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- PDB-2exr: X-Ray Structure of Cytokinin Oxidase/Dehydrogenase (CKX) From Ara... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2exr
タイトルX-Ray Structure of Cytokinin Oxidase/Dehydrogenase (CKX) From Arabidopsis Thaliana AT5G21482
要素Cytokinin dehydrogenase 7
キーワードOXIDOREDUCTASE / At5g21482.1 / CYTOKININ OXIDASE/DEHYDROGENASE / CKX / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CENTER FOR EUKARYOTIC STRUCTURAL GENOMICS / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


cytokinin catabolic process / cytokinin dehydrogenase / cytokinin dehydrogenase activity / FAD binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytokinin dehydrogenase 1, FAD/cytokinin binding domain / Cytokinin dehydrogenase 1, FAD and cytokinin binding / : / FAD-linked oxidases, C-terminal domain / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 ...Cytokinin dehydrogenase 1, FAD/cytokinin binding domain / Cytokinin dehydrogenase 1, FAD and cytokinin binding / : / FAD-linked oxidases, C-terminal domain / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Cytokinin dehydrogenase 7
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.702 Å
データ登録者Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Han, B.W. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Bae, E. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of Arabidopsis thaliana cytokinin dehydrogenase.
著者: Bae, E. / Bingman, C.A. / Bitto, E. / Aceti, D.J. / Phillips, G.N.
履歴
登録2005年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年1月15日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年3月28日Group: Database references
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytokinin dehydrogenase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1512
ポリマ－58,3651
非ポリマー7861
水11,403633
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.858, 114.502, 190.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Cytokinin dehydrogenase 7 / Cytokinin oxidase 7 / CKO7 / AtCKX7 / AtCKX5


分子量: 58365.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CKX7, CKX5 / プラスミド: PVP 16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q9FUJ1, cytokinin dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 633 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.69 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein solution (10 mg/ml protein, 0.10 M Bis Tris, 0.050 M sodium chloride, 0.0031 M sodium azide, 0.0003 M TCEP, pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (24% MEPEG 5K, 0.05 M ...詳細: Protein solution (10 mg/ml protein, 0.10 M Bis Tris, 0.050 M sodium chloride, 0.0031 M sodium azide, 0.0003 M TCEP, pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (24% MEPEG 5K, 0.05 M magnesium sulfate, 0.1 M HEPPS pH 8.5),temperature 277K, vapor diffusion, hanging drop

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97911, 0.96403
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月10日
詳細: HORIZONTAL SAGITALLY FOCUSING 2ND BENT MONOCHROMATOR CRYSTAL, VERTICAL BENT FOCUSING MIRROR
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1CRYOGENICALLY COOLED SI (220) DOUBLE BOUNCEMADMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979111
20.964031
Reflection

D res high: 1.7 Å / D res low: 80 Å

冗長度 (%)ID数Rmerge(I) obsΧ2% possible obs
6.81529610.0911.27795.1
6.72520930.0871.06793.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.668099.610.0831.2917
2.913.6699.910.0861.3757.3
2.542.9110010.091.2927.4
2.312.5410010.11.3287.4
2.142.3110010.1071.4377.4
2.022.1410010.1171.3277.2
1.912.029910.1381.2296.8
1.831.9193.710.1611.116.1
1.761.8384.410.1961.0635.7
1.71.7673.410.2321.084.8
3.668099.520.0741.0887
2.913.6699.920.0771.0257.4
2.542.9199.920.0881.0187.4
2.312.5410020.0951.1887.5
2.142.3110020.1111.057.4
2.022.1499.920.1381.1327.1
1.912.0297.220.2341.16.5
1.831.9187.820.1920.9965.9
1.761.8379.520.2390.9455.4
1.71.7669.920.2841.0394.8
反射解像度: 1.7→42.57 Å / Num. obs: 52961 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 1.277 / Net I/σ(I): 10.709
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.232 / Mean I/σ(I) obs: 4.373 / Num. unique all: 4054 / Χ2: 1.08 / % possible all: 73.4

