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万見
- PDB-2exd: The solution structure of the C-terminal domain of a nfeD homolog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2exd
タイトルThe solution structure of the C-terminal domain of a nfeD homolog from Pyrococcus horikoshii
要素nfeD short homolog
キーワードMEMBRANE PROTEIN / nfeD
機能・相同性
機能・相同性情報


NfeD-like, C-terminal domain / : / NfeD-like C-terminal, partner-binding domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NfeD-like C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法溶液NMR / distance geometry, rigid body restrained molecular dynamics, dihedral angle molecular dynamics
データ登録者Kuwahara, Y. / Ohno, A. / Morii, T. / Tochio, H. / Shirakawa, M. / Hiroaki, H.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: The solution structure of the C-terminal domain of NfeD reveals a novel membrane-anchored OB-fold.
著者: Kuwahara, Y. / Ohno, A. / Morii, T. / Yokoyama, H. / Matsui, I. / Tochio, H. / Shirakawa, M. / Hiroaki, H.
履歴
登録2005年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Experimental preparation
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: nfeD short homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2041
ポリマ－9,2041
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 nfeD short homolog


分子量: 9203.565 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 72-143 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: PH0471 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codonplus(DE3)-RIL / 参照: GenBank: 14590384, UniProt: O58204*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY
132HNHA

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM protein U-15N, 25mM phosphate buffer NA, 300mM NACL, 1mM EDTA, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
20.7mM protein U-15N,13C, 25mM phosphate buffer NA, 300mM NACL, 1mM EDTA, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: 300mM / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Varian INOVAVarianINOVA9002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.0.17Peter Guntert構造決定
XwinNMR3.5Bruker co.collection
NMRPipe2.3F. Delaglio解析
Sparky3.106Thomas Goddardデータ解析
CYANA2.0.17Peter Guntert精密化
精密化手法: distance geometry, rigid body restrained molecular dynamics, dihedral angle molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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