PDB-2ex3: Bacteriophage phi29 DNA polymerase bound to terminal protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ex3

タイトル

Bacteriophage phi29 DNA polymerase bound to terminal protein

要素

DNA polymerase
DNA terminal protein

キーワード

transferase/replication / DNA POLYMERASE: PROTEIN PRIMER COMPLEX / transferase-replication COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

viral terminase complex / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / viral DNA genome packaging / nucleoside binding / DNA replication, synthesis of primer / viral DNA genome replication / exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / virion component ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus phage phi29 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Kamtekar, S. / Berman, A.J. / Wang, J. / de Vega, M. / Blanco, L. / Salas, M. / Steitz, T.A.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: The phi29 DNA polymerase:protein-primer structure suggests a model for the initiation to elongation transition
著者: Kamtekar, S. / Berman, A.J. / Wang, J. / Lazaro, J.M. / de Vega, M. / Blanco, L. / Salas, M. / Steitz, T.A.

履歴

登録	2005年11月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年2月14日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.6	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

Remark 999

SEQUENCE 34 residues of the N-terminal domain of terminal protein (residues 1-70) have been modeled ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ex3.cif.gz	892.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ex3.ent.gz	742.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ex3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ex3_validation.pdf.gz	520.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ex3_full_validation.pdf.gz	563.1 KB	表示
XML形式データ	2ex3_validation.xml.gz	140.2 KB	表示
CIF形式データ	2ex3_validation.cif.gz	192.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/2ex3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/2ex3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xhx 1xhz 1xi1
類似構造データ	4qzv-2 5a6a-d 4kr0-d 5ac5-d 4l72-d 5ac4-d 5a6k-d 5a6b-1 2epo-d 6fnp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (9) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (5) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (5) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (9)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (5)
#3 - 2000年3月
DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (5)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA polymerase

B: DNA terminal protein

C: DNA polymerase

D: DNA terminal protein

E: DNA polymerase

F: DNA terminal protein

G: DNA polymerase

H: DNA terminal protein

I: DNA polymerase

J: DNA terminal protein

K: DNA polymerase

L: DNA terminal protein

ヘテロ分子

559 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA polymerase

B: DNA terminal protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: DNA polymerase

D: DNA terminal protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: DNA polymerase

F: DNA terminal protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: DNA polymerase