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MAD set

最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 42.56 Å

IDR cullis acentricR cullis centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_10000481034216
ISO_20.7820.751.0240.847468694116
ANO_10.76201.1830467720
ANO_20.87600.6850457580
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_17.5-42.560000497219
ISO_15.34-7.50000983232
ISO_14.37-5.3400001277232
ISO_13.79-4.3700001544228
ISO_13.4-3.7900001748225
ISO_13.1-3.400001960237
ISO_12.87-3.100002147216
ISO_12.69-2.8700002311238
ISO_12.53-2.6900002479213
ISO_12.4-2.5300002626209
ISO_12.29-2.400002732194
ISO_12.2-2.2900002920227
ISO_12.11-2.200003030210
ISO_12.03-2.1100003131221
ISO_11.96-2.0300003258211
ISO_11.9-1.9600003282219
ISO_11.85-1.900003311197
ISO_11.79-1.8500003133177
ISO_11.75-1.7900003007167
ISO_11.7-1.7500002727144
ANO_17.5-42.560.6801.26504970
ANO_15.34-7.50.63301.51209830
ANO_14.37-5.340.76601.228012770
ANO_13.79-4.370.801.101015400
ANO_13.4-3.790.76201.233017450
ANO_13.1-3.40.72801.296019560
ANO_12.87-3.10.68901.449021450
ANO_12.69-2.870.67101.554023080
ANO_12.53-2.690.68301.551024770
ANO_12.4-2.530.6901.457026250
ANO_12.29-2.40.73401.355027300
ANO_12.2-2.290.74701.213029190
ANO_12.11-2.20.78101.116030300
ANO_12.03-2.110.81501.009031290
ANO_11.96-2.030.86100.886032450
ANO_11.9-1.960.88700.782031970
ANO_11.85-1.90.91500.707031160
ANO_11.79-1.850.92600.666028840
ANO_11.75-1.790.94300.604026810
ANO_11.7-1.750.95800.541022880
ISO_27.5-42.560.6710.611.521.189497218
ISO_25.34-7.50.6560.6741.7821.151983230
ISO_24.37-5.340.7220.7331.2580.851276229
ISO_23.79-4.370.7420.7881.0860.7811541228
ISO_23.4-3.790.7430.7121.1320.8071747223
ISO_23.1-3.40.7160.7591.1690.8511960236
ISO_22.87-3.10.7220.7281.310.8992147215
ISO_22.69-2.870.7170.7661.3460.8982311236
ISO_22.53-2.690.740.7921.3310.9582479213
ISO_22.4-2.530.7160.7291.2930.882626209
ISO_22.29-2.40.7660.7721.1770.8222732193
ISO_22.2-2.290.8010.7811.030.7072920227
ISO_22.11-2.20.8210.8410.8970.6163030210
ISO_22.03-2.110.8390.8740.7580.5263129220
ISO_21.96-2.030.8750.9320.6330.4343220203
ISO_21.9-1.960.8760.9120.5440.3983169202
ISO_21.85-1.90.9120.9610.5010.4223057181
ISO_21.79-1.850.9190.9550.4830.4042854161
ISO_21.75-1.790.8990.9910.4210.4232736150
ISO_21.7-1.750.8910.8940.4050.3632455132
ANO_27.5-42.560.78200.84404970
ANO_25.34-7.50.73601.01309830
ANO_24.37-5.340.83500.836012760
ANO_23.79-4.370.87400.769015370
ANO_23.4-3.790.85500.795017470
ANO_23.1-3.40.84200.831019590
ANO_22.87-3.10.80500.913021460
ANO_22.69-2.870.80400.893023110
ANO_22.53-2.690.8200.889024790
ANO_22.4-2.530.83500.809026250
ANO_22.29-2.40.86400.722027320
ANO_22.2-2.290.89600.648029200
ANO_22.11-2.20.91600.56030300
ANO_22.03-2.110.93300.467031180
ANO_21.96-2.030.95500.396031590
ANO_21.9-1.960.96500.373030390
ANO_21.85-1.90.96500.357028670
ANO_21.79-1.850.97300.333026370
ANO_21.75-1.790.9800.299024800
ANO_21.7-1.750.98400.282022160
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
110.87536.316-151.566SE20.080.99
27.42637.4160.352SE19.211.17
310.63428.952-154.378SE23.360.92
417.21849.268-63.389SE43.550.84
55.61731.741-67.734SE23.230.92
67.49346.96-150.74SE26.90.94
78.0455.802-28.729SE25.680.9
82.5868.7650.512SE41.210.63
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 52916
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
8.5-10059.10.864517
6.25-8.5560.931725
5.17-6.2553.60.925898
4.51-5.1757.30.9331047
4.05-4.5158.10.9311164
3.71-4.0559.40.9181287
3.44-3.7156.30.9231367
3.22-3.4457.80.9151475
3.04-3.2256.50.9131552
2.89-3.0456.50.8971643
2.76-2.8959.80.9021744
2.64-2.7657.10.8931795
2.54-2.6455.40.8891855
2.45-2.5455.70.891950
2.37-2.4559.50.8881993
2.29-2.3759.50.882039
2.22-2.2959.40.8812185
2.16-2.2259.30.882193
2.11-2.1661.50.8762249
2.05-2.1161.40.8682301
2-2.0564.80.8562365
1.96-266.40.852439
1.92-1.9669.10.8512388
1.88-1.9270.10.832442
1.84-1.88720.8312368
1.8-1.8470.10.7952292
1.77-1.872.90.7952185
1.74-1.7775.70.7912158
1.7-1.7477.40.7372300

