Ribosome biogenesis protein Nop10


分子量: 6640.899 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U1R4
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: In hanging drops, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11731
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 22-ID11
シンクロトロンAPS 8-BM20.9792, 0.9794, 0.9537
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月26日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97921
30.97941
40.95371
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 93272 / Num. obs: 51837 / % possible obs: 55.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 11.8 Å2
反射 シェル最高解像度: 2.1 Å / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
bioteXデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.11→39.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 388708.4 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 4967 10.1 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 49301 80.5 %-
all-54268 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.6809 Å2 / ksol: 0.354846 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.29 Å2-2.68 Å2-0.09 Å2
2---4.87 Å2-4.24 Å2
3----8.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→39.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7278 0 2 176 7456
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.11→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 385 9.5 %
Rwork0.275 3656 -
obs--38.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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