H: DNA terminal protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

I: DNA polymerase

J: DNA terminal protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

K: DNA polymerase

L: DNA terminal protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	304.933, 220.281, 217.165
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 45.40, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ARG	ARG	THR	THR	A	A	6 - 189	6 - 189
2	1	1	ARG	ARG	THR	THR	C	C	6 - 189	6 - 189
3	1	1	ARG	ARG	THR	THR	E	E	6 - 189	6 - 189
4	1	1	ARG	ARG	THR	THR	G	G	6 - 189	6 - 189
5	1	1	ARG	ARG	THR	THR	I	I	6 - 189	6 - 189
6	1	1	ARG	ARG	THR	THR	K	K	6 - 189	6 - 189
1	1	2	ALA	ALA	PHE	PHE	A	A	190 - 271	190 - 271
2	1	2	ALA	ALA	PHE	PHE	C	C	190 - 271	190 - 271
3	1	2	ALA	ALA	PHE	PHE	E	E	190 - 271	190 - 271
4	1	2	ALA	ALA	PHE	PHE	G	G	190 - 271	190 - 271
5	1	2	ALA	ALA	PHE	PHE	I	I	190 - 271	190 - 271
6	1	2	ALA	ALA	PHE	PHE	K	K	190 - 271	190 - 271
7	2	2	GLY	GLY	ILE	ILE	A	A	273 - 304	273 - 304
8	2	2	GLY	GLY	ILE	ILE	C	C	273 - 304	273 - 304
9	2	2	GLY	GLY	ILE	ILE	E	E	273 - 304	273 - 304
10	2	2	GLY	GLY	ILE	ILE	G	G	273 - 304	273 - 304
11	2	2	GLY	GLY	ILE	ILE	I	I	273 - 304	273 - 304
12	2	2	GLY	GLY	ILE	ILE	K	K	273 - 304	273 - 304
13	3	2	SER	SER	LYS	LYS	A	A	318 - 575	318 - 575
14	3	2	SER	SER	LYS	LYS	C	C	318 - 575	318 - 575
15	3	2	SER	SER	LYS	LYS	E	E	318 - 575	318 - 575
16	3	2	SER	SER	LYS	LYS	G	G	318 - 575	318 - 575
17	3	2	SER	SER	LYS	LYS	I	I	318 - 575	318 - 575
18	3	2	SER	SER	LYS	LYS	K	K	318 - 575	318 - 575
1	1	3	ALA	ALA	ASP	ASP	B	B	71 - 114	35 - 78
2	1	3	ALA	ALA	ASP	ASP	D	D	71 - 114	35 - 78
3	1	3	ALA	ALA	ASP	ASP	F	F	71 - 114	35 - 78
4	1	3	ALA	ALA	ASP	ASP	H	H	71 - 114	35 - 78
5	1	3	ALA	ALA	ASP	ASP	J	J	71 - 114	35 - 78
6	1	3	ALA	ALA	ASP	ASP	L	L	71 - 114	35 - 78
7	2	3	THR	THR	PHE	PHE	B	B	140 - 259	104 - 223
8	2	3	THR	THR	PHE	PHE	D	D	140 - 259	104 - 223
9	2	3	THR	THR	PHE	PHE	F	F	140 - 259	104 - 223
10	2	3	THR	THR	PHE	PHE	H	H	140 - 259	104 - 223
11	2	3	THR	THR	PHE	PHE	J	J	140 - 259	104 - 223
12	2	3	THR	THR	PHE	PHE	L	L	140 - 259	104 - 223

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	DNA polymerase / Early protein GP2 分子量: 66720.914 Da / 分子数: 6 / 変異: D12A/D66A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage phi29 (ファージ) / 属: Phi29-like viruses / 遺伝子: 2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03680, DNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質	DNA terminal protein / Protein Gp3 分子量: 25816.377 Da / 分子数: 6 / Fragment: terminal protein / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage phi29 (ファージ) / 属: Phi29-like viruses / 遺伝子: 3 / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: P03681
#3: 化合物	ChemComp-PB / LEAD (II) ION 分子量: 207.200 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pb

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.69 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Polymerase (6.7 mg/ml), terminal protein (3.3 mg/ml) in 50 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 20 mM Ammonium sulfate, 1 mM dithiothreitol, mixed with an equal volume of well solution containing: ...詳細: Polymerase (6.7 mg/ml), terminal protein (3.3 mg/ml) in 50 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 20 mM Ammonium sulfate, 1 mM dithiothreitol, mixed with an equal volume of well solution containing: 2.0 M sodium/potassium phosphate, pH 7, 100 mM sodium acetate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 4.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.69 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Polymerase (6.7 mg/ml), terminal protein (3.3 mg/ml) in 50 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 20 mM Ammonium sulfate, 1 mM dithiothreitol, mixed with an equal volume of well solution containing: ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月20日 / 詳細: Monochromator
放射	モノクロメーター: Double flat Si crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. all: 202498 / Num. obs: 202295 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Χ²: 0.996
反射シェル	解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0 / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique all: 20192 / R_sym value: 0.01 / Χ²: 0.957 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: A lower resolution partially refined complex determined by heavy atom phasing

解像度: 3→48.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 30.749 / SU ML: 0.248 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.652 / ESU R Free: 0.322 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TWO DATA SETS HAVE BEEN DEPOSITED, THE FIRST DATA SET IS IN C2 CRYSTAL FORM WHICH IS USED FOR REFINEMENT, THE SECOND DATA SET IS IN I23 ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.229	20161	10 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
all	0.203	182124	-	-
obs	0.203	202285	99.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 99.908 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.5 Å²	0 Å²	0.51 Å²
2-	-	0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→48.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	37092	0	16	0	37108