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法5位相決定
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
PHENIX位相決定
SHELXD位相決定
SOLOMON位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.702→42.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / WRfactor Rfree: 0.241 / WRfactor Rwork: 0.188 / SU B: 2.208 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.115
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, SELENIUM C COEFFICIENT FOR STRUCTURE FACTOR CALCULATION SET TO -9.00, MOLPROBITY USED TO ASSIST IN FINAL MODEL BUILDING.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2139 2669 5.044 %RANDOM
Rwork0.1712 ---
all0.173 ---
obs0.17331 52917 95.086 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 26.484 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.098 Å20 Å20 Å2
2--1.633 Å20 Å2
3----1.535 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.702→42.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3853 0 53 633 4539
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224223
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3921.9675795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6085553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.94923.397209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.12115695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4781539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2629
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023309
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.22092
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.22909
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2524
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.27722595
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.09644127
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.33161886
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.64381635
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection all% reflection obs (%)
1.702-1.7460.2621300.22227620.224401971.958
1.746-1.7940.2571910.20830100.211397880.468
1.794-1.8460.2561800.20331560.206383586.988
1.846-1.9020.2331620.19433910.196378293.945
1.902-1.9650.2411860.18833420.191360497.891
1.965-2.0340.2391760.19133510.193353599.774
2.034-2.110.2311720.18132360.184340999.971
2.11-2.1970.2351840.18531120.1883296100
2.197-2.2940.2071570.18230190.1843176100
2.294-2.4060.231580.18128260.1842984100
2.406-2.5360.261330.18327370.1862870100
2.536-2.690.2221280.18525910.187272099.963
2.69-2.8760.2221340.17924430.1812577100
2.876-3.1060.2241070.17522750.177238599.874
3.106-3.4020.2071110.15621020.159221599.91
3.402-3.8030.194970.14519130.147201399.851
3.803-4.390.174900.13317020.1351792100
4.39-5.3730.16760.14114460.142152399.934
5.373-7.5870.188590.18311710.1831230100
7.587-95.3460.215380.1816630.18370998.872

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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