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	37932
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.002	1.96	51126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.166	5	4560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.37	24.103	1740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.951	15	6870
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.145	15	186
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	5472
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	28428
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	15599
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	25709
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	916
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.128	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.077	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.61	3	22923
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.81	4	36690
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.723	6	16687
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.498	9	14436

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	736	MEDIUM POSITIONAL	0.09	0.25
1	2	C	736	MEDIUM POSITIONAL	0.1	0.25
1	3	E	736	MEDIUM POSITIONAL	0.1	0.25
1	4	G	736	MEDIUM POSITIONAL	0.1	0.25
1	5	I	736	MEDIUM POSITIONAL	0.09	0.25
1	6	K	736	MEDIUM POSITIONAL	0.09	0.25
1	1	A	792	LOOSE POSITIONAL	0.24	0.5
1	2	C	792	LOOSE POSITIONAL	0.22	0.5
1	3	E	792	LOOSE POSITIONAL	0.24	0.5
1	4	G	792	LOOSE POSITIONAL	0.24	0.5
1	5	I	792	LOOSE POSITIONAL	0.27	0.5
1	6	K	792	LOOSE POSITIONAL	0.27	0.5
1	1	A	736	MEDIUM THERMAL	1	5
1	2	C	736	MEDIUM THERMAL	0.97	5
1	3	E	736	MEDIUM THERMAL	0.95	5
1	4	G	736	MEDIUM THERMAL	1	5
1	5	I	736	MEDIUM THERMAL	0.99	5
1	6	K	736	MEDIUM THERMAL	0.91	5
1	1	A	792	LOOSE THERMAL	2.36	10
1	2	C	792	LOOSE THERMAL	2.32	10
1	3	E	792	LOOSE THERMAL	2.17	10
1	4	G	792	LOOSE THERMAL	2.32	10
1	5	I	792	LOOSE THERMAL	2.38	10
1	6	K	792	LOOSE THERMAL	2.46	10
2	1	A	1488	MEDIUM POSITIONAL	0.19	0.25
2	2	C	1488	MEDIUM POSITIONAL	0.16	0.25
2	3	E	1488	MEDIUM POSITIONAL	0.12	0.25
2	4	G	1488	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0.25
2	5	I	1488	MEDIUM POSITIONAL	0.13	0.25
2	6	K	1488	MEDIUM POSITIONAL	0.16	0.25
2	1	A	1517	LOOSE POSITIONAL	0.3	0.5
2	2	C	1517	LOOSE POSITIONAL	0.27	0.5
2	3	E	1517	LOOSE POSITIONAL	0.23	0.5
2	4	G	1517	LOOSE POSITIONAL	0.28	0.5
2	5	I	1517	LOOSE POSITIONAL	0.25	0.5
2	6	K	1517	LOOSE POSITIONAL	0.29	0.5
2	1	A	1488	MEDIUM THERMAL	1.04	5
2	2	C	1488	MEDIUM THERMAL	1.06	5
2	3	E	1488	MEDIUM THERMAL	0.98	5
2	4	G	1488	MEDIUM THERMAL	0.99	5
2	5	I	1488	MEDIUM THERMAL	0.93	5
2	6	K	1488	MEDIUM THERMAL	1.07	5
2	1	A	1517	LOOSE THERMAL	2.62	10
2	2	C	1517	LOOSE THERMAL	2.47	10
2	3	E	1517	LOOSE THERMAL	2.46	10
2	4	G	1517	LOOSE THERMAL	2.49	10
2	5	I	1517	LOOSE THERMAL	2.34	10
2	6	K	1517	LOOSE THERMAL	2.51	10
3	1	B	764	MEDIUM POSITIONAL	0.21	0.25
3	2	D	764	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0.25
3	3	F	764	MEDIUM POSITIONAL	0.14	0.25
3	4	H	764	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0.25
3	5	J	764	MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.25
3	6	L	764	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.25
3	1	B	711	LOOSE POSITIONAL	0.41	0.5
3	2	D	711	LOOSE POSITIONAL	0.43	0.5
3	3	F	711	LOOSE POSITIONAL	0.28	0.5
3	4	H	711	LOOSE POSITIONAL	0.46	0.5
3	5	J	711	LOOSE POSITIONAL	0.4	0.5
3	6	L	711	LOOSE POSITIONAL	0.34	0.5
3	1	B	764	MEDIUM THERMAL	0.99	5
3	2	D	764	MEDIUM THERMAL	0.93	5
3	3	F	764	MEDIUM THERMAL	0.86	5
3	4	H	764	MEDIUM THERMAL	0.99	5
3	5	J	764	MEDIUM THERMAL	0.93	5
3	6	L	764	MEDIUM THERMAL	0.91	5
3	1	B	711	LOOSE THERMAL	2.68	10
3	2	D	711	LOOSE THERMAL	2.29	10
3	3	F	711	LOOSE THERMAL	2.23	10
3	4	H	711	LOOSE THERMAL	2.48	10
3	5	J	711	LOOSE THERMAL	2.37	10
3	6	L	711	LOOSE THERMAL	2.38	10

LS精密化シェル

解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.357	1431	-
R_work	0.318	12969	-
obs	-	14400	96.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0413	-0.0228	0.6498	2.0385	0.8753	5.8595	0.0323	-0.4528	0.073	0.2379	-0.0665	0.2293	0.2405	-0.2939	0.0342	-0.3704	0.0116	0.009	-0.1365	-0.0677	-0.3472	25.7114	66.6512	-31.2429
2	4.9946	-0.9057	0.9206	2.4331	0.1822	4.2212	0.193	0.2884	0.0908	-0.3289	-0.1544	-0.2148	0.3322	0.5749	-0.0386	-0.2982	0.1943	0.0104	0.0326	0.0482	-0.3826	-31.2938	44.8142	-129.9906
3	2.4338	-0.1494	0.672	6.0181	-1.2451	3.6732	-0.0587	0.2051	0.0578	-0.3511	0.0896	0.3849	-0.0796	-0.2145	-0.0309	-0.1373	-0.0295	-0.2029	-0.2646	0.0547	-0.2559	73.1051	-2.8353	-18.0324
4	3.5751	0.2387	-1.7224	4.0203	1.369	4.979	0.1917	-0.0245	0.2828	-0.1059	-0.118	0.0963	-0.6738	0.1056	-0.0737	-0.2012	-0.0595	0.1226	-0.3482	-0.0255	-0.3027	47.6082	70.1887	-111.5428
5	4.5344	-1.201	-1.8847	4.1277	0.1278	3.6988	-0.106	-0.1421	-0.4692	-0.1522	-0.1212	0.0603	0.3241	0.1058	0.2272	-0.3286	0.0692	0.0964	-0.3402	0.0976	-0.1844	42.5878	42.0831	51.1148
6	4.7312	1.1378	0.6562	5.9813	-0.0642	2.7272	-0.0087	0.2963	-0.0439	-0.2497	0.202	0.4988	0.0049	-0.0466	-0.1933	-0.204	-0.0368	-0.1082	-0.4104	0.0459	-0.0836	-17.353	116.2604	-79.9844
7	2.8853	-0.0779	1.0852	0.5422	-0.1927	2.9601	0.1358	0.0826	0.0603	0.1286	-0.1362	0.1941	-0.0004	-0.2081	0.0004	-0.234	0.2524	0.0111	-0.3176	0.0055	-0.3806	63.1803	64.1145	-20.9639
8	2.976	0.0094	1.0101	0.5905	0.1303	3.349	0.0503	0.2871	-0.0856	-0.2029	-0.1793	-0.1204	0.1961	-0.0279	0.129	-0.4407	-0.0154	0.0097	-0.2544	-0.1782	-0.2096	-21.6103	48.9732	-93.0478
9	1.955	0.3923	0.5288	3.7472	0.0803	1.3212	0.0149	0.1355	0.0523	-0.1895	0.159	0.1407	0.2479	-0.111	-0.1739	-0.1442	0.1984	-0.0458	-0.2519	0.0251	-0.4416	84.5937	30.2275	-2.0155
10	2.4541	0.1088	-1.6957	1.5335	-0.1057	2.4392	-0.0594	0.0546	-0.0139	-0.05	0.0012	-0.2136	-0.2533	0.0943	0.0582	-0.4362	-0.064	-0.0022	-0.3988	-0.202	-0.0854	22.3635	50.5936	-89.4736
11	3.227	0.1142	-2.191	1.2846	0.0317	2.9977	0.1133	0.0337	-0.0956	0.246	0.0168	0.0306	-0.0936	-0.0788	-0.1301	-0.1981	0.2345	0.0071	-0.2582	0.1007	-0.3306	62.3059	59.7004	22.999
12	1.0046	0.238	0.406	4.3937	-0.0264	1.3971	-0.1065	-0.053	0.2011	-0.0368	-0.0121	-0.1767	-0.1093	-0.2545	0.1186	-0.417	-0.0046	-0.0271	-0.3566	-0.1563	0.0256	-1.6032	82.3509	-71.093
13	26.8635	-17.0117	-1.8836	13.1017	3.1793	1.8265	0.0928	-0.4983	0.2934	0.2145	-0.0129	-0.4285	0.1397	-0.4736	-0.0799	-0.076	-0.0413	0.0962	0.1235	-0.0408	-0.2694	36.5994	68.7622	-12.3112
14	1.2987	-1.2048	-3.5132	1.1326	3.341	9.9511	0.1828	0.0502	0.3304	-0.5899	-0.3592	-0.4363	-0.2659	0.6421	0.1764	-0.182	0.3954	0.0762	0.5815	0.0796	0.0627	-12.4143	43.7104	-119.0869
15	0.5274	1.8914	2.6857	6.9825	10.8241	20.8172	-0.2763	0.1633	0.2439	-0.1832	0.3276	0.8831	-0.2734	0.1425	-0.0513	0.1299	0.0547	-0.2591	0.0589	0.2172	0.0283	70.4649	18.1211	-23.2346
16	16.644	12.8123	-1.5284	12.5667	-0.2027	0.7515	0.365	-0.1672	0.697	-0.177	-0.1575	0.3184	-0.4862	-0.2804	-0.2075	0.2459	-0.0168	0.1224	-0.19	-0.0803	-0.1024	34.0111	75.7769	-95.2096
17	0.2226	0.6976	-1.0226	7.798	-9.5188	11.8021	-0.2711	0.1729	-0.5307	-0.3816	0.0725	-0.2583	0.5225	-0.2354	0.1986	0.0378	0.2228	0.1738	-0.0386	0.0636	0.1579	57.7253	35.5447	36.8018
18	18.6245	-10.6036	1.5697	7.4491	-1.6975	0.5898	0.1691	0.4329	-0.0486	-0.6261	0.0331	0.3251	0.1463	-0.1994	-0.2023	0.0426	-0.0926	-0.1404	-0.2124	-0.0521	0.2552	-22.9405	95.6539	-83.8316
19	1.477	-0.5492	0.6696	5.6303	-1.2537	2.6258	0.1919	0.9345	0.2954	-0.7201	-0.0617	0.0674	-0.2898	0.0512	-0.1302	-0.1595	0.2187	0.0087	0.059	0.1349	-0.3863	63.8734	76.6702	-38.3696
20	1.1366	-0.045	0.6847	4.5499	-0.3907	1.6864	-0.0455	-0.0268	-0.3757	-0.1962	0.0033	0.7962	0.5335	-1.0259	0.0422	-0.2939	-0.2828	0.0121	0.161	-0.1713	-0.1194	-38.9784	36.4384	-91.8678
21	3.9533	-0.6483	-2.2549	2.1473	0.7591	3.1816	-0.046	-0.0082	-0.7615	0.4751	0.1025	-0.5907	0.7292	0.5588	-0.0565	-0.0823	0.2918	-0.2012	-0.2176	-0.082	-0.0947	102.5914	18.5628	-1.7504
22	3.6189	0.3318	1.3742	0.7871	-0.0599	3.6201	-0.2348	0.3106	-0.6738	-0.1994	0.0562	-0.6624	0.7291	0.7274	0.1786	-0.2926	0.0954	0.1454	-0.3182	-0.1189	0.2192	39.677	38.003	-89.1911
23	2.9884	0.6441	2.0862	0.9801	0.5836	4.2052	0.2993	-0.5147	0.8124	0.6483	-0.0646	0.138	-0.7345	-0.1713	-0.2347	0.1883	0.0728	0.2113	-0.1994	-0.1	-0.0953	64.3092	73.7245	39.1527
24	2.4065	-0.3581	-2.4657	2.2266	0.2891	3.7531	0.0049	-0.6717	0.5701	0.9152	0.0316	-0.57	-0.7205	0.1055	-0.0365	0.0745	0.0212	-0.2747	-0.2598	-0.225	0.0701	-0.6388	92.5935	-52.2184
25	10.797	3.0126	-2.994	2.5399	-1.1296	2.5113	-0.0124	0.4741	0.9214	-0.2534	-0.2589	0.1953	-0.7043	-0.2842	0.2713	0.0329	0.332	-0.1433	-0.0821	0.0731	-0.1407	42.2146	89.6984	-29.8607
26	3.1313	0.2897	-4.5593	1.5447	-3.2407	11.8736	0.3598	0.415	-0.6079	-0.0151	-0.5907	0.0624	0.5563	-0.3642	0.2308	0.0054	-0.058	-0.1282	0.0736	-0.1837	0.0168	-29.9463	22.6726	-112.8499
27	10.9465	3.2332	5.0819	2.0314	2.2846	3.8724	0.3671	0.1306	-0.209	-0.412	0.0505	-0.6075	0.8665	0.348	-0.4176	0.2312	0.1988	-0.0058	-0.0634	-0.048	-0.1948	96.9578	9.8011	-26.2965
28	1.4833	1.776	-1.6495	8.7038	-4.8584	3.8534	0.0264	-0.4345	-0.3926	-0.2506	-0.0757	-0.7884	-0.0311	0.8625	0.0493	-0.3555	-0.1205	0.0458	0.1665	-0.1752	0.1291	55.2169	59.5851	-86.5673
29	6.2656	6.2518	-1.6646	10.7714	-2.8777	0.9361	-0.1001	-0.9569	0.0838	0.7366	0.1473	-0.0484	-0.3445	0.7233	-0.0472	0.044	0.1374	0.0802	0.2814	-0.0141	-0.3474	68.1389	53.2248	55.8542
30	6.2605	-2.8694	6.3986	4.6299	-5.2166	8.1134	-0.2507	-0.3696	0.3951	0.9487	0.1895	0.5659	-0.3396	-0.2933	0.0613	0.0484	0.0787	0.1839	-0.2811	-0.2056	0.2532	-25.1328	102.1562	-56.6998
31	5.5487	4.9917	-2.3427	18.9876	-1.5956	1.0072	-0.1734	-0.6447	0.1044	-1.6412	-0.3975	-0.6088	-2.0983	0.3637	0.5709	0.4107	-0.3355	0.1757	0.8142	-0.0857	0.562	102.0169	103.005	-6.8657
32	2.256	-1.3805	1.7936	20.4466	-10.003	5.4718	0.787	0.2557	-2.0253	0.1872	-0.2739	1.0856	-0.2579	0.4303	-0.5131	0.5694	0.0348	0.2036	0.7131	0.3195	0.464	-8.1493	11.4261	-52.6022
33	20.7705	0.5699	-10.1291	0.2312	-1.7467	14.9467	0.058	-0.7963	0.4999	-0.7618	-1.3575	-1.7423	0.614	0.9134	1.2995	0.3899	-0.3543	-0.1282	0.5186	0.0987	0.7471	125.1008	67.6908	-15.6313
34	5.3886	-3.078	8.281	5.3846	-2.5624	14.0215	-0.1859	-0.4729	-0.4874	0.5286	1.2232	-0.0822	0.903	1.6601	-1.0373	0.737	0.1036	-0.0663	0.3924	0.295	0.5372	24.2747	32.9233	-35.5607
35	12.9239	2.4066	10.7887	8.7558	2.6833	9.061	-0.698	-0.5944	1.0328	-0.4521	0.4631	-0.67	-0.5649	0.7454	0.2349	0.5051	-0.2509	-0.0513	0.2574	0.0421	0.7447	115.8431	78.2695	20.0133
36	8.9858	-0.6097	-13.6074	0.0592	0.6502	24.7834	0.7031	-0.963	0.4967	1.6594	-0.8642	0.2052	0.7759	0.5011	0.1611	0.6716	-0.0305	-0.252	0.542	0.2907	0.4034	-14.2315	42.8037	-32.5386
37	6.4095	-1.4638	-5.6941	1.178	0.6541	8.4618	-0.3817	-0.1381	-0.3299	-0.04	0.065	-0.3098	-0.1752	0.2536	0.3167	-0.1301	0.0794	-0.1117	-0.2848	-0.0584	-0.1328	79.4601	84.5569	2.0609
38	10.939	0.7399	-7.3526	1.6456	0.3849	5.612	0.117	0.0339	-0.082	0.3989	0.1422	0.0363	-0.174	-0.1014	-0.2591	-0.1661	0.047	-0.0205	-0.3063	-0.0706	-0.1272	1.3815	28.7349	-75.4958
39	7.058	-2.6214	6.3324	1.8702	-1.3088	7.151	0.1748	-0.3197	0.1391	0.1222	-0.1853	-0.2288	-0.1205	0.048	0.0105	-0.1225	0.0142	0.0707	-0.131	-0.0121	-0.3087	96.3533	58.7322	-19.2513
40	2.3944	-0.4765	-0.2418	13.1935	1.3092	0.4159	-0.1705	-0.2107	-0.088	-0.0227	0.2808	0.3106	0.3497	-0.0711	-0.1104	-0.2152	-0.1061	-0.0281	-0.0868	-0.0853	-0.2238	17.6139	55.1746	-55.2585
41	1.4081	-1.5987	-0.2803	13.1665	0.2201	2.0662	-0.0628	0.0559	0.5266	-0.1512	0.1025	0.1772	0.008	0.3004	-0.0397	-0.2794	0.0967	-0.0641	-0.0639	0.057	-0.307	96.7641	54.9802	15.9214
42	9.9273	0.9136	6.754	1.1828	1.5206	7.395	0.0801	-0.0777	-0.1085	0.2235	-0.3127	-0.1121	0.0768	0.2466	0.2326	-0.3282	-0.0395	0.0771	-0.2789	-0.0212	-0.1549	-19.0567	53.3853	-60.5346
43	9.1643	4.2756	3.9109	2.7255	0.0794	5.8375	0.2655	-0.3565	-0.3727	0.2643	-0.2557	-0.1497	0.51	-0.6202	-0.0097	-0.0217	0.2063	-0.0572	-0.1067	-0.0369	-0.1412	49.0994	82.4897	-9.6127
44	5.9533	1.3005	2.6297	3.8521	-4.3783	8.0366	0.06	0.3385	0.2672	0.1773	-0.1455	-0.3011	-0.2902	0.5927	0.0855	-0.0188	0.1483	-0.0724	0.162	-0.1982	0.0436	-9.764	30.1098	-105.9865
45	6.3453	5.08	-0.5213	10.8237	-1.0923	0.1103	0.0094	-0.2035	0.4993	-0.1752	-0.0271	0.9137	0.0794	-0.2736	0.0177	0.177	0.1387	-0.0723	0.0083	0.032	-0.2168	85.2543	29.184	-27.6972
46	3.2376	-0.292	-3.7247	2.5177	-3.7078	10.8485	0.2662	0.2941	0.0469	-0.2161	0.0573	0.1956	-0.8251	-0.4199	-0.3235	-0.1107	-0.1038	0.044	-0.0891	-0.2063	0.0361	36.5392	68.7304	-77.911
47	9.1369	3.2444	-3.794	2.2891	0.2341	3.7744	-0.2485	0.0475	-0.5904	-0.4095	-0.0966	0.0604	0.1595	-0.2118	0.3451	0.0267	0.2464	0.0458	0.0566	0.1073	-0.1516	75.2931	42.6758	37.1631
48	0.115	0.6091	0.4304	12.2621	-3.5427	5.3623	-0.1781	0.3642	-0.005	-0.6716	0.2483	0.3315	0.1801	0.2098	-0.0703	-0.2502	0.0045	0.0081	-0.0544	-0.1659	0.3299	-27.2367	83.6705	-69.5578

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	6 - 189	6 - 189
2	2	C	C	6 - 189	6 - 189
3	3	E	E	6 - 189	6 - 189
4	4	G	G	6 - 189	6 - 189
5	5	I	I	6 - 189	6 - 189
6	6	K	K	6 - 189	6 - 189
7	7	A	A	190 - 394	190 - 394
8	8	C	C	190 - 394	190 - 394
9	9	E	E	190 - 394	190 - 394
10	10	G	G	190 - 394	190 - 394
11	11	I	I	190 - 394	190 - 394
12	12	K	K	190 - 394	190 - 394
13	13	A	A	395 - 427	395 - 427
14	14	C	C	395 - 427	395 - 427
15	15	E	E	395 - 427	395 - 427
16	16	G	G	395 - 427	395 - 427
17	17	I	I	395 - 427	395 - 427
18	18	K	K	395 - 427	395 - 427
19	19	A	A	428 - 529	428 - 529
20	20	C	C	428 - 529	428 - 529
21	21	E	E	428 - 529	428 - 529
22	22	G	G	428 - 529	428 - 529
23	23	I	I	428 - 529	428 - 529
24	24	K	K	428 - 529	428 - 529
25	25	A	A	530 - 575	530 - 575
26	26	C	C	530 - 575	530 - 575
27	27	E	E	530 - 575	530 - 575
28	28	G	G	530 - 575	530 - 575
29	29	I	I	530 - 575	530 - 575
30	30	K	K	530 - 575	530 - 575
31	31	B	B	1 - 47	1 - 34
32	32	D	D	1 - 47	1 - 34
33	33	F	F	1 - 47	1 - 34
34	34	H	H	1 - 47	1 - 34
35	35	J	J	1 - 47	1 - 34
36	36	L	L	1 - 47	1 - 34
37	37	B	B	73 - 172	37 - 136
38	38	D	D	73 - 172	37 - 136
39	39	F	F	73 - 172	37 - 136
40	40	H	H	73 - 172	37 - 136
41	41	J	J	73 - 172	37 - 136
42	42	L	L	73 - 172	37 - 136
43	43	B	B	173 - 259	137 - 223
44	44	D	D	173 - 259	137 - 223
45	45	F	F	173 - 259	137 - 223
46	46	H	H	173 - 259	137 - 223
47	47	J	J	173 - 259	137 - 223
48	48	L	L	173 - 259	137 - 223

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)